PDB-6d68: Ube2G1 in complex with ubiquitin variant Ubv.G1.1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d68

タイトル

Ube2G1 in complex with ubiquitin variant Ubv.G1.1

要素

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 G1
Ubv.G1.1

キーワード

TRANSFERASE / Ubiquitin / Ubiquitin conjugating enzyme / Ubiquitin variant / Ube2G1

機能・相同性

機能・相同性情報

E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / protein tag activity / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Ceccarelli, D.F. / Garg, P. / Sidhu, S. / Sicheri, F.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural and Functional Analysis of Ubiquitin-based Inhibitors That Target the Backsides of E2 Enzymes.
著者: Garg, P. / Ceccarelli, D.F. / Keszei, A.F.A. / Kurinov, I. / Sicheri, F. / Sidhu, S.S.

履歴

登録	2018年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年3月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d68.cif.gz	335.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d68.ent.gz	233 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d68.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/6d68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/6d68	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6d4pC 6d6iC 1fxtS 2awfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qcb-1 4p17-1 2rh0-2 4mon-d 2qq8-d 1bwm-d 6khz-d 5x42-1 2jhn-2 1zmi-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (9) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 G1

B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 G1

C: Ubv.G1.1

D: Ubv.G1.1

59.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 G1

C: Ubv.G1.1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: competitive ELISA assay
29.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 G1

D: Ubv.G1.1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.537, 66.537, 225.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-103- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 G1 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme G1 / E217K / UBC7 / Ubiquitin carrier protein G1 / Ubiquitin-protein ligase G1 分子量: 19698.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cysteine modified with beta-mercaptoethanol / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2G1, UBE2G / プラスミド: Pet28-LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62253, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質	Ubv.G1.1 分子量: 9912.252 Da / 分子数: 2 Mutation: T7P, L8I, T9R, G10V, A46S, Q49L, S65Y, V70L, L73R, R74H 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Ube2G1 / プラスミド: ProEx / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96H31
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% PEG1500, Succinic acid, Sodium phosphate monobasic monohydrate, Glycine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→40 Å / Num. obs: 24767 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 51.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.114 / Χ²: 1.332 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 168582

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.35-2.43	6.2	0.403	2421	0.913	0.169	0.439	0.321	98.9
2.43-2.53	6.2	0.337	2399	0.934	0.142	0.367	0.394	99.3
2.53-2.65	6.6	0.273	2435	0.952	0.112	0.296	0.42	99.8
2.65-2.79	7.1	0.213	2437	0.976	0.084	0.23	0.497	100
2.79-2.96	7.1	0.177	2449	0.98	0.07	0.191	0.658	99.6
2.96-3.19	6.6	0.149	2463	0.984	0.061	0.161	0.893	99.9
3.19-3.51	7.4	0.125	2472	0.987	0.048	0.135	1.305	99.8
3.51-4.02	7.1	0.106	2468	0.99	0.042	0.115	1.996	99.9
4.02-5.06	7.1	0.089	2542	0.991	0.035	0.096	2.808	99.8
5.06-40	6.5	0.084	2681	0.98	0.037	0.092	3.571	99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	phenix.refine: 1.13_2998	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000	2.3.12	データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AWF, 1FXT

2awf

1fxt

解像度: 2.36→37.52 Å / SU ML: 0.2988 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.8971 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2536	1280	5.18 %
R_work	0.2126	23433	-
obs	0.2147	24713	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→37.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3673	0	0	85	3758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	3748
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5385	5085
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0404	579
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	657
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.6882	2291

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.36-2.45	0.3181	107	0.2733	2556	X-RAY DIFFRACTION	98.05
2.45-2.56	0.3075	133	0.2742	2550	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.56-2.7	0.3168	148	0.2748	2537	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.7-2.87	0.337	145	0.2762	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.87-3.09	0.3372	144	0.2762	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.09-3.4	0.2774	133	0.2549	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.4-3.89	0.2677	146	0.2026	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.89-4.9	0.1959	177	0.164	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.9-37.52	0.2262	147	0.1832	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.26

