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- PDB-6da6: Crystal structure of the TtnD decarboxylase from the tautomycetin... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6da6 | ||||||
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Title | Crystal structure of the TtnD decarboxylase from the tautomycetin biosynthesis pathway of Streptomyces griseochromogenes, apo form at 2.6 A resolution (P212121) | ||||||
![]() | UbiD-like decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / TtnD / decarboxylase / tautomycetin biosynthesis / prFMN binding / Structural Genomics / PSI-Biology / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro | ||||||
Function / homology | ![]() pyrrole-2-carboxylate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Han, L. / Rudolf, J.D. / Chang, C.-Y. / Miller, M.D. / Soman, J. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Biochemical and Structural Characterization of TtnD, a Prenylated FMN-Dependent Decarboxylase from the Tautomycetin Biosynthetic Pathway. Authors: Annaval, T. / Han, L. / Rudolf, J.D. / Xie, G. / Yang, D. / Chang, C.Y. / Ma, M. / Crnovcic, I. / Miller, M.D. / Soman, J. / Xu, W. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 723.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 598.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 484.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 506.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 63.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 87.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6da7C ![]() 6da9C ![]() 4wisS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 54783.375 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: ttnD Plasmid details: ttnD gene cloned in pCDFDuet-1 between EcoRI and HindIII sites Plasmid: pBS13033 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: C6ZCR8, Lyases; Carbon-carbon lyases; Carboxy-lyases #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Colour: clear / Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.99 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 40.0 v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH); 0.10 M HEPES, pH=7.0; 0.20 M sodium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiment crystal grow comp |
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Experiment crystal grow sol |
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Experiment crystal cryo treatment | Cooling details: Direct immersion in liquid nitrogen. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Feb 21, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.59→48.87 Å / Num. obs: 65796 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 65.14 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 512250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4WIS Resolution: 2.59→26.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.696 / SU Rfree Blow DPI: 0.272 Details: 1. TLS GROUPS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF TLSMD. 2. ZERO OCCUPANCY HYDROGENS IN THEIR RIDING POSITION WERE USED AS ANTI-BUMPING RESTRAINTS. 3. LSSR TARGET RESTRAINTS TO THE HIGHER ...Details: 1. TLS GROUPS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF TLSMD. 2. ZERO OCCUPANCY HYDROGENS IN THEIR RIDING POSITION WERE USED AS ANTI-BUMPING RESTRAINTS. 3. LSSR TARGET RESTRAINTS TO THE HIGHER RESOLUTION APO TTND STRUCTURE (PDBID 6DA7) WERE INCLUDED ALONG WITH NCS RESTRAINTS. 4. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) IS MODELED. THERE ARE 2 UNL'S BOUND IN THE TETRAMER. THE SHAPE IN THE HIGHER RESOLUTION I222 CRYSTAL FORM LOOKS LIKE BENZOATE OR NIACIN. IT WAS MOLDELED IN A SIMILAR CONFIGURATION. 5. MAGNESIUM SITES INCLUDED GEOMETRIC RESTRAINTS. 6. DENSITY IS POOR IN PARTS OF CHAINS C AND D. MODELING WAS BASED ON THE NCS AND HIGH RESOLUTION TARGET STRUTURE FOR THESE REGIOINS.
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Displacement parameters | Biso max: 263.34 Å2 / Biso mean: 71.61 Å2 / Biso min: 19.91 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.59→26.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.59→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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