PDB-6d9g: X-ray Structure of the FAB Fragment of 15B8, a Murine Monoclonal ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d9g

タイトル

X-ray Structure of the FAB Fragment of 15B8, a Murine Monoclonal Antibody Specific for the Human Serotonin Transporter

要素

Antibody heavy chain Fab
Antibody light chain Fab

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Coleman, J.A. / Yang, D. / Gouaux, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Serotonin transporter-ibogaine complexes illuminate mechanisms of inhibition and transport.
著者: Jonathan A Coleman / Dongxue Yang / Zhiyu Zhao / Po-Chao Wen / Craig Yoshioka / Emad Tajkhorshid / Eric Gouaux /

要旨: The serotonin transporter (SERT) regulates neurotransmitter homeostasis through the sodium- and chloride-dependent recycling of serotonin into presynaptic neurons. Major depression and anxiety ...The serotonin transporter (SERT) regulates neurotransmitter homeostasis through the sodium- and chloride-dependent recycling of serotonin into presynaptic neurons. Major depression and anxiety disorders are treated using selective serotonin reuptake inhibitors-small molecules that competitively block substrate binding and thereby prolong neurotransmitter action. The dopamine and noradrenaline transporters, together with SERT, are members of the neurotransmitter sodium symporter (NSS) family. The transport activities of NSSs can be inhibited or modulated by cocaine and amphetamines, and genetic variants of NSSs are associated with several neuropsychiatric disorders including attention deficit hyperactivity disorder, autism and bipolar disorder. Studies of bacterial NSS homologues-including LeuT-have shown how their transmembrane helices (TMs) undergo conformational changes during the transport cycle, exposing a central binding site to either side of the membrane. However, the conformational changes associated with transport in NSSs remain unknown. To elucidate structure-based mechanisms for transport in SERT we investigated its complexes with ibogaine, a hallucinogenic natural product with psychoactive and anti-addictive properties. Notably, ibogaine is a non-competitive inhibitor of transport but displays competitive binding towards selective serotonin reuptake inhibitors. Here we report cryo-electron microscopy structures of SERT-ibogaine complexes captured in outward-open, occluded and inward-open conformations. Ibogaine binds to the central binding site, and closure of the extracellular gate largely involves movements of TMs 1b and 6a. Opening of the intracellular gate involves a hinge-like movement of TM1a and the partial unwinding of TM5, which together create a permeation pathway that enables substrate and ion diffusion to the cytoplasm. These structures define the structural rearrangements that occur from the outward-open to inward-open conformations, and provide insight into the mechanism of neurotransmitter transport and ibogaine inhibition.

履歴

登録	2018年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6d9g.ent.gz	411.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6d9g_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d9g_full_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示
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CIF形式データ	6d9g_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	0437C 8940C 8941C 8942C 8943C 6dzvC 6dzwC 6dzyC 6dzzC 5i66S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2uyl-4 6u3z-2 5mub-2 4jzn-2 2pcp-2 5dq9-1 4yhn-1 1ce1-d 6tcn-1 3oz9-d 5weq-d 5dsc-2 6be3-d 4jha-d 3i75-d 6tcp-3 6z3k-3 6tcp-2 5dq9-3 4s1d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Antibody heavy chain Fab

B: Antibody light chain Fab

C: Antibody heavy chain Fab

D: Antibody light chain Fab

96.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Antibody heavy chain Fab

B: Antibody light chain Fab

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Antibody heavy chain Fab

D: Antibody light chain Fab

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.870, 85.490, 141.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: 抗体	Antibody heavy chain Fab 分子量: 24516.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 抗体	Antibody light chain Fab 分子量: 23558.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.08 M sodium citrate pH 5.2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→19.93 Å / Num. obs: 45074 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 10.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 17.88
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / Num. unique obs: 4199 / CC_1/2: 0.668 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2597	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5i66

5i66

解像度: 2.3→19.93 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 22.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2282	4236	4.99 %
R_work	0.1948	-	-
obs	0.1965	84866	98.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6628	0	0	364	6992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6798
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.595	9249
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.201	4029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1026
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1179