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.75661685748	-2.76076982298	0.434488975175	9.25470249468	0.387354377898	2.41521075994	-0.130953996156	0.438639455627	0.352116927411	-0.159055855782	0.153463503484	1.04128382962	-0.272802514967	-0.344156870311	-0.249586493564	0.466226783279	-0.0117659143486	0.0255551790262	0.394014133884	0.0481372564327	0.490625051215	21.5218794635	98.7356938282	479.688365249
2	5.13633706607	-5.07414726659	3.37608866793	5.06483496281	-3.54647390228	8.13547884189	-0.543171693439	0.821665397371	-0.473052137903	0.688489982627	0.194544143951	-0.18961394596	-0.219905140924	0.471776124122	-0.129445545897	0.420416945562	-0.117218163394	-0.0828563213946	0.349389611783	-0.0618771726318	0.551301773742	33.0225449835	87.3388494502	478.957496939
3	5.47348270387	-3.08676941428	-2.51457322834	7.20061064184	3.30331149805	4.63742779552	-0.204039215926	0.160307558965	-0.56953221241	-0.238517964396	0.00477653975448	0.00961520604219	0.0903989166279	-0.189915342845	0.33678306231	0.411820850876	-0.118419346534	0.0249255346162	0.223600721887	0.00108831500463	0.37008212296	26.3518896002	86.0370843876	475.528602425
4	5.43239457387	0.002696563991	0.579868591166	4.71131064749	3.76187524145	6.44280473507	-0.118108855134	0.316154938339	-1.41553655499	-0.179363953195	0.435656136042	-0.730990032194	0.776364545031	1.01044051738	-0.400909575749	0.690451960163	0.0377913895901	0.0800353188754	0.498963450928	-0.186263385588	0.944353394824	38.087191801	63.5184471194	466.263446567
5	1.52266194722	-2.5124289136	2.75964144382	4.43755229237	-5.02208360493	5.73966788606	-0.412955313681	-0.381811323194	-0.757405006857	0.224442366952	0.677762539978	-0.2982831775	-0.0207925748065	-0.80346448187	-0.336635651665	0.865835358558	-0.196588016311	-0.00216749710563	0.607703050875	-0.00623920566469	0.614189653333	30.5985476438	67.1227330174	474.226131514
6	5.0706476409	-0.741191544711	-0.159320015243	7.59407547796	-3.75087277215	6.25007971728	-0.0621238712501	0.611996068722	0.432338989783	-0.676235939408	0.0811492423102	0.405049967149	-0.507927539362	-0.447305638361	-0.129737498732	0.586260127172	-0.0861827379976	-0.103712101372	0.532635907116	0.0436181231152	0.505986422958	25.5725408385	104.451885991	461.571745509
7	4.11967617645	-1.39252119317	0.769955158837	1.68659620134	-1.09233833198	2.15218861044	-0.151958183336	0.207710739439	0.228273854859	-0.161940065515	0.0671804877354	-0.107250458334	-0.122232337106	-0.0462109174974	0.0205747014376	0.47229680608	-0.0605664367439	-0.0274870036329	0.377003295937	-0.0311836167002	0.403077437651	37.4000922974	96.6834094067	470.593527977
8	7.64280080662	-3.32866016223	1.81472310884	7.06032807403	-1.57185916519	7.66350109735	0.343952697787	1.29925595482	0.352015349188	-0.729300870797	0.255802971609	-0.214958728403	-0.81048353185	-0.268544867582	0.0533077324476	0.70839076566	-0.0154596495705	-0.0278476634161	0.630286286046	0.0847634603256	0.561960200349	35.6373295955	108.004633151	457.281147459
9	6.66033555719	-1.12929374797	2.07236517717	3.76006809718	-2.67111978662	3.70706146166	-0.162899400082	0.697910199775	0.259909088212	-0.527301102768	0.0843584972132	-0.329995471314	-0.275016078379	0.172060006692	0.134760982475	0.568779009679	-0.12597695862	0.0865252842072	0.45644458542	0.00370802842239	0.453862872919	46.1566345994	99.857246881	462.474404697
10	5.84996566562	-3.41096010593	0.634940700564	5.75332921038	-2.38649746054	4.8415892482	0.141662736554	0.980691661377	-0.186766330719	-0.921508928947	-0.21252289531	-0.76696041892	0.527154040431	0.949754069906	-0.0434572177532	0.635183990082	-0.053897125805	0.15847229005	0.573623207173	-0.0439094505113	0.587160541566	52.2977008786	91.5447136165	463.22524217
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19	4.48466779489	-0.509532953251	-0.560235804722	2.90082775712	0.148141757826	5.79045395206	-0.262255842081	-0.793045096277	-0.21168283876	0.606343688826	0.265159319471	0.0985395341906	0.117440918897	-0.143257149297	0.0513225853325	0.408088699412	-0.0645759218924	0.0585812036423	0.459962783966	-0.0777220190796	0.500877434217	29.2145072187	88.2133702412	485.463004744
20	6.40945489804	-5.0649701473	-1.6226153592	4.92749190883	1.46451220261	2.45420459761	0.505875725982	-0.671355947731	1.15987549622	0.321948865574	0.190210546263	-0.839342720912	-0.190720834762	1.87955773597	-0.0968486325621	0.599726257464	-0.169006968828	-0.0253543331446	0.493583638229	-0.111824576507	0.496683958699	30.6868189237	98.290297486	486.792650241

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 55 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 65 through 74 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid -1 through 13 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 14 through 67 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 68 through 72 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 0 through 19 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 20 through 60 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 61 through 70 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 71 through 116 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 117 through 151 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 152 through 170 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 3 through 19 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 20 through 79 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 80 through 129 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 130 through 151 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 152 through 170 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 0 through 9 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 10 through 22 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 23 through 49 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 50 through 54 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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