PDB-6d0u: Crystal structure of C05 V110P/A117E mutant bound to H3 influenza...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d0u

タイトル

Crystal structure of C05 V110P/A117E mutant bound to H3 influenza hemagglutinin, HA1 subunit

要素

Antibody C05 V110P/A117E mutant, heavy chain
Antibody C05, light chain
Hemagglutinin

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / Computational design / Antibody / Influenza / Hemagglutinin

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.25 Å

データ登録者

Wu, N.C. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Multistate design of influenza antibodies improves affinity and breadth against seasonal viruses.
著者: Sevy, A.M. / Wu, N.C. / Gilchuk, I.M. / Parrish, E.H. / Burger, S. / Yousif, D. / Nagel, M.B.M. / Schey, K.L. / Wilson, I.A. / Crowe Jr., J.E. / Meiler, J.

履歴

登録	2018年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6d0u.ent.gz	923.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6d0u_validation.pdf.gz	533.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d0u_full_validation.pdf.gz	568.4 KB	表示
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CIF形式データ	6d0u_validation.cif.gz	125.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d0u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4fp8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fp8-2 4fp8-4 4fp8-1 4fp8-3 5umn-1 1w72-1 3gjf-1 6bj2-d 3hae-2 1w72-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
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人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

E: Antibody C05 V110P/A117E mutant, heavy chain

F: Antibody C05, light chain

B: Hemagglutinin

C: Antibody C05 V110P/A117E mutant, heavy chain

D: Antibody C05, light chain

J: Hemagglutinin

K: Antibody C05 V110P/A117E mutant, heavy chain

L: Antibody C05, light chain

H: Antibody C05 V110P/A117E mutant, heavy chain

I: Antibody C05, light chain

G: Hemagglutinin

ヘテロ分子

321 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Hemagglutinin

E: Antibody C05 V110P/A117E mutant, heavy chain

F: Antibody C05, light chain

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
80.1 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Hemagglutinin

C: Antibody C05 V110P/A117E mutant, heavy chain

D: Antibody C05, light chain

登録者が定義した集合体
80.1 kDa, 3 ポリマー
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3

J: Hemagglutinin

K: Antibody C05 V110P/A117E mutant, heavy chain

L: Antibody C05, light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
80.4 kDa, 3 ポリマー
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4

H: Antibody C05 V110P/A117E mutant, heavy chain

I: Antibody C05, light chain

G: Hemagglutinin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
80.4 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.605, 258.422, 91.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 30391.104 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7

#2: 抗体

Antibody C05 V110P/A117E mutant, heavy chain

分子量: 26376.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

#3: 抗体

Antibody C05, light chain

分子量: 23367.018 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5 and 20% PEG 3000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.473
1	1	-L, K, H	2	0.527

反射

解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 64646 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 63 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.09 / R_sym value: 0.16 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度: 3.25→3.35 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5630 / CC_1/2: 0.5 / R_pim(I) all: 0.43 / R_sym value: 0.78 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PHASER	2.5.6	位相決定
HKL-2000	712	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB 4FP8

