[日本語] English
万見
- PDB-6cwt: Hepatitis B core-antigen in complex with Fab e21 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cwt
タイトルHepatitis B core-antigen in complex with Fab e21
要素
  • Capsid protein
  • Fab e21 heavy chain
  • Fab e21 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Hepatitis B virus / Fab / Core dimer / Nucleocapsid / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold / Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Hepatitis B virus subtype adyw (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.151 Å
データ登録者Eren, E. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)Intramural Research 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structures of Hepatitis B Virus Core- and e-Antigen Immune Complexes Suggest Multi-point Inhibition.
著者: Eren, E. / Watts, N.R. / Dearborn, A.D. / Palmer, I.W. / Kaufman, J.D. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T.
履歴
登録2018年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fab e21 heavy chain
B: Fab e21 light chain
C: Fab e21 heavy chain
D: Fab e21 light chain
E: Capsid protein
F: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,7646
ポリマ－128,7646
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13710 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area47460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)238.376, 66.523, 104.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体 Fab e21 heavy chain


分子量: 24614.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab e21 light chain


分子量: 23047.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5


分子量: 16720.025 Da / 分子数: 2 / Mutation: C48A, C107A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus subtype adyw (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03147

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Potassium thiocyanate 0.1 M Bis-tris propane, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→40 Å / Num. obs: 26112 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.94 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3.15→3.21 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2196 / CC1/2: 0.67 / Rrim(I) all: 1.45 / % possible all: 82.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D3C

4d3c


解像度: 3.151→39.983 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2831 1998 7.67 %
Rwork0.2305 --
obs0.2346 26053 96.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.151→39.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8078 0 0 0 8078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80911328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9094896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061446
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1507-3.22950.44961090.37511308X-RAY DIFFRACTION75
3.2295-3.31680.421450.36721746X-RAY DIFFRACTION98
3.3168-3.41430.38881410.34521699X-RAY DIFFRACTION98
3.4143-3.52450.35841460.31921753X-RAY DIFFRACTION98
3.5245-3.65040.43581420.29131707X-RAY DIFFRACTION98
3.6504-3.79640.35421440.27781737X-RAY DIFFRACTION99
3.7964-3.9690.3651460.26981749X-RAY DIFFRACTION99
3.969-4.17810.29621440.23291750X-RAY DIFFRACTION99
4.1781-4.43950.24531470.20581759X-RAY DIFFRACTION99
4.4395-4.78180.25051440.18431749X-RAY DIFFRACTION99
4.7818-5.26210.24051450.19411736X-RAY DIFFRACTION99
5.2621-6.02130.2871480.21071779X-RAY DIFFRACTION99
6.0213-7.57770.29691460.23951775X-RAY DIFFRACTION99
7.5777-39.98620.20911510.18821808X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.25361.1114-2.72574.67532.09333.4387-0.3603-0.33871.16190.30540.4491-0.2774-0.071.9906-00.72270.0496-0.03221.22560.1591.0872338.221864.27-66.7701
24.35662.3283-2.29724.12321.86878.2389-0.0449-0.95080.15240.76570.5445-0.01380.06521.07050.13480.88220.2368-0.06351.08120.00430.743324.544863.8091-58.7001
31.9320.6077-2.37750.19560.18346.16260.047-0.98790.09010.3031-0.1836-0.1196-0.03250.65530.15520.82670.0979-0.03560.72660.02740.8271329.29462.9699-64.7651
