PDB-6d1s: Crystal structure of an apo chimeric human alpha1GABAA receptor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d1s

タイトル

Crystal structure of an apo chimeric human alpha1GABAA receptor

要素

chimeric alpha1GABAA receptor

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / GABAA receptor / anesthetics / alphaxalone / neurosteroids

機能・相同性

機能・相同性情報

GABA receptor complex / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / synaptic transmission, GABAergic / Signaling by ERBB4 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Dickeya dadantii (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Chen, Q. / Arjunan, P. / Cohen, A.E. / Xu, Y. / Tang, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis of neurosteroid anesthetic action on GABAAreceptors.
著者: Chen, Q. / Wells, M.M. / Arjunan, P. / Tillman, T.S. / Cohen, A.E. / Xu, Y. / Tang, P.

履歴

登録	2018年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.3	2018年10月24日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.4	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d1s.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d1s.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/6d1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/6d1s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6cduC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yks-2 2yks-1 5lid-1 5heo-2 5heh-d 2vl0-1 3ehz-d 5osc-d 3uq5-1 4twd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (10) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: chimeric alpha1GABAA receptor

B: chimeric alpha1GABAA receptor

C: chimeric alpha1GABAA receptor

D: chimeric alpha1GABAA receptor

E: chimeric alpha1GABAA receptor

F: chimeric alpha1GABAA receptor

G: chimeric alpha1GABAA receptor

H: chimeric alpha1GABAA receptor

I: chimeric alpha1GABAA receptor

J: chimeric alpha1GABAA receptor

372 kDa, 10 ポリマー
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1

A: chimeric alpha1GABAA receptor

B: chimeric alpha1GABAA receptor

C: chimeric alpha1GABAA receptor

D: chimeric alpha1GABAA receptor

E: chimeric alpha1GABAA receptor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: scanning transmission electron microscopy, size exclusion chromatography
186 kDa, 5 ポリマー
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2

F: chimeric alpha1GABAA receptor

G: chimeric alpha1GABAA receptor

H: chimeric alpha1GABAA receptor

I: chimeric alpha1GABAA receptor

J: chimeric alpha1GABAA receptor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
186 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.517, 264.846, 109.153
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	chimeric alpha1GABAA receptor / GABA(A) receptor subunit alpha-1 分子量: 37225.359 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Resid A1 to R199 from E0SJQ4 (E0SJQ4_DICD3), resid K222 to R313 from P14867 (GBRA1_HUMAN), resid G314 to E316 from E0SJQ4 (E0SJQ4_DICD3), and resid S388 to L416 from P14867 (GBRA1_HUMAN) 由来: (組換発現) Dickeya dadantii (strain 3937) (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_00520, GABRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0SJQ4, UniProt: P14867

#1: タンパク質

chimeric alpha1GABAA receptor / GABA(A) receptor subunit alpha-1

分子量: 37225.359 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Resid A1 to R199 from E0SJQ4 (E0SJQ4_DICD3), resid K222 to R313 from P14867 (GBRA1_HUMAN), resid G314 to E316 from E0SJQ4 (E0SJQ4_DICD3), and resid S388 to L416 from P14867 (GBRA1_HUMAN)
由来: (組換発現)

Dickeya dadantii (strain 3937) (バクテリア), (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_00520, GABRA1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0SJQ4, UniProt: P14867

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.5 %
結晶化	温度: 277.1 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, 400mM NaSCN, 21% PEG400 PH範囲: 6.1

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9756 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月29日
放射	モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→39.91 Å / Num. obs: 93787 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 125.8 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.041 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 3.2→3.25 Å / R_merge(I) obs: 2.47 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC_1/2: 0.345 / R_pim(I) all: 0.961 / Χ²: 1.02

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→37.766 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2689	4686	5.01 %
R_work	0.22	-	-
obs	0.2224	93532	98.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→37.766 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25690	0	0	0	25690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	26370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.703	35920
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.741	15470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	4020
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4550

