[日本語] English
万見
- PDB-6cy8: Crystal structure of FAD-dependent dehydrogenase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cy8
タイトルCrystal structure of FAD-dependent dehydrogenase
要素
  • Alpha/beta hydrolase fold protein
  • Butyryl-CoA dehydrogenase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / acyl carrier protein / FAD-dependent enzyme / natural product biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


short-chain acyl-CoA dehydrogenase / : / flavin adenine dinucleotide binding / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain ...Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Alpha/beta hydrolase family / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / Alpha/beta hydrolase fold protein / Butyryl-CoA dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Marinomonas mediterranea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.729 Å
データ登録者Agarwal, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R00ES026620 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Insights into Thiotemplated Pyrrole Biosynthesis Gained from the Crystal Structure of Flavin-Dependent Oxidase in Complex with Carrier Protein.
著者: Thapa, H.R. / Robbins, J.M. / Moore, B.S. / Agarwal, V.
履歴
登録2018年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Butyryl-CoA dehydrogenase
A: Alpha/beta hydrolase fold protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4414
ポリマ－50,2972
非ポリマー1,1442
水1,964109
1
B: Butyryl-CoA dehydrogenase
A: Alpha/beta hydrolase fold protein
ヘテロ分子

B: Butyryl-CoA dehydrogenase
A: Alpha/beta hydrolase fold protein
ヘテロ分子

B: Butyryl-CoA dehydrogenase
A: Alpha/beta hydrolase fold protein
ヘテロ分子

B: Butyryl-CoA dehydrogenase
A: Alpha/beta hydrolase fold protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,76216
ポリマ－201,1878
非ポリマー4,5768
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+4/31
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+4/31
Buried area32350 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area59110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.365, 104.365, 235.671
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

-
要素

#1: タンパク質 Butyryl-CoA dehydrogenase


分子量: 41703.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas mediterranea (strain ATCC 700492 / JCM 21426 / NBRC 103028 / MMB-1) (バクテリア)
株: ATCC 700492 / JCM 21426 / NBRC 103028 / MMB-1 / 遺伝子: Marme_4091 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2K077, short-chain acyl-CoA dehydrogenase
#2: タンパク質 Alpha/beta hydrolase fold protein


分子量: 8592.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas mediterranea (strain ATCC 700492 / JCM 21426 / NBRC 103028 / MMB-1) (バクテリア)
株: ATCC 700492 / JCM 21426 / NBRC 103028 / MMB-1 / 遺伝子: Marme_4088 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2K074
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.61 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45 Å / Num. obs: 19969 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 11.5 % / Net I/σ(I): 12.52
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.729→42.195 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2406 985 4.97 %RANDOM
Rwork0.1912 ---
obs0.1937 19799 94.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.729→42.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3339 0 75 109 3523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9664851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.892838
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005623
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7293-2.87310.29741070.20652471X-RAY DIFFRACTION88
2.8731-3.05310.28131250.22012714X-RAY DIFFRACTION97
3.0531-3.28870.25591460.20172706X-RAY DIFFRACTION97
3.2887-3.61950.26851500.19072691X-RAY DIFFRACTION96
3.6195-4.14290.20711340.1772718X-RAY DIFFRACTION96
4.1429-5.21810.19731560.16382717X-RAY DIFFRACTION95
5.2181-42.19980.25551670.20672797X-RAY DIFFRACTION92

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る