43.79010.22343.32017.74673.63664.3816-0.61431.76-0.2178-2.1185-2.0272.1224-1.9433-1.16280.40091.6239-0.17180.30131.3606-0.14771.4132321.13270.6609-108.9138
54.050.0189-0.17372.1277-0.26914.2555-0.1786-0.1965-0.3229-0.1230.3091-0.0306-0.3621-0.08280.01340.59380.01820.11550.38070.0530.8189328.699767.6545-88.8341
64.76131.05742.12794.4601-0.23085.1963-0.23020.08230.8573-0.2408-0.3686-0.1714-0.449-0.03260.0230.6382-0.01260.05320.46350.11230.9157328.483175.0506-92.8241
73.7491.0015-2.08914.2068-0.70228.2334-0.0796-0.9935-0.93990.48060.22620.52541.5528-0.63570.35750.93330.03870.29980.77070.08510.9232308.362250.6065-66.4692
82.3702-0.4910.61582.04792.51133.7124-0.03880.0883-0.5206-0.2176-0.1247-0.2254-0.34510.7201-0.04390.56830.0651-0.01680.83030.15750.7087313.314563.0575-69.8539
92.94940.63332.97719.97591.37653.0745-1.30820.67221.1162-0.4223-0.79731.2473-1.78610.51710.09370.9880.0408-0.10631.18220.01531.0514302.839565.3335-65.0487
105.74280.9057-0.7864.2016-0.05869.7394-0.5237-0.4039-0.02090.4898-0.06350.2314-0.5237-1.170.16820.59260.1153-0.01690.8730.10240.8122304.55857.2327-70.2283
116.0602-0.49972.23384.3861.84961.78750.5894-1.3894-1.91620.7961.29762.70092.0170.57040.48080.7395-0.1605-0.25471.07510.11680.6377316.81853.5694-57.1642
121.6230.4574-1.34910.32980.37783.4932-0.2578-0.0160.3981-0.19730.85480.24650.3265-1.14150.17220.6384-0.05330.05920.3901-0.12460.754731559.8887-93.9541
132.32150.9448-2.65863.19980.45466.07651.18880.09731.8225-0.80390.225-0.1481-0.89860.6916-0.39220.8228-0.05790.1080.593-0.02540.7421333.986564.6712-100.2443
146.36210.2718-4.29951.842-0.00184.6649-0.0648-0.1398-0.1178-0.23560.1237-0.40090.3771-0.15530.22340.64420.0417-0.01250.31740.13480.7259323.541453.0396-98.1003
155.84490.1893-1.58951.5482-0.33356.4908-0.38620.5109-0.0975-0.29240.08660.0618-0.35090.0607-0.1260.7083-0.1229-0.12480.35130.08750.6222324.148958.5244-101.8462
161.83212.29220.24844.8905-2.18143.76830.42831.01630.57010.1890.76030.68210.7022-0.3426-0.090.73080.0448-0.06412.0116-0.21011.2693236.300379.341-83.4503
178.3986-1.6071-5.78271.9859-3.46492.0403-1.6511-0.78410.8378-0.057-0.55930.70771.42910.2243-1.93131.1786-0.253-0.03921.1062-0.54520.7427242.609367.9148-82.0694
186.3431.6246-1.63431.4824-2.84395.81290.3964-2.4699-1.0998-1.7768-0.27150.4094-0.10370.3994-0.74350.4321-0.9082-0.80041.4424-1.1745-0.612248.520566.6991-74.7937
195.3251-0.97810.19142.267-2.19235.011-0.2956-0.95870.8290.4169-0.04821.140.0816-0.87850.1380.9324-0.38510.14661.8466-0.42580.6173243.496970.9045-69.5003
202.4584-0.47790.03354.2442-2.86761.9587-0.69880.952-0.3747-2.05910.7211.6811.4833-0.69550.27441.1935-0.4192-0.07341.5343-0.3620.9484240.359364.5048-78.8532
217.2543-1.3080.72543.4985-3.18473.1476-0.45521.46661.08870.83820.2182-0.1312-0.57240.58290.08120.6735-0.0993-0.15091.2534-0.45560.804242.965777.0128-76.1489
223.61180.44340.81080.7744-1.6193.8909-0.3488-1.6587-1.3738-1.24940.3406-0.63260.4103-1.23540.87541.5014-0.17480.35861.5693-0.22350.7655255.773559.5668-68.6862
232.79171.77082.48164.39550.25892.7877-0.3156-0.2624-0.84290.6518-0.7383-1.22970.30381.36660.52670.86620.2039-0.0331.4597-0.10480.8873256.881167.0292-74.8406
242.68880.88540.48746.5617-1.66442.0212-0.6177-0.0660.5516-0.9696-1.29931.23591.4293-0.4884-3.64240.8544-0.2421-0.14642.0231-0.43980.4884247.618775.9245-82.8228
252.80320.7383.31733.82761.69544.03370.50550.81761.27510.1522-0.1691-0.31351.3085-0.82241.2020.37710.82020.11390.7059-0.10681.7703244.768791.0723-94.662
260.63780.7039-0.68773.7059-2.33844.52950.23030.90531.3034-0.26720.28370.7178-1.2327-0.7036-0.53680.7170.5959-0.07520.9804-0.10541.7206255.845594.4122-97.2751
278.8888-0.6842-1.70024.8453-0.87363.5523-0.4798-0.3086-0.0974-0.68980.13141.31711.29510.17340.07180.75630.0633-0.05430.9865-0.1961.4336252.956784.5406-95.2368
281.90270.7778-0.87574.23572.45476.871-0.67130.33910.49830.2075-1.15451.46271.18210.4040.27671.22170.07580.19280.7705-0.02371.374264.823286.2963-94.8182