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2364	0.4005	146	0.3536	2855	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2364-3.2744	0.3755	151	0.3382	2906	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2744-3.3143	0.3658	151	0.3211	2953	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3143-3.3563	0.3793	168	0.3224	2952	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3563-3.4004	0.3714	175	0.312	2946	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4004-3.447	0.3784	160	0.3145	2949	X-RAY DIFFRACTION	99
3.447-3.4962	0.3496	150	0.3135	2946	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4962-3.5483	0.3988	158	0.3055	2869	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5483-3.6037	0.3603	162	0.268	2882	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6037-3.6628	0.3089	169	0.253	2867	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6628-3.7259	0.3374	155	0.2507	2957	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7259-3.7936	0.303	194	0.2441	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7936-3.8664	0.2903	164	0.2338	3012	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8664-3.9453	0.3078	155	0.2383	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9453-4.031	0.3177	154	0.247	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
4.031-4.1246	0.3159	135	0.2383	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1246-4.2277	0.2805	145	0.2126	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2277-4.3418	0.234	157	0.2	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3418-4.4694	0.2315	157	0.1924	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4694-4.6134	0.2432	154	0.1791	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6134-4.778	0.2117	172	0.1659	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
4.778-4.9689	0.2172	147	0.1647	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9689-5.1945	0.2093	187	0.1699	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1945-5.4676	0.2693	132	0.1945	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4676-5.809	0.2551	159	0.2086	2976	X-RAY DIFFRACTION	99
5.809-6.2556	0.2687	138	0.2182	2996	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2556-6.8817	0.3017	140	0.2404	2925	X-RAY DIFFRACTION	96
6.8817-7.8697	0.2533	144	0.2087	2931	X-RAY DIFFRACTION	97
7.8697-9.8855	0.1885	149	0.1807	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
9.8855-37.7684	0.2868	158	0.2496	2988	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3863	-0.2555	1.757	2.4105	-1.0761	4.3769	-0.237	-0.1204	0.5218	0.1658	0.3228	-0.2753	-0.5442	-0.2709	0.0002	1.4688	-0.2089	-0.1458	1.3958	-0.0846	1.162	-21.7395	77.5558	16.2444
2	5.5426	-0.9103	1.2725	2.267	1.0793	1.2724	0.5473	-0.4432	0.6237	0.1538	-0.2273	-0.2446	-0.9212	0.0984	-0.0006	1.409	-0.2697	0.2998	1.2214	0.1883	1.3386	-20.3855	86.3775	-33.5805
3	3.933	0.3125	-1.0462	3.1144	-1.4581	3.5732	0.1024	-0.4158	-0.831	0.7372	-0.4708	-0.6603	-0.4417	0.6825	0.0005	1.3187	0.0178	-0.3061	1.4081	0.1821	1.2616	-18.7606	51.2876	11.5243
4	1.8573	-0.1677	1.3419	4.2988	-0.9397	1.1134	-0.3243	1.1236	-0.2971	-0.6651	-0.0367	-0.7045	0.2354	1.0085	0.0065	1.2412	-0.1411	0.3604	1.71	0.1299	1.0495	-14.6523	65.932	-36.6989
5	2.3775	-1.6272	-1.8815	3.441	0.8218	5.4233	-0.0253	-0.2548	-0.2865	0.496	0.0073	0.0925	-0.2394	0.4656	0.0001	1.0727	-0.0908	-0.0312	0.904	-0.0304	0.9716	-43.0771	41.0803	6.1074
6	1.4767	0.5984	-0.5184	1.9644	-1.2241	0.703	0.1195	0.4074	-0.2028	-0.639	-0.1378	-0.358	0.3873	0.4594	-0.0005	1.299	-0.0901	0.236	1.1992	0.0309	0.7904	-32.6359	54.7325	-41.5444
7	2.23	0.6318	-0.4695	3.6683	1.4265	5.7808	-0.0214	0.01	0.0855	0.1813	-0.1433	0.6614	0.3287	-0.2612	-0	1.2889	-0.0371	0.162	0.956	0.0374	1.0789	-61.0495	60.8827	7.3974
8	2.4608	-0.027	0.5669	3.2975	1.0586	1.1621	-0.1242	0.5279	0.0665	-0.5543	0.133	-0.0294	0.1479	0.079	-0.0015	1.2529	-0.2755	0.0808	1.3842	0.1388	0.6231	-49.5474	68.4482	-41.2599
