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- PDB-6d01: Crystal structure of 1210 Fab in complex with circumsporozoite pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d01
タイトルCrystal structure of 1210 Fab in complex with circumsporozoite protein NANP5
要素
  • 1210 Antibody, Light chain
  • 1210 Antibody, heavy chain
  • NANP5
キーワードIMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody / Circumsporozoite protein
機能・相同性
機能・相同性情報


entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Scally, S.W. / Bosch, A. / Imkeller, K. / Wardemann, H. / Julien, J.P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Antihomotypic affinity maturation improves human B cell responses against a repetitive epitope.
著者: Imkeller, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Marti, G.P. / Costa, G. / Triller, G. / Murugan, R. / Renna, V. / Jumaa, H. / Kremsner, P.G. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Mordmuller, B. / ...著者: Imkeller, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Marti, G.P. / Costa, G. / Triller, G. / Murugan, R. / Renna, V. / Jumaa, H. / Kremsner, P.G. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Mordmuller, B. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H.
履歴
登録2018年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1210 Antibody, heavy chain
B: 1210 Antibody, Light chain
C: 1210 Antibody, heavy chain
D: 1210 Antibody, Light chain
E: 1210 Antibody, heavy chain
F: 1210 Antibody, Light chain
G: 1210 Antibody, heavy chain
H: 1210 Antibody, Light chain
I: NANP5
J: NANP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,94964
ポリマ－195,24510
非ポリマー3,70454
水00
1
A: 1210 Antibody, heavy chain
B: 1210 Antibody, Light chain
C: 1210 Antibody, heavy chain
D: 1210 Antibody, Light chain
I: NANP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,95339
ポリマ－97,6235
非ポリマー2,33134
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 1210 Antibody, heavy chain
F: 1210 Antibody, Light chain
G: 1210 Antibody, heavy chain
H: 1210 Antibody, Light chain
J: NANP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,99625
ポリマ－97,6235
非ポリマー1,37420
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)205.963, 150.856, 134.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体
1210 Antibody, heavy chain


分子量: 24313.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
1210 Antibody, Light chain


