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- PDB-6d06: Human ADAR2d E488Y mutant complexed with dsRNA containing an abas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d06
タイトルHuman ADAR2d E488Y mutant complexed with dsRNA containing an abasic site opposite the edited base
要素
  • Double-stranded RNA-specific editase 1
  • RNA (5'-R(*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*NP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*CP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*GP*CP*UP*(8AZ)P*GP*AP*GP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*G)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA / adenosine deaminase / RNA editing / HYDROLASE / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoglossal nerve morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / facial nerve morphogenesis / spinal cord ventral commissure morphogenesis / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation ...hypoglossal nerve morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / facial nerve morphogenesis / spinal cord ventral commissure morphogenesis / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / base conversion or substitution editing / neuromuscular process controlling posture / adenosine to inosine editing / neuromuscular synaptic transmission / innervation / motor behavior / motor neuron apoptotic process / positive regulation of viral genome replication / RNA processing / negative regulation of cell migration / multicellular organism growth / mRNA processing / double-stranded RNA binding / defense response to virus / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / mRNA binding / synapse / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ADAR2, first double-stranded RNA binding domain / ADAR2, second double-stranded RNA binding domain / Adenosine deaminase/editase / Adenosine-deaminase (editase) domain / Adenosine to inosine editase domain profile. / tRNA-specific and double-stranded RNA adenosine deaminase (RNA-specific editase) / Double-stranded RNA binding motif / Cytokine IL1/FGF / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Double-stranded RNA-specific editase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Matthews, M.M. / Fisher, A.J. / Beal, P.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM061115 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: A Bump-Hole Approach for Directed RNA Editing.
著者: Monteleone, L.R. / Matthews, M.M. / Palumbo, C.M. / Thomas, J.M. / Zheng, Y. / Chiang, Y. / Fisher, A.J. / Beal, P.A.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 2.02020年1月1日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12020年9月30日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.conn_type_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-stranded RNA-specific editase 1
B: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*GP*CP*UP*(8AZ)P*GP*AP*GP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*G)-3')
C: RNA (5'-R(*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*NP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*C)-3')
D: Double-stranded RNA-specific editase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1728
ポリマ－104,7214
非ポリマー1,4514
水86548
1
A: Double-stranded RNA-specific editase 1
B: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*GP*CP*UP*(8AZ)P*GP*AP*GP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*G)-3')
C: RNA (5'-R(*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*NP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4075
ポリマ－59,6813
非ポリマー7252
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
2
D: Double-stranded RNA-specific editase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7653
ポリマ－45,0391
非ポリマー7252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area15540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.680, 63.440, 132.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Double-stranded RNA-specific editase 1 / RNA-editing deaminase 1 / RNA-editing enzyme 1 / dsRNA adenosine deaminase


分子量: 45039.445 Da / 分子数: 2 / 変異: E488Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADARB1, ADAR2, DRADA2, RED1 / プラスミド: pSc / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BCY123
参照: UniProt: P78563, double-stranded RNA adenine deaminase

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*GP*CP*UP*(8AZ)P*GP*AP*GP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*G)-3')


分子量: 7415.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*NP*AP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量: 7226.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 52分子

#4: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES:NaOH pH 6.5, 14% PEG 20,000 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→106 Å / Num. obs: 37329 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.44 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 15.27
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 2749 / CC1/2: 0.736 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZY7

1zy7


解像度: 2.55→105.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 11.895 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.294 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25518 1862 5 %RANDOM
Rwork0.19012 ---
obs0.19334 35463 97.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 64.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.05 Å20 Å21.2 Å2
2---4.83 Å20 Å2
3---0.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.55→105.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5760 967 74 48 6849
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0187069
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7391.8669796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1013.00114068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1665738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.14322.902255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.634151043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4781550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6986.4772955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6956.4752954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0029.7043689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.0019.7063690
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8176.6894113
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8156.6874109
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0559.9236101
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.17172.5617956
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.17172.5667957
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 135 -
Rwork0.308 2610 -
obs--98.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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