9	1.0678	0.398	-1.2566	1.5947	-1.4226	6.0616	0.3739	0.0517	0.3696	0.6937	0.0663	-0.0877	-0.2582	-0.1174	-0.0002	1.3472	-0.1127	-0.0311	0.8916	-0.0034	1.0838	-47.8585	83.3598	13.5274
10	2.0659	0.2496	-0.4772	4.1874	1.7789	1.0452	0.1131	0.2362	0.2425	-0.875	-0.1283	-0.2046	-0.3752	0.202	0.0055	1.6261	-0.0529	0.2352	1.2638	0.3098	1.0462	-41.9243	88.0155	-36.3488
11	6.3211	-0.0905	2.1035	2.8452	0.242	2.7023	0.1299	-0.1271	-0.3936	0.129	-0.2093	-0.2683	0.3736	-0.0119	-0.0001	1.242	0.1427	0.0369	0.9805	-0.0095	1.2964	-48.1653	-25.3192	-8.108
12	0.3675	-0.4432	-0.2931	0.9144	-0.6828	2.285	-0.0083	-0.4646	1.5119	-0.6733	-0.2088	1.7016	0.4156	-0.5173	-0.1079	0.8818	0.0004	-0.3604	1.2601	-0.1647	2.2385	-95.4089	-9.9936	-17.3547
13	6.8014	0.8949	1.0476	0.5059	0.4631	2.2863	0.2108	-0.4042	-0.5091	0.4228	-0.2232	0.0126	0.477	0.0146	-0.0001	1.3459	0.1673	-0.0552	1.0721	0.0063	1.3394	-45.2441	-5.1212	9.1518
14	1.1287	-0.0401	1.6725	0.1004	-0.2595	2.6014	0.0815	-0.1476	0.3334	0.21	-0.2479	0.2939	0.173	-0.5787	0	0.7999	0.0052	0.0348	1.1787	-0.3491	1.7465	-93.7873	4.2837	-1.1477
15	6.7805	-0.5674	1.1398	3.3286	-0.2512	2.3449	-0.1522	-0.0429	-0.2827	-0.2286	0.0856	-0.2765	-0.2022	0.2466	-0.0003	0.8868	0.0071	0.0272	0.8896	-0.0234	1.0819	-38.384	16.4674	-5.1445
16	1.139	1.6436	-0.1314	2.5625	0.6634	2.8044	0.0156	0.5382	-0.5204	-0.3046	-0.2768	1.0661	-0.4088	-0.3595	-0.0427	0.7708	0.1645	-0.2182	1.0824	-0.2291	1.52	-88.3009	23.2944	-9.8865
17	4.6409	-2.1384	-0.9807	2.2594	0.1126	0.3268	-0.2753	0.2238	0.1027	-0.1988	0.3706	0.3236	-0.244	-0.2209	0.0002	1.1676	0.0669	0.0412	1.3971	0.0812	1.2413	-36.9835	9.7984	-31.1529
18	0.7265	-0.2792	-1.349	1.4071	0.6814	2.4031	0.1347	0.1426	-0.0449	-0.8469	0.0117	0.9579	-0.3101	-0.2576	-0.001	1.0193	0.2558	-0.3944	1.3942	0.0843	1.566	-86.4949	20.6643	-31.2541
19	3.858	-0.9793	1.5988	3.9563	0.0948	2.5082	-0.1057	0.5135	0.4848	-1.1536	-0.3609	-0.7456	0.2401	0.2734	-0.0004	1.3668	0.1414	0.1953	1.2216	-0.0477	1.2069	-42.9467	-16.2368	-32.8274
20	0.6149	-0.425	-0.9417	0.9589	0.141	1.7149	-0.295	0.4866	0.8904	-0.6315	0.059	-0.2313	0.3339	-0.374	-0.0043	1.1086	0.0717	-0.4777	1.4154	-0.2804	1.4585	-90.9155	0.2145	-36.0219

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 199 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 222 through 416 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 10 through 199 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 222 through 416 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 10 through 199 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 222 through 416 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 10 through 199 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 222 through 416 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 10 through 199 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 222 through 416 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resid 10 through 199 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 222 through 416 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'G' and (resid 10 through 199 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'G' and (resid 222 through 416 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 10 through 199 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'H' and (resid 222 through 416 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'I' and (resid 10 through 199 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'I' and (resid 222 through 416 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'J' and (resid 10 through 199 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'J' and (resid 222 through 416 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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