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.3582	118	0.3024	2294	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3261-2.3534	0.3264	126	0.3131	2391	X-RAY DIFFRACTION	89
2.3534-2.3821	0.3809	134	0.2853	2532	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3821-2.4122	0.3436	140	0.2816	2561	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4122-2.4439	0.2903	138	0.2716	2662	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4439-2.4773	0.3182	143	0.2642	2676	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4773-2.5126	0.2697	142	0.2505	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5126-2.5501	0.312	142	0.2558	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5501-2.5898	0.3115	144	0.2495	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5898-2.6322	0.2443	142	0.2281	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6322-2.6775	0.2774	150	0.22	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6775-2.7261	0.2708	144	0.2155	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7261-2.7783	0.2806	143	0.216	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7783-2.8349	0.2441	142	0.214	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8349-2.8964	0.2468	141	0.2092	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8964-2.9635	0.2443	138	0.2025	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9635-3.0374	0.2636	143	0.2073	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0374-3.1192	0.2611	148	0.2013	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1192-3.2106	0.2455	143	0.2008	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2106-3.3138	0.2555	144	0.2004	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3138-3.4317	0.1977	147	0.1963	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4317-3.5683	0.2023	142	0.1736	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5683-3.7297	0.2027	143	0.1688	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7297-3.925	0.2048	134	0.1679	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.925-4.1688	0.1921	144	0.1634	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1688-4.4873	0.1591	146	0.1369	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4873-4.9327	0.1869	144	0.1357	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9327-5.6324	0.1797	146	0.1658	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6324-7.0439	0.1803	147	0.2095	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0439-19.9521	0.2228	138	0.2043	2734	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0845	5.8076	2.0005	8.5783	1.2767	0.8472	-0.221	1.5672	1.0019	-1.6101	0.9545	1.1129	-0.3825	0.5564	-0.845	0.9622	0.0502	0.1431	0.705	0.1357	0.5389	-31.6005	-25.8653	-2.5405
2	4.1344	2.443	-1.4793	5.1963	-3.9394	6.3926	0.1133	-0.4981	-0.3018	-0.1583	-0.3249	-0.454	0.4323	0.6487	0.1552	0.5112	0.1125	0.025	0.5124	0.0215	0.4049	-29.9185	-29.6603	8.7309
3	5.0434	4.3863	-2.1082	7.0641	-1.1069	5.0599	-0.145	0.3539	-0.3826	-0.5277	-0.0223	-0.6653	0.3246	0.3124	0.1233	0.4765	0.103	0.0208	0.5226	0.0785	0.3713	-29.8462	-29.696	5.3409
4	2.046	0.9415	-1.8112	2.5192	-1.3194	3.5898	0.0667	0.0571	-0.0986	0.1196	0.0781	0.025	-0.1532	-0.2785	-0.1566	0.2924	0.0235	-0.0138	0.3332	-0.007	0.3315	-35.5075	-8.5971	36.6346
5	3.8012	1.7894	4.0462	3.1222	3.4009	8.3774	0.073	-0.0963	-0.089	-0.0889	-0.0352	0.0458	0.202	-0.5027	0.0128	0.4149	-0.0158	0.0138	0.4232	0.0516	0.3518	-39.805	-18.6528	2.0842
6	7.0388	-3.381	1.2595	1.9012	0.5749	5.2556	-2.3095	3.2151	5.094	-3.2482	1.2322	-1.0265	-6.9878	5.6024	0.8618	1.9857	-0.5535	-0.347	1.2104	0.1832	1.7241	-38.1549	-3.3089	3.2862
7	5.1965	4.775	4.6702	4.4103	4.3695	4.4374	0.6885	-0.4456	0.9678	-0.292	-1.4763	1.8994	-0.794	0.1274	0.6851	0.9352	-0.0621	0.0968	1.1419	-0.3883	0.8912	-38.8084	-14.3411	-8.1514
8	2.8502	-0.8042	1.2368	2.9632	0.1737	5.4122	0.2846	0.2656	-0.0694	-0.5122	-0.1701	-0.0737	0.1814	0.2298	-0.1236	0.362	0.0677	0.0247	0.2822	0.0255	0.3168	5.5612	-28.6251	14.9407
9	0.4528	-0.1114	0.1681	1.0545	-1.0505	3.8732	0.1186	0.0831	-0.0666	-0.1496	-0.0081	-0.0532	0.1094	0.1397	-0.1296	0.3221	-0.0032	0.0186	0.2204	0.0168	0.3639	4.1054	-26.2031	25.6034
10	3.8975	-3.3678	1.2661	2.8687	-1.0837	0.4015	0.4436	-1.1938	1.0722	0.2724	0.5835	0.9805	-0.9662	-0.2859	-1.0053	0.8845	0.3184	0.0657	1.4264	-0.4498	1.1868	-15.8491	-19.8725	61.3512
11	5.6381	-1.5924	-1.0883	3.1048	0.4949	3.1735	0.0758	-0.1113	0.0726	0.0929	-0.005	0.1556	0.0806	-0.1144	-0.0798	0.2275	-0.0074	-0.0371	0.1672	0.0122	0.2551	-6.1362	-28.4917	45.9687
12	2.2228	-0.1752	-1.1079	2.2155	0.6361	3.1389	0.0665	0.0907	0.1586	-0.3605	-0.0732	-0.1404	-0.1368	-0.0458	0.0008	0.3625	0.0363	0.0036	0.2621	0.0398	0.3011	-4.2984	-7.6613	17.5317
13	3.0739	-1.8699	2.5517	2.2366	-2.3998	5.9513	0.0832	-0.0635	-0.0132	-0.0445	-0.0128	-0.1483	0.153	0.3804	-0.0337	0.2647	0.0017	0.0214	0.2423	-0.0412	0.2952	-2.1491	-14.986	50.795
14	7.5832	-2.4707	-4.7422	7.1306	6.2727	8.9019	0.3187	-0.031	-0.2182	0.5059	-0.213	-0.4701	0.7364	0.7344	-0.1315	0.5224	0.0971	-0.0325	0.5552	-0.0278	0.3174	8.0821	-25.6974	64.7383
15	5.4856	-6.3913	4.4156	8.0788	-6.0398	5.2269	-0.2841	-0.3228	0.2459	0.395	0.2273	-0.3594	-0.3118	-0.2035	0.0862	0.4173	-0.0253	-0.0419	0.3299	-0.0125	0.3377	-3.2097	-11.0997	60.7899
16	1.7858	1.1957	0.5743	4.2261	1.3983	3.2891	0.0269	-0.1559	-0.1051	0.1486	-0.0124	0.0519	0.2988	-0.2634	-0.024	0.2953	-0.0565	0.008	0.3762	0.0369	0.3303	-42.1267	-29.7102	39.4573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain C and resid 144:161)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain C and resid 162:188)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 189:240)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 21:133)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain D and resid 134:218)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain D and resid 219:226)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 227:236)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 20:100)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 101:153)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 154:161)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 162:241)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 21:131)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 132:204)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 205:212)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 213:236)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 20:143)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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