290.12170.2578-0.21940.6848-0.7790.88-0.5449-0.21743.2871-0.7689-1.18220.0133-1.3981-1.4986-0.20610.94110.3343-0.08331.4041-0.42451.8192247.24195.2235-87.3795
307.43911.5745-0.94024.1386-0.4624.75810.83511.47350.5426-0.8677-0.6748-0.3629-0.0951-0.22350.16030.68320.2016-0.00310.72790.09931.2163257.626588.2902-99.8572
316.0627-3.33082.8485.56642.94326.8134-0.88752.00230.6598-1.9644-1.0182-0.54282.0361-0.22460.22340.7181-0.0213-0.08861.25650.02180.905254.568988.1029-105.9162
322.1482-2.23410.58132.4071-0.00363.0461-0.4945-0.39580.31490.85951.1928-0.0926-0.73050.17240.22691.0839-0.03670.15421.4392-0.25670.9167259.810182.3158-62.4711
334.96412.4523-0.80112.5828-0.21153.76730.0733-0.46020.11970.6236-0.35840.18130.08560.5650.40460.98740.00120.14281.0344-0.16190.7878263.552775.8442-67.8178
340.67920.41750.40841.99331.12510.8541-0.5591-0.64321.0387-0.2423-0.70190.05230.6534-0.15910.50570.99770.10270.05941.42180.1190.9966270.656668.5921-70.8775
352.5047-0.5948-0.23381.5719-1.68736.5138-0.3246-0.56940.59820.3972-0.3768-0.2889-0.8357-0.01350.36120.7402-0.0663-0.1160.7768-0.23240.7958264.430283.2019-73.8272
363.3761-1.6252-3.52336.77210.22364.09070.83640.01861.0787-1.7479-1.39130.31930.1572-0.5052-0.58511.49780.2046-0.03910.708-0.24821.4671253.1165102.1084-97.2623
373.14270.58340.51512.6997-0.51935.0845-0.148-1.17831.2690.02870.08750.2454-1.0843-0.95080.16491.07060.0962-0.00970.7849-0.27081.5228261.5484101.0521-84.6025
381.9536-1.65370.74051.6699-1.85995.10860.06370.02041.8250.3614-0.0724-0.575-1.4649-1.13980.22131.40170.1750.01420.9352-0.20491.672259.8322108.6135-92.7252
393.60520.2334-0.63530.607-1.01281.62640.2156-0.12760.25960.1391-0.516-0.35210.37260.5492-0.27631.06520.09610.12121.9140.21981.0572295.884957.7151-43.6919
401.59580.2724-1.72561.2636-1.45092.96431.2813-0.6274-0.16022.1782-0.289-1.01340.0640.2836-0.28112.1102-0.87290.66530.3607-1.29051.548286.231270.4706-38.2922
415.4497-2.0336-2.0923.44552.08621.5599-1.03591.5887-0.775-2.2968-1.6026-0.3752-0.64942.335-1.04011.0803-0.11690.39981.6693-0.04031.1887282.097270.8484-51.3132
422.2297-0.4546-1.90030.10870.21581.08670.07581.6370.27850.6941-0.1514-0.0797-0.7198-0.3395-0.33261.12490.25740.11732.0007-0.0470.8209280.228958.0618-40.2601
434.5945-0.59081.47685.4968-0.20520.56740.61580.1812-0.2805-0.0581-0.9204-2.11860.53010.92620.52990.82750.2862-0.13771.61030.29580.8256288.086451.031-30.4651
442.7814-0.8289-0.60260.68230.53222.7297-1.0734-1.9887-0.01980.68920.01710.78960.36160.3664-0.40461.04360.29540.24061.9001-0.17351.1156292.67263.0384-44.6145
455.3167-0.3127-2.0986.64731.6774.1714-0.3561-0.92053.62720.87891.0224-1.3286-0.40640.9399-0.30171.36170.28330.24911.9555-0.12770.8654302.657664.1059-50.2219
460.72510.1662-0.90670.31480.29612.0546-0.3777-1.8809-0.2291-1.0635-0.9523-0.7336-1.01822.32070.05931.42450.06140.2062.4091-0.03461.0726316.246755.257-43.5596
475.34821.2427-1.5656.9539-6.50316.0962-1.0634-2.03321.8224-0.3259-2.3739-0.7381.01673.3463-0.36062.09260.28220.24092.3689-0.82531.6039314.908463.8856-42.7805
483.426-1.96410.91521.1017-0.19452.9671-0.41930.5193-0.22680.43870.57810.17310.3601-1.0010.05291.2527-0.00260.29021.87470.13690.9737267.388357.4181-51.9524
490.3607-0.1061-0.73430.0110.23522.33840.4583-1.1927-1.3892-0.0971-0.04480.93821.5426-1.26170.19021.61460.10340.41241.4330.36071.3886277.102141.8892-55.5312
503.0203-1.13690.55462.1807-1.04493.0536-1.4439-0.47010.4655-0.26480.35550.72270.62021.2671-0.02961.40470.4030.75631.45440.03460.9349283.961649.9232-49.6899
510.0373-0.0552-0.01740.03090.01910.0031-0.05460.38-0.8452-0.44090.918-0.27180.7057-0.1357-0.08870.9538-0.3659-0.00361.32920.22411.5089270.387247.4418-38.7524
525.0195-1.68311.2664.38432.23343.2258-0.90711.4944-2.11580.5123-1.67940.43771.22371.03120.02821.51640.05340.35771.7925-0.10670.9568272.806851.931-54.5283
533.74720.06261.87983.2383-0.77273.11710.8290.7826-0.8885-1.2245-0.5803-0.2709-0.0637-1.4702-0.15961.117-0.00640.29451.41320.10360.9495258.943457.9887-60.22
