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- PDB-6d7k: Complex structure of Methane monooxygenase hydroxylase in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d7k
タイトルComplex structure of Methane monooxygenase hydroxylase in complex with inhibitory subunit
要素(Methane monooxygenase hydroxylase, ...) x 4
キーワードoxidoreductase/inhibitor / Complex / OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methane metabolic process / methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methane monooxygenase component D / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / : / : / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain ...Methane monooxygenase component D / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / : / : / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Monooxygenase / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FORMIC ACID / HEXANE-1,6-DIOL / MmoD / Methane monooxygenase / Methane monooxygenase / Methane monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylosinus sporium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kim, H. / Lee, S.J. / Cho, U.-S.
資金援助 米国, 韓国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)R01 DK111465 米国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2015M3D3A1A01064876 韓国
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: MMOD-induced structural changes of hydroxylase in soluble methane monooxygenase.
著者: Kim, H. / An, S. / Park, Y.R. / Jang, H. / Yoo, H. / Park, S.H. / Lee, S.J. / Cho, U.S.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of the MMOH-MMOD complex reveals the inhibitory mechanism of MMOD
著者: Kim, H. / Lee, S.J. / Cho, U.-S.
履歴
登録2018年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methane monooxygenase hydroxylase, MmoX1
B: Methane monooxygenase hydroxylase, MmoY
C: Methane monooxygenase hydroxylase, MmoZ
D: Methane monooxygenase hydroxylase, MmoD
E: Methane monooxygenase hydroxylase, MmoX1
F: Methane monooxygenase hydroxylase, MmoY
G: Methane monooxygenase hydroxylase, MmoZ
H: Methane monooxygenase hydroxylase, MmoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,49716
ポリマ－274,9468
非ポリマー5528
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40450 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area66770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.781, 125.776, 126.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Methane monooxygenase hydroxylase, ... , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Methane monooxygenase hydroxylase, MmoX1


分子量: 59979.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methylosinus sporium (バクテリア) / 参照: UniProt: Q27RN7
#2: タンパク質 Methane monooxygenase hydroxylase, MmoY


分子量: 45239.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methylosinus sporium (バクテリア) / 参照: UniProt: Q27RN6
#3: タンパク質 Methane monooxygenase hydroxylase, MmoZ


分子量: 19379.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methylosinus sporium (バクテリア) / 参照: UniProt: Q27RN4
#4: タンパク質 Methane monooxygenase hydroxylase, MmoD


分子量: 12875.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus sporium (バクテリア)
遺伝子: mmoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q27RN3

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非ポリマー , 4種, 347分子

#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.02 M of alcohols mix (1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, and 1,3-propanediol), 0.1 M MES/imidazole ...詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.02 M of alcohols mix (1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, and 1,3-propanediol), 0.1 M MES/imidazole buffer (pH 6.5) and 1,3-butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 84164 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.59→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.793 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MHY

1mhy


解像度: 2.6→22.289 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 4180 5 %
Rwork0.1776 --
obs0.1798 83611 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→22.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17401 0 26 339 17766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00817900
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89124283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.17910416
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.62950.27581360.25072603X-RAY DIFFRACTION99
2.6295-2.66040.27891400.25452646X-RAY DIFFRACTION99
2.6604-2.69280.31551370.23922603X-RAY DIFFRACTION99
2.6928-2.72680.2921400.23082639X-RAY DIFFRACTION99
2.7268-2.76260.28231360.21512625X-RAY DIFFRACTION99
2.7626-2.80040.28631400.21952643X-RAY DIFFRACTION99
2.8004-2.84030.28231390.21212633X-RAY DIFFRACTION99
2.8403-2.88260.29231380.21132624X-RAY DIFFRACTION99
2.8826-2.92760.26121370.21422632X-RAY DIFFRACTION99
2.9276-2.97550.27571380.21512637X-RAY DIFFRACTION99
2.9755-3.02670.27981400.19892641X-RAY DIFFRACTION99
3.0267-3.08160.22681380.20282627X-RAY DIFFRACTION99
3.0816-3.14070.22961400.19222665X-RAY DIFFRACTION100
3.1407-3.20460.23781380.19132624X-RAY DIFFRACTION99
3.2046-3.27410.26291390.19492618X-RAY DIFFRACTION99
3.2741-3.350.26271390.2062644X-RAY DIFFRACTION99
3.35-3.43350.22451410.19692687X-RAY DIFFRACTION100
3.4335-3.5260.25411380.18682627X-RAY DIFFRACTION99
3.526-3.62930.25221400.18252654X-RAY DIFFRACTION100
3.6293-3.74590.19081390.16262646X-RAY DIFFRACTION100
3.7459-3.87910.1861400.16082667X-RAY DIFFRACTION100
3.8791-4.03360.18631400.16052652X-RAY DIFFRACTION100
4.0336-4.2160.19531410.14782677X-RAY DIFFRACTION100
4.216-4.43660.21321380.14632635X-RAY DIFFRACTION100
4.4366-4.71210.18841410.13612671X-RAY DIFFRACTION100
4.7121-5.0720.15371410.14932670X-RAY DIFFRACTION100
5.072-5.57510.20171400.15942670X-RAY DIFFRACTION100
5.5751-6.36540.21421420.17592693X-RAY DIFFRACTION100
6.3654-7.95860.21131430.17912703X-RAY DIFFRACTION100
7.9586-22.28960.18331410.1572675X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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