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万見
- PDB-6d2y: Crystal structure of surface glycan-binding protein PbSGBP-B from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d2y
タイトルCrystal structure of surface glycan-binding protein PbSGBP-B from Prevotella bryantii
要素PbSGBP-B lipoprotein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / surface glycan binding protein / beta sandwich / polysaccharide utilization locus / Prevotella bryantii
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Surface glycan-binding protein B, xyloglucan binding domain / Surface glycan-binding protein B xyloglucan binding domain / IPT/TIG domain / IPT domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Prevotella bryantii B14 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Wawrzak, Z. / McGregor, N. / Di Leo, R. / Brumer, H. / Savchenko, A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)Industrial Biocatalysis Network カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of surface glycan-binding protein PbSGBP-B from Prevotella bryantii
著者: McGregor, N.
履歴
登録2018年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PbSGBP-B lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8177
ポリマ－51,3321
非ポリマー4856
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.900, 82.900, 152.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 PbSGBP-B lipoprotein


分子量: 51331.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prevotella bryantii B14 (バクテリア)
遺伝子: PBR_0365 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold / 参照: UniProt: D8DY16
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM MES pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 30 % PEG 5K MME, 1% (w/v) MPD, 15 mg/mL protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→43.33 Å / Num. obs: 28099 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 1.575 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2035 / CC1/2: 0.762 / Rpim(I) all: 0.601 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2733: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.19→43.329 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.67
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2401 1377 4.91 %RANDOM
Rwork0.2044 ---
obs0.2062 28041 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→43.329 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3319 0 31 176 3526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6474684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.631214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1901-2.26840.33821220.31232611X-RAY DIFFRACTION99
2.2684-2.35920.29161100.29362625X-RAY DIFFRACTION99
2.3592-2.46660.33861490.27752605X-RAY DIFFRACTION99
2.4666-2.59660.35221390.27272623X-RAY DIFFRACTION99
2.5966-2.75920.27761590.27432612X-RAY DIFFRACTION100
2.7592-2.97220.34231180.24912654X-RAY DIFFRACTION100
2.9722-3.27130.26361280.24062665X-RAY DIFFRACTION100
3.2713-3.74440.22711470.20082679X-RAY DIFFRACTION100
3.7444-4.71660.20191650.15822696X-RAY DIFFRACTION100
4.7166-43.33730.19991400.16882894X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.84721.10810.29225.59172.3233.3362-0.3284-0.37750.67740.59080.03140.93340.1117-0.55850.2510.41670.04880.10610.61520.1180.664835.093864.158752.596
20.2003-1.30071.15274.8106-3.69862.12220.02450.12590.13780.0768-0.2043-0.1813-0.12210.20240.15330.54920.06210.07770.43740.0470.444455.06635.823763.5274
32.79630.3051-0.09961.6452-0.942.72090.08090.00380.10380.2030.10790.4225-0.4701-0.7802-0.1290.40990.14640.0730.44280.03420.396445.832915.312681.2008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 99 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 248 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 249 through 459 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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