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- PDB-6d61: Crystal structure of 3-hydroxyanthranilate-3,4-dioxygenase I142P ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d61
タイトルCrystal structure of 3-hydroxyanthranilate-3,4-dioxygenase I142P from Cupriavidus metallidurans in complex with 4-Cl-3-HAA
要素3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex structure / Dioxygenase / Mutant I142P / 4-Cl-3-HAA
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase activity / anthranilate metabolic process / quinolinate biosynthetic process / L-tryptophan catabolic process / NAD+ biosynthetic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-CHLORO-3-HYDROXYANTHRANILIC ACID / : / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Yang, Y. / Liu, F. / Liu, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)R01GM108988 米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)R21MH107985 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1623856 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Adapting to oxygen: 3-Hydroxyanthrinilate 3,4-dioxygenase employs loop dynamics to accommodate two substrates with disparate polarities.
著者: Yang, Y. / Liu, F. / Liu, A.
履歴
登録2018年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9965
ポリマ－22,5741
非ポリマー4214
水4,756264
1
A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,99110
ポリマ－45,1492
非ポリマー8438
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area5210 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area15430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.701, 58.701, 231.896
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate oxygenase / 3-HAO / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / HAD


分子量: 22574.334 Da / 分子数: 1 / 変異: I142P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans (strain ATCC 43123 / DSM 2839 / NBRC 102507 / CH34) (バクテリア)
株: ATCC 43123 / DSM 2839 / NBRC 102507 / CH34 / 遺伝子: nbaC, Rmet_5193 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q1LCS4, 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-4AA / 4-CHLORO-3-HYDROXYANTHRANILIC ACID / 2-AMINO-4-CHLORO-3-HYDROXYBENZOIC ACID / 3-ヒドロキシ-4-クロロアントラニル酸


分子量: 187.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6ClNO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000 10%, 1 mM DTT, 100 mM Tris-HCl, 200 mM MgCl2, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 25473 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 26.1 % / Biso Wilson estimate: 23.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.74-1.7721.20.90911600.9520.1990.9310.5892.9
1.77-1.823.60.73312260.9770.1530.7490.597100
1.8-1.84250.65612730.9820.1330.670.643100
1.84-1.8727.40.62812180.9870.1220.640.684100
1.87-1.9226.70.75512410.9820.1490.771.13100
1.92-1.9626.30.64112670.9860.1280.6541.3499.8
1.96-2.0128.40.36712240.9930.070.3740.831100
2.01-2.0627.70.3312490.9960.0640.3360.922100
2.06-2.1227.30.29512560.9940.0570.3011.115100
2.12-2.1928.30.22512530.9970.0430.230.997100
2.19-2.2724.80.26212650.9950.0550.2681.504100
2.27-2.36280.18112660.9970.0350.1851.1199.9
2.36-2.4727.80.1512720.9980.0290.1521.099100
2.47-2.6280.13312640.9980.0260.1351.142100
2.6-2.7627.40.11412780.9990.0220.1161.28100
2.76-2.9827.40.09312970.9960.0180.0951.244100
2.98-3.2727.10.07313140.9990.0140.0741.27100
3.27-3.7524.20.06313140.9990.0130.0651.359100
3.75-4.7223.40.05213600.9990.0110.0531.12199.9
4.72-5022.70.04814760.9990.010.050.95597.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YFU

1yfu


解像度: 1.74→29.351 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 1979 7.91 %
Rwork0.1987 23038 -
obs0.2017 25017 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.61 Å2 / Biso mean: 29.1095 Å2 / Biso min: 16.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→29.351 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1408 0 22 264 1694
Biso mean--30.85 37.83 -
残基数----174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8022010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.195867
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7398-1.78330.2931380.2211615175398
1.7833-1.83150.2591380.215516091747100
1.8315-1.88540.34481390.223916271766100
1.8854-1.94630.43391250.34321383150886
1.9463-2.01580.2641400.222216441784100
2.0158-2.09650.24831400.22671645178599
2.0965-2.19190.26281380.214616121750100
2.1919-2.30740.3031370.25751582171995
2.3074-2.45190.28211420.214816641806100
2.4519-2.64110.26081420.220116551797100
2.6411-2.90670.23581450.204916841829100
2.9067-3.32680.19991450.187717021847100
3.3268-4.18950.211500.165617421892100
4.1895-29.35470.19021600.16781874203499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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