540.46850.21-0.46381.2462-1.66072.12150.1368-1.40850.14450.83571.24851.3620.8435-3.57-0.11861.127-0.34480.12981.7186-0.23490.8433252.029353.3792-62.8185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 58 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 59 through 130 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 131 through 140 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 141 through 181 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 182 through 220 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 35 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 36 through 49 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 50 through 62 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 63 through 89 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 90 through 103 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 104 through 123 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 124 through 139 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 140 through 165 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 166 through 215 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 7 through 16 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 17 through 23 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 29 through 38 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 39 through 70 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 71 through 79 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 80 through 94 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 95 through 104 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 105 through 109 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 110 through 115 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 116 through 132 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 140 through 151 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 152 through 163 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 164 through 171 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 172 through 181 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 182 through 211 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 212 through 218 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 2 through 14 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 15 through 49 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 50 through 62 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 63 through 125 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 126 through 139 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 140 through 176 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 177 through 209 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 3 through 31 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'E' and (resid 32 through 36 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'E' and (resid 37 through 50 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resid 51 through 73 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'E' and (resid 87 through 96 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'E' and (resid 97 through 109 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'E' and (resid 110 through 123 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'E' and (resid 124 through 132 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'E' and (resid 133 through 139 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'F' and (resid 3 through 26 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'F' and (resid 27 through 39 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'F' and (resid 40 through 73 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'F' and (resid 90 through 95 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'F' and (resid 96 through 109 )
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'F' and (resid 110 through 132 )
54X-RAY DIFFRACTION54chain 'F' and (resid 133 through 139 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る