PDB-6d72: Crystal structure of spermidine/spermine N-acetyltransferase SpeG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d72

タイトル

Crystal structure of spermidine/spermine N-acetyltransferase SpeG from Yersinia pestis in complex with calcium ions.

要素

Spermidine N1-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SpeG / polyamine / GNAT / N-acetyltransferase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of spermidine/spermine N-acetyltransferase SpeG from Yersinia pestis in complex with calcium ions.
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2018年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d72.cif.gz	241.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d72.ent.gz	194.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d72.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6d72_validation.pdf.gz	466.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d72_full_validation.pdf.gz	470.3 KB	表示
XML形式データ	6d72_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	6d72_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/6d72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/6d72	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5wifS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wif-1 4jly-1 4r9m-1 4jjx-1 5zfq-1 4ygo-1 6vfm-1 7kx3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Spermidine N1-acetyltransferase

B: Spermidine N1-acetyltransferase

C: Spermidine N1-acetyltransferase

ヘテロ分子

65.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Spermidine N1-acetyltransferase

B: Spermidine N1-acetyltransferase

C: Spermidine N1-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Spermidine N1-acetyltransferase

B: Spermidine N1-acetyltransferase

C: Spermidine N1-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Spermidine N1-acetyltransferase

B: Spermidine N1-acetyltransferase

C: Spermidine N1-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Spermidine N1-acetyltransferase

B: Spermidine N1-acetyltransferase

C: Spermidine N1-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
263 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.761, 120.804, 123.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LYS	LYS	A	A	6 - 174	9 - 177
2	1	SER	SER	LYS	LYS	B	B	6 - 174	9 - 177
1	2	SER	SER	TYR	TYR	A	A	6 - 173	9 - 176
2	2	SER	SER	TYR	TYR	C	C	6 - 173	9 - 176
1	3	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	0 - 173	3 - 176
2	3	ALA	ALA	TYR	TYR	C	C	0 - 173	3 - 176

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Spermidine N1-acetyltransferase / Spermidine acetyltransferase 分子量: 21554.619 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: speG, y1405, YP_2698 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q0WD68, UniProt: A0A5P8YIA2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Imidazole, 14% (w/v) PEG10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月11日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→30 Å / Num. obs: 40132 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 2.17→2.21 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 2006 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
BLU-MAX		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WIF

5wif

解像度: 2.17→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 10.568 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.165 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21235	1952	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18207	-	-	-
obs	0.1835	38176	98.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.17→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4354	0	66	187	4607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	4602
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4219
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.642	1.963	6176
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.004	3	9766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.095	5	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.977	23.837	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.948	15	826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.419	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	641
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5104
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.439	4.086	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.375	4.078	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.537	6.1	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.537	6.102	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.279	4.436	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.278	4.436	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.383	6.504	3518
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.279	46.433	4933
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.262	46.132	4897
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11090	0.07
1	2	B	11090	0.07
2	1	A	10980	0.08
2	2	C	10980	0.08
3	1	B	11256	0.09
3	2	C	11256	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	127	-
R_work	0.275	2812	-
obs	-	-	98.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1871	1.3518	2.5028	5.3059	-1.3245	4.8893	-0.1428	-0.0066	0.2725	-0.2011	0.1531	0.5865	0.1274	-0.2117	-0.0103	0.0313	-0.0089	0.0005	0.1058	-0.0019	0.265	-21.8009	130.0375	24.0072
2	2.065	0.782	0.6876	2.3418	-0.5707	1.7519	-0.0288	-0.1268	0.2401	0.0944	0.018	0.3951	-0.0752	-0.0501	0.0108	0.0108	-0.0084	0.0245	0.0644	-0.0464	0.1155	-13.58	131.8924	28.708
3	6.2075	2.2353	-1.0257	7.4023	-4.0024	6.4102	-0.0955	-0.4725	0.3558	0.8857	0.3693	0.6652	-0.4234	-0.3897	-0.2738	0.1859	0.0102	0.1397	0.1748	-0.0736	0.1521	-12.6627	142.812	42.5489
4	0.2765	0.6305	-0.1958	6.7741	-3.843	3.6866	0.0274	-0.2268	0.0994	0.641	0.0135	0.0995	-0.3636	-0.2705	-0.0409	0.121	0.01	0.0491	0.2633	-0.105	0.0966	-8.1691	139.7964	39.0722
5	0.2742	-0.3491	-0.521	0.455	0.6695	0.9938	-0.157	-0.148	0.0042	0.2009	0.2024	-0.0638	0.3035	0.2839	-0.0454	0.1926	-0.0404	-0.0858	0.2533	0.0187	0.3875	32.0993	153.0464	27.9198
6	2.1561	0.0758	-0.7381	2.8877	-0.5972	1.6644	-0.0065	-0.2119	-0.1941	-0.1342	-0.1962	-0.2035	0.0521	0.1365	0.2027	0.0107	-0.009	0.0161	0.1213	0.01	0.0701	15.5974	133.3107	20.4028
7	0.9706	-0.0601	-0.8533	1.5583	0.0498	1.9535	-0.0111	-0.1145	0.0819	0.181	-0.0605	-0.0738	-0.1155	0.2968	0.0716	0.0487	-0.055	-0.0151	0.1487	-0.0478	0.0814	13.4063	145.8588	26.673
8	1.2773	0.6413	0.0278	5.8701	-1.6939	1.2506	0.0468	-0.1946	0.1979	0.573	-0.0748	-0.1222	-0.2191	0.0924	0.0279	0.1162	-0.0604	-0.0172	0.1951	-0.096	0.0796	9.9839	145.8724	38.071
9	12.5231	6.4825	-6.2811	3.3635	-3.2844	5.9542	-0.1612	-0.3891	-0.4141	-0.0406	-0.264	-0.201	-0.4218	0.0253	0.4252	0.2543	-0.0182	0.1627	0.2538	0.0175	0.307	30.8104	160.5153	-18.362
10	2.2695	-0.6825	0.1107	1.163	-0.355	2.854	0.0288	-0.0454	0.2348	-0.0801	-0.0087	-0.0422	-0.2004	0.3879	-0.02	0.0343	-0.0401	0.017	0.0665	-0.0172	0.056	14.6517	150.0758	-4.1095
11	1.2505	0.4102	-0.8749	1.6996	-1.3238	8.1272	0.0359	-0.0325	0.2843	0.0457	-0.0905	-0.0677	-0.9514	0.3979	0.0546	0.1927	-0.0752	0.0102	0.0341	0.0062	0.1477	9.8683	166.5187	2.1395
12	6.2991	0.6312	-0.2197	0.3967	0.7485	2.3514	0.0021	0.819	0.6368	-0.1203	-0.0248	0.0073	-0.2723	-0.2492	0.0227	0.1246	0.01	0.0287	0.158	0.1197	0.1594	10.2721	165.2547	-19.2283

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	26 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	122 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	146 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	0 - 7
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	8 - 66
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	67 - 123
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	124 - 175
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	-2 - 8
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	9 - 121
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	122 - 164
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	165 - 174

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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