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万見
- PDB-7kqd: Prefusion RSV F Bound to RV521 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kqd
タイトルPrefusion RSV F Bound to RV521
要素Fusion glycoprotein F0
キーワードVIRAL PROTEIN / DS-Cav1 / RSV F / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WVA / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者McLellan, J.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Sisunatovir (RV521), an Inhibitor of Respiratory Syncytial Virus Fusion.
著者: Cockerill, G.S. / Angell, R.M. / Bedernjak, A. / Chuckowree, I. / Fraser, I. / Gascon-Simorte, J. / Gilman, M.S.A. / Good, J.A.D. / Harland, R. / Johnson, S.M. / Ludes-Meyers, J.H. / Littler, ...著者: Cockerill, G.S. / Angell, R.M. / Bedernjak, A. / Chuckowree, I. / Fraser, I. / Gascon-Simorte, J. / Gilman, M.S.A. / Good, J.A.D. / Harland, R. / Johnson, S.M. / Ludes-Meyers, J.H. / Littler, E. / Lumley, J. / Lunn, G. / Mathews, N. / McLellan, J.S. / Paradowski, M. / Peeples, M.E. / Scott, C. / Tait, D. / Taylor, G. / Thom, M. / Thomas, E. / Villalonga Barber, C. / Ward, S.E. / Watterson, D. / Williams, G. / Young, P. / Powell, K.
履歴
登録2020年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2418
ポリマ－63,2181
非ポリマー1,0237
水00
1
F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,72324
ポリマ－189,6553
非ポリマー3,06821
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area18080 Å2
ΔGint-319 kcal/mol
Surface area48810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.610, 168.610, 168.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F1 / Fusion glycoprotein F2


分子量: 63218.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Respiratory syncytial virus (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C3UPB8
#2: 化合物 ChemComp-WVA / 1'-{[5-(aminomethyl)-1-(4,4,4-trifluorobutyl)-1H-benzimidazol-2-yl]methyl}-6'-fluorospiro[cyclopropane-1,3'-indol]-2'(1'H)-one / Sisunatovir


分子量: 446.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22F4N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M CHES pH 9.0, 0.2 M lithium sulfate and 1.77 M potassium/sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→45.06 Å / Num. obs: 18058 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 34.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.362 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.367 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 616976 / Scaling rejects: 234
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.94-3.1229.22.718334628540.5250.5062.7581.7100
8.82-45.06300.053235377850.9990.010.05444.299.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ea4

5ea4


解像度: 2.94→39.742 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2491 874 4.86 %
Rwork0.2055 17123 -
obs0.2077 17997 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.18 Å2 / Biso mean: 70.0373 Å2 / Biso min: 25.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.94→39.742 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3406 0 62 0 3468
Biso mean--117.06 --
残基数----441
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.9405-3.12460.32071450.29682781
3.1246-3.36580.33761430.26342787
3.3658-3.70430.30941450.21682800
3.7043-4.23980.26291360.19742840
4.2398-5.33960.17841460.15912871
5.3396-39.7420.22671590.19833044
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2942-0.4216-0.16492.04731.25233.3598-0.080.3404-0.4236-0.21530.07130.12430.53680.07010.01890.356-0.16620.01380.4054-0.0030.51963.1874-9.4343.7692
22.11570.8210.61360.54810.1745.2759-0.14270.3258-0.3937-1.11620.5727-0.32770.33750.6783-0.34110.62960.0502-0.03370.43570.04060.574118.05-12.54716.3951
33.13851.50590.11842.38580.91613.8622-0.09520.3082-0.6693-0.0892-0.03280.12190.5972-0.30270.11860.7333-0.1152-0.14380.421-0.16430.74791.9524-19.89-3.0608
43.31750.4896-0.96024.49423.35768.9424-0.3281-0.3687-1.39260.75930.09140.26611.9214-0.1790.02810.7455-0.1326-0.03370.47430.080.84760.0479-18.788718.0072
51.55550.1199-0.36781.98791.49962.96270.0281-0.0964-0.1831-0.1556-0.0570.2410.0996-0.176-0.10090.26420.008-0.06260.28520.04710.29358.04561.739421.0436
61.6253-1.2545-0.88974.9835-0.50391.3604-0.0274-0.2749-0.0950.2270.0975-0.126-0.132-0.16-0.00120.2673-0.0406-0.04250.45830.06530.372910.52688.276130.1506
71.206-0.5613-0.37792.73061.00312.06160.1865-0.28310.0740.2599-0.04090.0916-0.1434-0.1743-0.03930.40850.0317-0.00250.38280.04060.30811.815219.785628.6918
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 27 through 96 )F27 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 97 through 170 )F97 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 171 through 253 )F171 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 254 through 276 )F254 - 276
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 277 through 352 )F277 - 352
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 353 through 403 )F353 - 403
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 404 through 214 )F404 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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