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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2930
タイトルCryo-electron microscopy map of La Crosse orthobunyavirus polymerase (apo form, residues 1-1750)
マップデータCryo-electron microscopy map of La Crosse orthobunyavirus polymerase (apo form, residues 1-1750)
試料
  • 試料: La Crosse orthobunyavirus polymerase (residues 1-1750, apo form)
  • タンパク質・ペプチド: La Crosse RNA-dependent RNA polymerase
キーワードRNA dependent RNA polymerase / segmented negative stranded RNA virus / replication / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding ...host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, orthobunyavirus / : / Virus, RNA-directed RNA polymerase L, thumb ring domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種La Crosse virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者Gerlach P / Malet H / Cusack S / Reguera J
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into Bunyavirus Replication and Its Regulation by the vRNA Promoter.
著者: Piotr Gerlach / Hélène Malet / Stephen Cusack / Juan Reguera /
要旨: Segmented negative-strand RNA virus (sNSV) polymerases transcribe and replicate the viral RNA (vRNA) within a ribonucleoprotein particle (RNP). We present cryo-EM and X-ray structures of, ...Segmented negative-strand RNA virus (sNSV) polymerases transcribe and replicate the viral RNA (vRNA) within a ribonucleoprotein particle (RNP). We present cryo-EM and X-ray structures of, respectively, apo- and vRNA bound La Crosse orthobunyavirus (LACV) polymerase that give atomic-resolution insight into how such RNPs perform RNA synthesis. The complementary 3' and 5' vRNA extremities are sequence specifically bound in separate sites on the polymerase. The 5' end binds as a stem-loop, allosterically structuring functionally important polymerase active site loops. Identification of distinct template and product exit tunnels allows proposal of a detailed model for template-directed replication with minimal disruption to the circularised RNP. The similar overall architecture and vRNA binding of monomeric LACV to heterotrimeric influenza polymerase, despite high sequence divergence, suggests that all sNSV polymerases have a common evolutionary origin and mechanism of RNA synthesis. These results will aid development of replication inhibitors of diverse, serious human pathogenic viruses.
履歴
登録2015年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月15日-
マップ公開2015年6月10日-
更新2015年6月17日-
現状2015年6月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.148
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.148
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2930.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2930.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-electron microscopy map of La Crosse orthobunyavirus polymerase (apo form, residues 1-1750)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.02 Å/pix.
x 120 pix.
= 242.4 Å		2.02 Å/pix.
x 120 pix.
= 242.4 Å		2.02 Å/pix.
x 120 pix.
= 242.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.148 / ムービー #1: 0.148
最小 - 最大-0.5006029 - 0.65991658
平均 (標準偏差)0.00293544 (±0.02737703)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 242.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.022.022.02
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z242.400242.400242.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-24-24-24
NX/NY/NZ494949
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.5010.6600.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : La Crosse orthobunyavirus polymerase (residues 1-1750, apo form)

全体名称: La Crosse orthobunyavirus polymerase (residues 1-1750, apo form)
要素
  • 試料: La Crosse orthobunyavirus polymerase (residues 1-1750, apo form)
  • タンパク質・ペプチド: La Crosse RNA-dependent RNA polymerase

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超分子 #1000: La Crosse orthobunyavirus polymerase (residues 1-1750, apo form)

超分子名称: La Crosse orthobunyavirus polymerase (residues 1-1750, apo form)
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 203.5 KDa / 理論値: 203.5 KDa

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分子 #1: La Crosse RNA-dependent RNA polymerase

分子名称: La Crosse RNA-dependent RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: La Crosse virus (ウイルス) / 株: LACV/mosquito/1978 / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 20.35 KDa / 理論値: 20.35 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: Hi5 / 組換プラスミド: pFastBac
配列UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L / GO: RNA-directed RNA polymerase activity / InterPro: RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 2 mM TCEP, pH 8
グリッド詳細: Quantifoil grid 400 mesh 2/1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 2s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 100 K
詳細Binning factor 2 used for data collection
日付2013年3月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 28 µm / 実像数: 6129 / 平均電子線量: 14 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 80 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 138129 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 138129
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細CTF correction using CTFFIND3 Manual picking in EMAN boxer 2D classification in IMAGIC5 and RELION1.3 Automated picking using the fast projection matching algorithm Refinement and 3D classification in RELION1.3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION1.3 / 使用した粒子像数: 178983

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5amr


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Two rigid bodies were used: 1-184 185-1745
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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