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- PDB-6d0i: ParT: Prs ADP-ribosylating toxin bound to cognate antitoxin ParS.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d0i
タイトルParT: Prs ADP-ribosylating toxin bound to cognate antitoxin ParS. L48M ParT, SeMet-substituted complex.
要素
  • ParS: COG5642 (DUF2384) antitoxin fragment
  • ParT: COG5654 (RES domain) toxin
キーワードTOXIN / ADP-ribosyltransferase / toxin-antitoxin complex / ParST
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Antitoxin Xre-like, helix-turn-helix domain / Antitoxin Xre-like helix-turn-helix domain / Antitoxin Xre/MbcA/ParS-like, toxin-binding domain / Antitoxin Xre/MbcA/ParS C-terminal toxin-binding domain / RES domain / RES domain / RES
類似検索 - ドメイン・相同性
Prs ADP-ribosylating antitoxin / Prs ADP-ribosylating toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium sp. YBL2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å
Model detailsSeMet-substituted L48M toxin in complex with C-terminal antitoxin fragment
データ登録者Piscotta, F.J. / Jeffrey, P.D. / Link, A.J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: ParST is a widespread toxin-antitoxin module that targets nucleotide metabolism.
著者: Piscotta, F.J. / Jeffrey, P.D. / Link, A.J.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ParT: COG5654 (RES domain) toxin
B: ParS: COG5642 (DUF2384) antitoxin fragment
C: ParT: COG5654 (RES domain) toxin
D: ParS: COG5642 (DUF2384) antitoxin fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3125
ポリマ－50,2204
非ポリマー921
水9,800544
1
A: ParT: COG5654 (RES domain) toxin
B: ParS: COG5642 (DUF2384) antitoxin fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1102
ポリマ－25,1102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10830 Å2
手法PISA
2
C: ParT: COG5654 (RES domain) toxin
D: ParS: COG5642 (DUF2384) antitoxin fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2023
ポリマ－25,1102
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.977, 51.319, 57.941
Angle α, β, γ (deg.)84.680, 73.820, 85.510
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ParT: COG5654 (RES domain) toxin


分子量: 17403.471 Da / 分子数: 2 / 断片: RES domain / 変異: L48M / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SeMet-substituted
由来: (組換発現) Sphingobium sp. YBL2 (バクテリア)
遺伝子: TZ53_17660 / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0C5XL88
#2: タンパク質 ParS: COG5642 (DUF2384) antitoxin fragment


分子量: 7706.326 Da / 分子数: 2 / 断片: DUF2384 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SeMet-substituted
由来: (組換発現) Sphingobium sp. YBL2 (バクテリア)
遺伝子: TZ53_17665 / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0C5XKJ0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 % / Mosaicity: 0.09 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 10% MPD, 100 mM sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.979272 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→29.03 Å / Num. obs: 69683 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 14.29 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 731885
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.51-1.558.30.68241790.7890.2490.72877.8
6.74-29.0310.20.0978020.9920.0320.10398.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
MERLOT位相決定
精密化解像度: 1.55→29.03 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1903 3235 4.99 %
Rwork0.1588 61583 -
obs0.1604 64818 96.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.37 Å2 / Biso mean: 19.8399 Å2 / Biso min: 6.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→29.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3484 0 6 544 4034
Biso mean--20.49 31.25 -
残基数----462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1124995
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5391342
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.57320.28031310.24552600273194
1.5732-1.59770.26331530.24172600275394
1.5977-1.62390.24331250.22422607273295
1.6239-1.65190.26031320.20712623275594
1.6519-1.6820.22351480.18922655280396
1.682-1.71430.19051260.18662659278595
1.7143-1.74930.22541290.1832674280396
1.7493-1.78730.24611330.18072640277396
1.7873-1.82890.21171510.16052668281996
1.8289-1.87460.18271460.14972619276596
1.8746-1.92530.18471440.15112704284897
1.9253-1.98190.21521510.16082654280597
1.9819-2.04590.22821360.1562671280797
2.0459-2.1190.20421370.1552721285897
2.119-2.20380.17191320.15092703283597
2.2038-2.30410.18661420.15612700284298
2.3041-2.42550.18541360.15622697283398
2.4255-2.57740.17661370.15622708284598
2.5774-2.77620.2031510.15772738288998
2.7762-3.05530.19251430.15722728287199
3.0553-3.49680.15611700.14472710288099
3.4968-4.40320.1611410.13042738287999
4.4032-29.03460.17771410.161627662907100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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