PDB-6d54: Low Temperature joint X-ray/neutron structure of DNA oligonucleot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d54

タイトル

Low Temperature joint X-ray/neutron structure of DNA oligonucleotide d(GTGGCCAC)2 with 2'-SeCH3 modification on Cyt5

要素

DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')

キーワード

DNA / oligonucleotide / selenium modification

機能・相同性

DEUTERATED WATER / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Kovalevsky, A. / Huang, Z. / Vandavasi, V.G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Temperature-Induced Replacement of Phosphate Proton with Metal Ion Captured in Neutron Structures of A-DNA.
著者: Vandavasi, V.G. / Blakeley, M.P. / Keen, D.A. / Hu, L.R. / Huang, Z. / Kovalevsky, A.

履歴

登録	2018年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.0	2022年3月2日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength ...database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / entity_poly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity_poly.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d54.cif.gz	21.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d54.ent.gz	13.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d54.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6d54_validation.pdf.gz	335.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d54_full_validation.pdf.gz	335.9 KB	表示
XML形式データ	6d54_validation.xml.gz	1.5 KB	表示
CIF形式データ	6d54_validation.cif.gz	2.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/6d54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/6d54	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6d4lC 4fp6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	189d-1 115d-d 2plo-d 1vtc-1 3ifi-1 5xk1-d 172d-1 243d-1 1xjx-d 1d91-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')

ヘテロ分子

2.57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')

ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
5.14 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.884, 41.884, 24.307
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPTPGPGP(CSL)PCPAPC)-3') 分子量: 2520.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折	1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M magnesium acetate, 30% MPD, 0.1 M MES

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	1	1.54
NUCLEAR REACTOR	ILL	LADI III		2	2.8-4.0

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	2017年12月12日	osmic varimax
LADI III	2	IMAGE PLATE	2017年11月20日	collimators

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.54	1
2	2.8	1
3	4	1

反射

Entry-ID: 6D54

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.65-40	2866	100	10.4	0.056	1	16.6
1.9-21.3	1629	84.6	7	0.179	2	9.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.65-1.71	10.2	0.149	1	16.6	100
1.9-2	3.4	0.226	2	5.3	66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
nCNS	1.0.0	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
LAUEGEN		データ削減
LSCALE		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

B_iso max: 61.45 Å² / B_iso mean: 24.54 Å² / B_iso min: 5.01 Å² / % reflection R_free: 5 % / R Free selection details: random / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.5 / 構造決定の手法: 分子置換 / 立体化学のターゲット値: joint X-ray/neutron ML / B_sol: 92.2058 Å² / k_sol: 0.546925 e/Å³

開始モデル	解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_free	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
PDB entry 4FP6 4fp6	1.65-40	X-RAY DIFFRACTION	0.246	0.23	136	2843	2800	98.2
	1.9-21.3	NEUTRON DIFFRACTION	0.26	0.234	65	1909	1572	82.3

Refine analyze

Refine-ID

#notag 0

Luzzati coordinate error obs (Å)

Luzzati d res low obs (Å)

Luzzati sigma a obs (Å)

Luzzati d res high obs

X-RAY DIFFRACTION

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.21	0.19
Luzzati d res low	-	5
Luzzati sigma a	0.18	0.07
Luzzati d res high	-	1.65

NEUTRON DIFFRACTION

0.23

5

0.19

1.9

Refine funct minimized

Refine-ID	タイプ
X-RAY DIFFRACTION	Joint X-ray/neutron ML
NEUTRON DIFFRACTION	Joint X-ray/neutron ML

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	163	0	2	39	204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	0.9
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_deg	0.7
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_impr_deg	0.95
NEUTRON DIFFRACTION	x_bond_d	0.006
NEUTRON DIFFRACTION	x_angle_deg	0.9
NEUTRON DIFFRACTION	x_torsion_deg	0.7
NEUTRON DIFFRACTION	x_torsion_impr_deg	0.95

LS精密化シェル

Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.65-1.73	0.51	18	5	0.235	317	X-RAY DIFFRACTION	0.12	355	335	94.1
1.73-1.82	0.31	18	5.6	0.219	306	X-RAY DIFFRACTION	0.073	339	324	95.6
1.82-1.93	0.268	16	4.8	0.225	315	X-RAY DIFFRACTION	0.067	338	331	97.6
1.93-2.08	0.231	11	3.3	0.228	327	X-RAY DIFFRACTION	0.07	347	338	97.4
2.08-2.29	0.211	26	7.4	0.204	326	X-RAY DIFFRACTION	0.041	357	352	98.6
2.29-2.62	0.272	11	3.2	0.222	336	X-RAY DIFFRACTION	0.082	348	347	99.4
2.62-3.3	0.174	15	4.2	0.233	345	X-RAY DIFFRACTION	0.045	361	360	99.7
3.3-21.02	0.197	21	5.3	0.244	377	X-RAY DIFFRACTION	0.043	401	398	99.3
1.9-1.99	0.27	6	5	0.25	149	NEUTRON DIFFRACTION	0.11	236	155	65.7
1.99-2.09	0.249	7	4.2	0.266	161	NEUTRON DIFFRACTION	0.094	224	168	74.7
2.09-2.22	0.201	14	7.8	0.252	166	NEUTRON DIFFRACTION	0.054	234	180	76.6
2.22-2.39	0.256	6	3.2	0.229	179	NEUTRON DIFFRACTION	0.104	229	185	80.8
2.39-2.63	0.243	7	3.6	0.214	186	NEUTRON DIFFRACTION	0.092	235	193	82.1
2.63-3.01	0.181	8	3.8	0.233	204	NEUTRON DIFFRACTION	0.064	242	212	87.6
3.01-3.79	0.218	18	8	0.207	208	NEUTRON DIFFRACTION	0.051	243	226	93
3.79-21.02	0.526	8	3.2	0.252	245	NEUTRON DIFFRACTION	0.186	269	253	94.1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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