PDB-6d8r: NMR solution structure of tamapin, mutant E25K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d8r

タイトル

NMR solution structure of tamapin, mutant E25K

要素

Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4

キーワード

TOXIN / Tamapin mutant / E25K / CSalpha/beta / SK channels

機能・相同性

Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4

機能・相同性情報

生物種

Mesobuthus tamulus (サソリ)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

del Rio Portilla, F. / Melchor Meneses, C.M. / Titaux Delgado, G.A. / Mayorga Flores, M.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Novel Blocker of Onco SK3 Channels Derived from Scorpion Toxin Tamapin and Active against Migration of Cancer Cells
著者: Flores, M. / Chantome, A. / Melchor-Meneses, C.M. / Domingo, I. / Titaux Delgado, G.A. / Galindo-Murillo, R. / Vandier, C. / del Rio Portilla, F.

履歴

登録	2018年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d8r.cif.gz	189.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d8r.ent.gz	159.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d8r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6d8r_validation.pdf.gz	373 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d8r_full_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示
XML形式データ	6d8r_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	6d8r_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/6d8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/6d8r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6d3tC 6d8hC 6d8qC 6d8sC 6d8tC 6d8uC 6d8yC 6d93C 6d9oC 6d9pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6d8u-d 6d8s-d 6d8h-d 6d9p-d 2nlg-3 1xf7-d 2nat-d 1scy-d 6d3t-d 6d9o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30461NMR solution structure of tamapin, mutant E25K

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4

3.47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4 / Tamapin 分子量: 3470.252 Da / 分子数: 1 / 変異: E25K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesobuthus tamulus (サソリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P59869
Has protein modification	Y

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution 内容: 1.8 mM Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4, 95% H2O/5% D2O Label: 1H_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 1.8 mM / 構成要素: Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 0 Not defined / Label: 1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber	16	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	精密化
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CARA	1.8	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	1.8	Keller and Wuthrich	peak picking
NMRPipe	2014	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: used also for simulated annealing

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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