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万見
- PDB-6cxo: Complement component-9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cxo
タイトルComplement component-9
要素Complement component C9
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunity / Complex / Complement / MACPF
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / cell killing / Regulation of Complement cascade / membrane attack complex / other organism cell membrane / complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation, classical pathway / protein homooligomerization / positive regulation of immune response ...Terminal pathway of complement / cell killing / Regulation of Complement cascade / membrane attack complex / other organism cell membrane / complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation, classical pathway / protein homooligomerization / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Thrombospondin type 1 domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily ...Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Thrombospondin type 1 domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Complement component C9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Law, R.H.P. / Spicer, B.A. / Caradoc-Davies, T.T.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The first transmembrane region of complement component-9 acts as a brake on its self-assembly.
著者: Bradley A Spicer / Ruby H P Law / Tom T Caradoc-Davies / Sue M Ekkel / Charles Bayly-Jones / Siew-Siew Pang / Paul J Conroy / Georg Ramm / Mazdak Radjainia / Hariprasad Venugopal / James C ...著者: Bradley A Spicer / Ruby H P Law / Tom T Caradoc-Davies / Sue M Ekkel / Charles Bayly-Jones / Siew-Siew Pang / Paul J Conroy / Georg Ramm / Mazdak Radjainia / Hariprasad Venugopal / James C Whisstock / Michelle A Dunstone /
要旨: Complement component 9 (C9) functions as the pore-forming component of the Membrane Attack Complex (MAC). During MAC assembly, multiple copies of C9 are sequentially recruited to membrane associated ...Complement component 9 (C9) functions as the pore-forming component of the Membrane Attack Complex (MAC). During MAC assembly, multiple copies of C9 are sequentially recruited to membrane associated C5b8 to form a pore. Here we determined the 2.2 Å crystal structure of monomeric murine C9 and the 3.9 Å resolution cryo EM structure of C9 in a polymeric assembly. Comparison with other MAC proteins reveals that the first transmembrane region (TMH1) in monomeric C9 is uniquely positioned and functions to inhibit its self-assembly in the absence of C5b8. We further show that following C9 recruitment to C5b8, a conformational change in TMH1 permits unidirectional and sequential binding of additional C9 monomers to the growing MAC. This mechanism of pore formation contrasts with related proteins, such as perforin and the cholesterol dependent cytolysins, where it is believed that pre-pore assembly occurs prior to the simultaneous release of the transmembrane regions.
履歴
登録2018年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement component C9
B: Complement component C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,84615
ポリマ－120,5882
非ポリマー1,25913
水6,035335
1
A: Complement component C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8917
ポリマ－60,2941
非ポリマー5976
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Complement component C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9568
ポリマ－60,2941
非ポリマー6627
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Complement component C9
ヘテロ分子

B: Complement component C9
ヘテロ分子

A: Complement component C9
ヘテロ分子

A: Complement component C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,69330
ポリマ－241,1764
非ポリマー2,51726
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation3_575x+1/2,-y+2,-z+1/21
crystal symmetry operation4_675-x+3/2,-y+2,z+1/21
Buried area7470 Å2
ΔGint-335 kcal/mol
Surface area85600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.588, 149.213, 165.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-725-

HOH

21A-818-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Complement component C9


分子量: 60293.949 Da / 分子数: 2 / 変異: N28E, N243D, N397D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: C9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06683

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 344分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 % / 解説: plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG 3350, sodium malonate, zinc chloride / PH範囲: 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.20365 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月29日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.20365 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.74 Å / Num. obs: 66078 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 59.38 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 1.359 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 9323 / CC1/2: 0.656 / Rpim(I) all: 0.514 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→49.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU R Cruickshank DPI: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.216 / SU Rfree Blow DPI: 0.188 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.187
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 3369 5.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.211 66058 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.8409 Å20 Å20 Å2
2---3.2776 Å20 Å2
3---12.1185 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→49.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7160 0 59 335 7554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017390HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.759999HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2599SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes198HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1064HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7390HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion6.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion965SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8213SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 206 4.56 %
Rwork0.226 4314 -
all0.2266 4520 -
obs--92.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5075-0.0391-0.03450.4471-0.22351.62840.0093-0.0926-0.00380.15140.03980.00320.14110.3917-0.0491-0.02170.07120.0305-0.02970.0071-0.12423.841496.028828.0236
20.4577-0.15380.2160.81160.46381.3183-0.0831-0.0002-0.0030.0545-0.07040.10370.0281-0.18440.1535-0.06450.00240.0255-0.0495-0.0117-0.093347.2713133.47755.8762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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