+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6czm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Medicago truncatula ATP-phosphoribosyltransferase in tense form | ||||||
![]() | ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ATP-PRT / PRPP / allosteric regulation / histidine biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ruszkowski, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Guarding the gateway to histidine biosynthesis in plants:Medicago truncatulaATP-phosphoribosyltransferase in relaxed and tense states. 著者: Ruszkowski, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 776.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 652.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38573.184 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: 11438625, MTR_4g130680 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: G7JFL4 #2: 化合物 | ChemComp-AMP / #3: 化合物 | ChemComp-HIS / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: histidine and AMP (5 mM each) were added to the protein solution supplemented with 10 mM MgCl2 and 100 mM KCl and incubated for 1 h. Reservoir solution: 2.53 M NaCl, 100 mM Bis-Tris propane ...詳細: histidine and AMP (5 mM each) were added to the protein solution supplemented with 10 mM MgCl2 and 100 mM KCl and incubated for 1 h. Reservoir solution: 2.53 M NaCl, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.3 and 10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 62118 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.88→2.95 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4580 / Rrim(I) all: 0.93 / % possible all: 99.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Domains of MedtrATP-PRT1 in relaxed form 解像度: 2.88→43.295 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.83
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.88→43.295 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.88→3.01 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|