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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d7y | ||||||
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タイトル | 1.75 Angstrom Resolution Crystal Structure of the Toxic C-Terminal Tip of CdiA from Pseudomonas aeruginosa in Complex with Immune Protein | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) Enterobacter cloacae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Allen, J.P. / Hauser, A.R. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: A comparative genomics approach identifies contact-dependent growth inhibition as a virulence determinant. 著者: Allen, J.P. / Ozer, E.A. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Hauser, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6d7y.cif.gz | 114.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6d7y.ent.gz | 94.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6d7y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6d7y_validation.pdf.gz | 428 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6d7y_full_validation.pdf.gz | 430.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6d7y_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6d7y_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/6d7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/6d7y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10866.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: BKN49_19035 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) magic / 参照: UniProt: A0A1X0SIL3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 17926.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: SAMEA2273162_06031 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: A0A157WHH8 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.5 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein: 6.4mg/ml, 0.5 Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: Clasics II (D6), 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350; |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月20日 |
放射 | モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 20855 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.082 / Rsym value: 0.075 / Χ2: 1.803 / Net I/σ(I): 30.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1035 / CC1/2: 0.722 / Rpim(I) all: 0.34 / Rrim(I) all: 0.868 / Rsym value: 0.799 / Χ2: 1.006 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.205 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.575 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.75→29.18 Å
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拘束条件 |
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