4fp8

解像度: 3.25→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.889 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 37.037 / SU ML: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.114 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26824	3065	4.8 %	RANDOM
R_work	0.25367	-	-	-
obs	0.25437	61178	94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 116.503 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-37.49 Å²	-0 Å²	-52.46 Å²
2-	-	-2.7 Å²	-0 Å²
3-	-	-	40.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.25→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21924	0	28	0	21952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	22499
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	20102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.949	30599
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.922	3	46924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.337	5	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.591	24.378	932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.889	15	3606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.981	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	25101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4487
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.12	6.747	11486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.12	6.747	11485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.227	10.119	14340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.227	10.12	14341
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.056	6.731	11013
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.056	6.732	11014
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.121	10.097	16260
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.741		90764
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.741		90765
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.228→3.311 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.69	186	-
R_work	0.607	3197	-
obs	-	-	67.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0946	-0.7891	-0.4849	0.9981	1.2504	3.0211	-0.1427	-0.4086	-0.0257	0.2069	0.1392	0.0923	-0.2083	0.1208	0.0036	0.5587	-0.0477	-0.1418	0.3801	0.0449	0.7801	182.3109	-44.7979	-128.6011
2	3.6291	0.3519	-0.4154	2.4848	-0.192	5.2566	0.2692	-0.3656	0.1806	0.3457	-0.1943	0.0288	-0.2432	0.0266	-0.0749	0.4673	0.031	-0.09	0.1315	0.028	0.4868	196.9439	-31.101	-139.0681
3	9.3998	-0.5006	-1.9791	10.9365	9.3061	24.446	0.1781	0.2773	0.1208	-0.5475	-0.2471	-0.0711	-1.3584	-0.412	0.069	0.3028	0.0218	-0.057	0.2242	0.116	0.6588	198.9622	-41.2712	-146.7834
4	2.7603	1.5435	-2.6576	5.5346	2.0709	5.7944	0.267	-0.2267	0.1212	0.2286	0.147	-0.1931	0.1893	0.8342	-0.414	0.504	0.124	-0.0567	0.4934	0.0005	0.6986	205.7808	-41.0599	-145.3016
5	3.3935	0.5921	-0.8174	1.0374	-0.0538	2.2728	0.0901	-0.5769	-0.3147	0.2138	-0.1111	-0.0135	0.3049	-0.0208	0.021	0.5374	0.0251	-0.1774	0.2313	0.1255	0.6079	187.8994	-47.4339	-126.592
6	4.6222	-6.6613	-0.7216	11.7578	-0.7399	1.5938	0.42	0.7533	-0.274	-1.3242	-0.5465	0.1874	0.5532	-0.4966	0.1266	0.8712	0.039	-0.0248	0.963	-0.1548	0.9843	188.0262	-52.1726	-178.1181
7	7.9281	-1.8179	-3.7472	6.3092	2.9715	2.5809	0.2362	-0.0232	0.0953	-0.2162	0.0748	-0.4911	-0.2333	0.1212	-0.311	0.5105	0.0069	-0.0851	0.4829	0.074	0.5757	173.8731	-42.8238	-162.5891
8	3.0706	0.3797	1.9648	0.2229	0.6306	2.1472	0.0794	0.5311	-0.2055	-0.1603	-0.0756	-0.0119	-0.2426	0.0128	-0.0038	0.6638	0.0925	-0.1286	0.4088	0.0359	0.675	171.1465	-48.827	-162.4963
9	3.1732	0.271	0.6754	3.2726	0.1815	4.521	0.0758	0.0829	-0.0683	-0.1542	-0.0453	0.0252	-0.1828	0.02	-0.0305	0.3261	0.0135	-0.0882	0.127	0.0172	0.52	154.5525	-43.8012	-152.959
10	1.3258	0.4635	0.6406	0.6117	0.2375	0.3114	-0.0059	0.632	-0.0463	-0.2999	0.0327	-0.0927	0.0087	0.3052	-0.0268	0.5804	0.06	-0.0839	0.5954	0.0209	0.7393	165.7977	-49.5219	-160.9297
11	0.8642	0.9348	1.3648	1.0726	1.4738	2.2796	-0.0777	0.626	-0.2521	-0.1157	0.4233	-0.2856	0.2883	1.0296	-0.3457	1.3798	0.1872	0.1107	1.521	-0.2334	1.1803	184.8723	-61.335	-179.6172
12	0.644	-1.4739	0.3389	3.3955	-0.7804	0.1809	-0.1571	-0.0737	-0.0045	0.2892	0.202	0.1415	-0.0567	-0.018	-0.0449	0.7506	0.0057	-0.179	0.6567	-0.0249	0.9598	165.5186	-18.383	-119.7741
13	4.3419	9.5625	4.563	35.2371	18.66	10.0254	0.0616	0.7844	-0.1797	-0.1543	-0.3569	0.408	-0.0953	-0.4418	0.2953	0.9158	0.0527	-0.1601	0.9503	-0.0337	0.7121	154.6464	-38.7978	-127.507
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14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	29 - 214
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	1 - 64
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	65 - 129
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	130 - 176
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	177 - 187
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	188 - 193
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	194 - 213
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	2 - 29
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	30 - 134
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	135 - 214
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	1 - 24
25	X-RAY DIFFRACTION	25	F	25 - 43
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	44 - 95
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	96 - 136
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	137 - 163
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	164 - 189
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	190 - 213
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	43 - 200
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	201 - 219
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	220 - 276
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	277 - 309
35	X-RAY DIFFRACTION	35	H	2 - 28
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	29 - 123
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	124 - 214
38	X-RAY DIFFRACTION	38	I	1 - 39
39	X-RAY DIFFRACTION	39	I	40 - 107
40	X-RAY DIFFRACTION	40	I	108 - 148
41	X-RAY DIFFRACTION	41	I	149 - 213
42	X-RAY DIFFRACTION	42	J	43 - 120
43	X-RAY DIFFRACTION	43	J	121 - 273
44	X-RAY DIFFRACTION	44	J	274 - 309
45	X-RAY DIFFRACTION	45	K	2 - 28
46	X-RAY DIFFRACTION	46	K	29 - 101
47	X-RAY DIFFRACTION	47	K	102 - 127
48	X-RAY DIFFRACTION	48	K	128 - 164
49	X-RAY DIFFRACTION	49	K	165 - 188
50	X-RAY DIFFRACTION	50	K	189 - 214
51	X-RAY DIFFRACTION	51	L	1 - 122
52	X-RAY DIFFRACTION	52	L	123 - 151
53	X-RAY DIFFRACTION	53	L	152 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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