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- PDB-6d96: Structure of influenza neuraminidase from strain A/BrevigMission/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d96
タイトルStructure of influenza neuraminidase from strain A/BrevigMission/1/1918(H1N1) expressed in HEK-293E cells
要素Neuraminidase
キーワードHYDROLASE / 6-BLADED BETA-PROPELLER / GLYCOPROTEIN / GLYCOSIDASE / MEMBRANE / METAL-BINDING / SIGNAL-ANCHOR / TRANSMEMBRANE / VIRION
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / 6 Propeller / Neuraminidase / Sialidase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Campbell, A.C. / Krause, K.L. / Tanner, J.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Optimisation of neuraminidase expression by HEK-293E cells for use in structural biology
著者: Campbell, A.C. / Tanner, J.J. / Krause, K.L.
履歴
登録2018年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
C: Neuraminidase
D: Neuraminidase
E: Neuraminidase
F: Neuraminidase
G: Neuraminidase
H: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)364,18656
ポリマ－355,5648
非ポリマー8,62248
水24,2301345
1
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
C: Neuraminidase
D: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,91828
ポリマ－177,7824
非ポリマー4,13624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17380 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area46300 Å2
手法PISA
2
E: Neuraminidase
F: Neuraminidase
G: Neuraminidase
H: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,26728
ポリマ－177,7824
非ポリマー4,48624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17840 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area46230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.681, 148.189, 127.166
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 83:146 or (resid 147 and (name...
21(chain B and ((resid 83 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 83 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 83 and (name N or name...
51(chain E and ((resid 83 and (name N or name...
61(chain F and ((resid 83 and (name N or name...
71(chain H and ((resid 83 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALASNASN(chain A and (resseq 83:146 or (resid 147 and (name...AA83 - 14618 - 81
12GLYGLYGLYGLY(chain A and (resseq 83:146 or (resid 147 and (name...AA14782
13VALVALASPASP(chain A and (resseq 83:146 or (resid 147 and (name...AA83 - 46918 - 403
14VALVALASPASP(chain A and (resseq 83:146 or (resid 147 and (name...AA83 - 46918 - 403
21VALVALVALVAL(chain B and ((resid 83 and (name N or name...BB8318
22VALVALASPASP(chain B and ((resid 83 and (name N or name...BB83 - 46918 - 403
23VALVALASPASP(chain B and ((resid 83 and (name N or name...BB83 - 46918 - 403
24VALVALASPASP(chain B and ((resid 83 and (name N or name...BB83 - 46918 - 403
25VALVALASPASP(chain B and ((resid 83 and (name N or name...BB83 - 46918 - 403
31VALVALVALVAL(chain C and ((resid 83 and (name N or name...CC8318
32VALVALASPASP(chain C and ((resid 83 and (name N or name...CC83 - 46918 - 403
33VALVALASPASP(chain C and ((resid 83 and (name N or name...CC83 - 46918 - 403
34VALVALASPASP(chain C and ((resid 83 and (name N or name...CC83 - 46918 - 403
35VALVALASPASP(chain C and ((resid 83 and (name N or name...CC83 - 46918 - 403
41VALVALVALVAL(chain D and ((resid 83 and (name N or name...DD8318
42VALVALASPASP(chain D and ((resid 83 and (name N or name...DD83 - 46918 - 403
43VALVALASPASP(chain D and ((resid 83 and (name N or name...DD83 - 46918 - 403
44VALVALASPASP(chain D and ((resid 83 and (name N or name...DD83 - 46918 - 403
45VALVALASPASP(chain D and ((resid 83 and (name N or name...DD83 - 46918 - 403
51VALVALVALVAL(chain E and ((resid 83 and (name N or name...EE8318
52VALVALASPASP(chain E and ((resid 83 and (name N or name...EE83 - 46918 - 403
53VALVALASPASP(chain E and ((resid 83 and (name N or name...EE83 - 46918 - 403
54VALVALASPASP(chain E and ((resid 83 and (name N or name...EE83 - 46918 - 403
55VALVALASPASP(chain E and ((resid 83 and (name N or name...EE83 - 46918 - 403
61VALVALVALVAL(chain F and ((resid 83 and (name N or name...FF8318
62VALVALASPASP(chain F and ((resid 83 and (name N or name...FF83 - 46918 - 403
63VALVALASPASP(chain F and ((resid 83 and (name N or name...FF83 - 46918 - 403
64VALVALASPASP(chain F and ((resid 83 and (name N or name...FF83 - 46918 - 403
65VALVALASPASP(chain F and ((resid 83 and (name N or name...FF83 - 46918 - 403
71VALVALVALVAL(chain H and ((resid 83 and (name N or name...HH8318
72VALVALASPASP(chain H and ((resid 83 and (name N or name...HH83 - 46918 - 403
73VALVALASPASP(chain H and ((resid 83 and (name N or name...HH83 - 46918 - 403
74VALVALASPASP(chain H and ((resid 83 and (name N or name...HH83 - 46918 - 403
75VALVALASPASP(chain H and ((resid 83 and (name N or name...HH83 - 46918 - 403