分子量: 23498.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド NANP5


分子量: 2000.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P02893*PLUS
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.11 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.2M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 67565 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5890 / CC1/2: 0.57 / Rpim(I) all: 0.375 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→39.866 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 2001 2.96 %
Rwork0.2039 --
obs0.2046 67547 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→39.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13369 0 240 0 13609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52618832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8378188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442088
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.280.37231520.32374642X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.36870.32791430.30444689X-RAY DIFFRACTION100
3.3687-3.46770.29621280.27034619X-RAY DIFFRACTION100
3.4677-3.57960.28451450.25744690X-RAY DIFFRACTION100
3.5796-3.70740.26891390.25264653X-RAY DIFFRACTION100
3.7074-3.85580.25871530.23544681X-RAY DIFFRACTION100
3.8558-4.03110.25871430.21664664X-RAY DIFFRACTION100
4.0311-4.24340.2081400.19624671X-RAY DIFFRACTION100
4.2434-4.50890.18891440.16624681X-RAY DIFFRACTION100
4.5089-4.85650.1721350.15274686X-RAY DIFFRACTION100
4.8565-5.34420.19011490.16284686X-RAY DIFFRACTION100
5.3442-6.11510.20121440.18184716X-RAY DIFFRACTION100
6.1151-7.69530.22161430.20174694X-RAY DIFFRACTION100
7.6953-39.86910.19661430.18194774X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.86872.03650.10685.2732-2.26123.39280.1252-0.5312-0.8370.613-0.5026-2.019-0.04470.86130.32660.5078-0.1815-0.18670.8580.22421.0673265.017669.6439150.8917
23.25481.3825-0.0464.8121-2.1623.5173-0.05350.05950.2072-0.5182-0.366-1.03681.10710.98770.47370.87490.41120.32740.97340.31441.3511296.48898.4328107.6147
33.4672-1.0152-0.65895.402-1.26595.5810.03870.21940.7104-0.1633-0.3746-1.0670.39520.72810.18730.96920.1324-0.1240.81840.27240.8109272.7625187.479754.0201
45.00941.40461.50472.34550.28027.0735-0.02290.2943-0.1452-0.1456-0.2622-1.002-0.1091.38140.30250.62320.0774-0.04430.80030.25330.8377292.9871148.16391.0439
55.92533.532-4.48656.5133-3.28685.2474-0.0774-0.0874-0.4339-0.19370.0448-0.30190.20840.1520.04910.4003-0.0919-0.11050.4630.01120.5181251.181467.9402142.1865
66.6544-0.6935-1.52621.91050.1043.6640.197-0.8249-0.028-0.1126-0.3129-1.4929-0.14341.06620.19480.4287-0.03450.02640.84190.23351.1045291.1676109.4197118.5331
73.7307-2.52622.85222.9025-2.72775.4322-0.2301-0.01740.35450.43450.1054-0.3890.08130.09240.0981.26440.0503-0.16020.5840.05740.5907257.4804189.152160.0246
84.0493-0.2513-0.47492.90880.05383.886-0.1433-0.14610.39470.4787-0.1351-0.4183-0.24040.0720.31350.51460.0051-0.25740.4247-0.01470.5622281.9036138.8425129.8024
92.1852-0.0488-0.18015.0036-1.7922.8821-0.12990.0879-0.0126-0.2065-0.0082-0.1998-0.1658-0.3340.17030.34080.0611-0.10480.4913-0.11530.4083267.7544136.4557113.2892
103.56521.559-1.03988.6356-3.10684.9290.0908-0.50650.03281.2283-0.3772-0.2433-0.33750.0660.2590.5416-0.2024-0.09290.5772-0.07370.4358266.469106.226145.7836
112.27080.09520.41486.4472-0.44734.0435-0.1485-0.04-0.2566-0.3148-0.14740.47890.2483-0.53350.28150.2894-0.08240.05080.5084-0.05250.4223261.651398.0866126.0869
120.80520.4712-0.51264.05620.47612.9783-0.24070.3415-0.373-1.5087-0.5306-1.04720.56590.45060.69321.33870.33750.5150.85760.14470.9022287.1026118.977978.2192
131.9691.091-0.58114.939-1.9793.61870.0420.2678-0.225-0.8968-0.1302-0.32450.4230.01740.11540.63760.15380.00510.4913-0.13510.4219269.9627120.76891.6434
141.95-0.65611.14113.6493-3.38033.5025-0.24590.5812-0.0496-1.1845-0.2549-0.31570.07320.18080.46731.45770.28840.11140.8340.02070.5258274.0566151.053359.2958
151.998-0.3984-0.27697.2662-2.27991.2031-0.20270.01440.0944-0.3495-0.06510.2328-0.4566-0.250.26140.95540.1821-0.13370.6602-0.01720.3429265.4052159.033677.868
163.82715.42691.65387.80761.7133.9666-0.2018-0.38450.64270.87520.40530.39520.1899-0.3907-0.25470.51450.0261-0.11460.6230.01990.4789266.6873124.5626136.1298
176.398-5.9966-0.67252.0108-4.91346.8109-0.15110.2755-0.4563-2.07860.57810.0540.9681-0.6814-0.44431.52980.14840.16930.79240.10190.5559272.8929132.691968.9785
183.2747-0.609-0.48463.7201-1.28195.1501-0.10860.32850.3939-0.1644-0.3667-0.6082-1.45671.02020.45760.9376-0.2693-0.25890.84370.30781.1186296.0929159.416102.6898
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and resid 114 through 215)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'E' and resid 114 through 215)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'G' and resid 114 through 214)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 108 through 213)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'D' and resid 108 through 213)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 108 through 213)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'H' and resid 108 through 214)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'A' and resid 1 through 113)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'B' and resid 1 through 107)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'C' and resid 1 through 113)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'D' and resid 1 through 107)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'E' and resid 1 through 113)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain 'F' and resid 1 through 107)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain 'G' and resid 1 through 113)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain 'H' and resid 1 through 107)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain 'I' and resid 2 through 20)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain 'J' and resid 2 through 20)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain 'A' and resid 114 through 213)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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