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- PDB-6d3a: Structure of human ARH3 D314E bound to ADP-ribose and magnesium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d3a
タイトルStructure of human ARH3 D314E bound to ADP-ribose and magnesium
要素Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3
キーワードHYDROLASE / poly(ADP-ribose) hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-serine ADP-deribosylation / cellular response to superoxide / ADP-ribosylserine hydrolase activity / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / negative regulation of necroptotic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage ...peptidyl-serine ADP-deribosylation / cellular response to superoxide / ADP-ribosylserine hydrolase activity / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / negative regulation of necroptotic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / base-excision repair, gap-filling / nuclear body / mitochondrial matrix / DNA repair / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylglycohydrolase fold / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylglycohydrolase / ADP-ribosylation/Crystallin J1 superfamily / : / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / ADP-ribosylhydrolase ARH3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.60001013785 Å
データ登録者Pourfarjam, Y. / Ventura, J. / Kurinov, I. / Kim, I.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure of human ADP-ribosyl-acceptor hydrolase 3 bound to ADP-ribose reveals a conformational switch that enables specific substrate recognition.
著者: Pourfarjam, Y. / Ventura, J. / Kurinov, I. / Cho, A. / Moss, J. / Kim, I.K.
履歴
登録2018年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3
D: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3
A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3
B: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,50212
ポリマ－157,1684
非ポリマー2,3348
水14,664814
1
C: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8763
ポリマ－39,2921
非ポリマー5842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8763
ポリマ－39,2921
非ポリマー5842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8763
ポリマ－39,2921
非ポリマー5842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8763
ポリマ－39,2921
非ポリマー5842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.901, 72.229, 115.906
Angle α, β, γ (deg.)83.008, 85.733, 72.430
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

#1: タンパク質
Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3 / ADP-ribosylhydrolase 3 / [Protein ADP-ribosylarginine] hydrolase-like protein 2


分子量: 39291.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADPRHL2, ARH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NX46, poly(ADP-ribose) glycohydrolase
#2: 化合物
ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 814 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% PEG4000, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, and 0.1 M MgSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→68.48 Å / Num. obs: 173752 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 21.2976613537 Å2 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.618 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.12_2829精密化
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.60001013785→68.4830190676 Å / SU ML: 0.169369997884 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99692749806 / 位相誤差: 20.525211217
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198472784025 8616 4.95887746117 %
Rwork0.167047470217 165133 -
obs0.168559378874 173749 95.6172645876 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.821425451 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.60001013785→68.4830190676 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10134 0 148 814 11096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067316513228210492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93868007993514193
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04653843887261591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005586677349171844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.22029895836223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61820.2727042605372880.249478903865122X-RAY DIFFRACTION89.4214876033
1.6182-1.63720.2601047716662690.2238826732635247X-RAY DIFFRACTION91.2489660877
1.6372-1.65720.2496667667052780.2077116153025386X-RAY DIFFRACTION93.0202003613
1.6572-1.67820.2477970991222850.2086236125265427X-RAY DIFFRACTION94.5695364238
1.6782-1.70030.259543907672780.2030417129625469X-RAY DIFFRACTION95.259406597
1.7003-1.72360.2236721575252890.2073414725985565X-RAY DIFFRACTION95.591116917
1.7236-1.74820.2358562386692610.1983231766985449X-RAY DIFFRACTION95.4211229947
1.7482-1.77430.2557053638243080.2025857724585484X-RAY DIFFRACTION95.5775577558
1.7743-1.8020.2315433505522670.1959722163465562X-RAY DIFFRACTION95.808678501
1.802-1.83150.2242117395532920.1868588903095482X-RAY DIFFRACTION95.8340248963
1.8315-1.86310.20592458393010.1870221620235582X-RAY DIFFRACTION96.0333006856
1.8631-1.8970.2409868478572860.1877911989125493X-RAY DIFFRACTION96.3809206137
1.897-1.93350.2178968768092780.1877844684945538X-RAY DIFFRACTION96.1799239292
1.9335-1.9730.2327342317963200.1800676639525522X-RAY DIFFRACTION96.101332456
1.973-2.01590.2139009374243230.1828914256685523X-RAY DIFFRACTION96.3414634146
2.0159-2.06280.2232763585232710.1824326406295572X-RAY DIFFRACTION96.3873309139
2.0628-2.11440.2235888013412840.1806825570135554X-RAY DIFFRACTION96.8641114983
2.1144-2.17150.1914222672993030.1710821535535514X-RAY DIFFRACTION96.3558058638
2.1715-2.23540.1883298574952800.1621564897495628X-RAY DIFFRACTION96.5201764418
2.2354-2.30760.1813116305642930.1650301199755503X-RAY DIFFRACTION96.7128316369
2.3076-2.39010.1922392362333020.1644709007855611X-RAY DIFFRACTION96.8391745824
2.3901-2.48580.2111731476143050.1620496148755560X-RAY DIFFRACTION96.3687150838
2.4858-2.59890.1896835702512960.1600801383415502X-RAY DIFFRACTION96.3282937365
2.5989-2.73590.1822793021792910.1589727821595479X-RAY DIFFRACTION95.8790295779
2.7359-2.90730.2088219488912890.1657406665485411X-RAY DIFFRACTION93.6883629191
2.9073-3.13180.1955912951862890.1666988206365631X-RAY DIFFRACTION97.512765607
3.1318-3.4470.2019850938882820.1643117462455689X-RAY DIFFRACTION97.6451349141
3.447-3.94570.184013215332540.1455642561165549X-RAY DIFFRACTION97.2189646507
3.9457-4.9710.1525510767032790.1304918360935581X-RAY DIFFRACTION96.1128423815
4.971-68.54580.1893456172092750.179677618075498X-RAY DIFFRACTION95.3741946142
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.06406479104 Å / Origin y: 0.0564808543033 Å / Origin z: -0.0178801849691 Å
111213212223313233
T0.16041621105 Å20.0086354177365 Å20.0142345490045 Å2-0.208105132954 Å2-0.0109359340735 Å2--0.193965953044 Å2
L0.0116417424859 °20.0222999825198 °20.0322971693582 °2-0.106670442947 °2-0.050966330959 °2--0.228684623058 °2
S-0.00812253374783 Å °-0.0132710838423 Å °0.00919798171482 Å °0.00235519823412 Å °-0.00383443488941 Å °-0.00239635026343 Å °0.005823199827 Å °0.0449939376603 Å °0.011238281079 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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