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Neuraminidase


分子量: 44445.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 / 遺伝子: NA / 細胞株 (発現宿主): HEK-293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9IGQ6, exo-alpha-sialidase

-
糖 , 3種, 24分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1369分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 12 % PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.15 Å / Num. obs: 242924 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.19 Å2 / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Rpim(I) all: 0.144 / Rrim(I) all: 0.281 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.15-2.193.81.183119450.4120.7031.37798.4
11.78-48.153.50.05214940.9930.0330.06295.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.7データスケーリング
PHENIX(1.12_2829)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BEQ

3beq


解像度: 2.15→38.956 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2151 14387 2.99 %
Rwork0.1858 --
obs0.1866 242924 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.44 Å2 / Biso mean: 26.8387 Å2 / Biso min: 12.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→38.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23731 0 530 1345 25606
Biso mean--62.68 31.21 -
残基数----3088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00925022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9734130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.50214609
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A12549X-RAY DIFFRACTION6.881TORSIONAL
12B12549X-RAY DIFFRACTION6.881TORSIONAL
13C12549X-RAY DIFFRACTION6.881TORSIONAL
14D12549X-RAY DIFFRACTION6.881TORSIONAL
15E12549X-RAY DIFFRACTION6.881TORSIONAL
16F12549X-RAY DIFFRACTION6.881TORSIONAL
17H12549X-RAY DIFFRACTION6.881TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.17450.32934380.3201152981573698
2.1745-2.20.34014970.31155521604998
2.2-2.22690.31964930.3023155551604899
2.2269-2.2550.28955120.2938153361584899
2.255-2.28470.32384900.289154451593599
2.2847-2.3160.3085060.2864156401614699
2.316-2.34910.29314540.2785154531590799
2.3491-2.38420.32954430.2777155001594399
2.3842-2.42140.29215200.2688153711589199
2.4214-2.46110.29984510.2643156431609499
2.4611-2.50350.30484380.2648155991603799
2.5035-2.5490.31324710.2562154691594099
2.549-2.59810.29385120.2458156211613399
2.5981-2.65110.27215360.2377154281596499
2.6511-2.70870.25944290.2276156591608899
2.7087-2.77170.23654350.2111155831601899
2.7717-2.8410.24784800.1983155881606899
2.841-2.91780.2215100.1938156081611899
2.9178-3.00360.22354780.1852155621604099
3.0036-3.10050.22235050.1761155731607899
3.1005-3.21130.20234770.1626155841606199
3.2113-3.33980.19534150.16121567416089100
3.3398-3.49170.1785160.15051559116107100
3.4917-3.67570.15925780.14241557416152100
3.6757-3.90580.15965180.134155461606499
3.9058-4.2070.1574880.12331565016138100
4.207-4.62980.1225160.1118155711608799
4.6298-5.29830.15184450.1157156511609699
5.2983-6.66980.18064160.14411567016086100
6.6698-38.96280.1674200.1546155881600899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41920.0516-0.11430.4733-0.03360.70150.0113-0.06640.0220.0582-0.02150.0106-0.05040.05980.00630.1880.0058-0.0010.19560.00380.161613.305-1.027556.6917
20.58370.0894-0.07940.37080.09330.6074-0.0008-0.0219-0.00730.0221-0.00440.0556-0.00030.01030.00760.19790.01170.01370.1810.03680.2125-16.5962-27.274256.9387
30.40840.1367-0.00850.4707-0.03680.7146-0.02340.0611-0.0104-0.06580.02710.00080.00010.0039-0.00110.18530.01570.01390.2205-0.00320.176116.0223-4.464217.0714
40.72970.0922-0.06880.5277-0.03650.8348-0.02730.1509-0.0933-0.11340.04750.09470.0995-0.0529-0.02410.1908-0.0192-0.02510.1705-0.01620.1745-13.9744-30.634617.3326
50.2992-0.1618-0.18530.6051-0.11410.6083-0.0238-0.0022-0.0137-0.0678-0.0072-0.10310.04550.01060.02950.166-0.00460.01630.1797-0.01260.190787.5082-35.9323-33.069
60.6089-0.0265-0.02660.4665-0.01850.4696-0.0391-0.15-0.01980.11260.043-0.01770.00670.0043-0.00280.19570.0157-0.01260.2193-0.00180.136365.2923-25.9066-1.5192
70.6964-0.0706-0.03440.4169-0.09590.7268-0.0052-0.00470.0745-0.00850.01810.0246-0.06-0.0354-0.01530.2153-0.00050.00480.1866-0.00570.182645.56820.571-23.9485
80.7302-0.2297-0.05220.55440.04520.62910.06260.23230.0688-0.1374-0.0608-0.0409-0.0231-0.0046-0.00270.20620.00180.02470.2450.03820.15567.4874-9.7606-55.5311
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 83 through 469)A83 - 469
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 83 through 469)B83 - 469
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 83 through 469)C83 - 469
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 83 through 469)D83 - 469
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 83 through 469)E83 - 469
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 83 through 469)F83 - 469
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 83 through 469)G83 - 469
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 83 through 469)H83 - 469

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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