ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XDS | | データ削減 | XSCALE | | データスケーリング | PHENIX | | 精密化 | PDB_EXTRACT | 3.24 | データ抽出 | MoRDa | | 位相決定 | ARP/wARP | | モデル構築 | Coot | | モデル構築 | PARROT | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 4xda, per Morda 解像度: 1.8→35.88 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.38
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.196 | 1965 | 6.95 % |
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Rwork | 0.153 | - | - |
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obs | 0.156 | 28260 | 99.92 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 105.63 Å2 / Biso mean: 34.2815 Å2 / Biso min: 12.27 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→35.88 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2247 | 0 | 11 | 278 | 2536 |
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Biso mean | - | - | 37.4 | 39.7 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 314 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 % 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all |
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1.8001-1.8451 | 0.2684 | 154 | 0.191 | 1845 | 1999 | 1.8451-1.895 | 0.243 | 127 | 0.1885 | 1849 | 1976 | 1.895-1.9507 | 0.2434 | 156 | 0.1848 | 1849 | 2005 | 1.9507-2.0137 | 0.2358 | 151 | 0.1677 | 1828 | 1979 | 2.0137-2.0857 | 0.2022 | 145 | 0.1578 | 1855 | 2000 | 2.0857-2.1692 | 0.2314 | 126 | 0.167 | 1875 | 2001 | 2.1692-2.2679 | 0.214 | 148 | 0.1581 | 1861 | 2009 | 2.2679-2.3874 | 0.1918 | 108 | 0.1525 | 1902 | 2010 | 2.3874-2.5369 | 0.2075 | 130 | 0.1553 | 1875 | 2005 | 2.5369-2.7328 | 0.2028 | 140 | 0.1635 | 1872 | 2012 | 2.7328-3.0076 | 0.2044 | 143 | 0.1564 | 1884 | 2027 | 3.0076-3.4426 | 0.2138 | 146 | 0.1467 | 1894 | 2040 | 3.4426-4.3361 | 0.1431 | 144 | 0.1294 | 1898 | 2042 | 4.3361-35.8872 | 0.1844 | 147 | 0.1513 | 2008 | 2155 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.4611 | 1.764 | 0.3695 | 8.5205 | 1.831 | 0.8008 | -0.1298 | 0.2303 | -0.1466 | -0.6206 | 0.1129 | -0.0226 | -0.06 | 0.0082 | 0.0055 | 0.1708 | 0.0045 | -0.0192 | 0.2016 | -0.0412 | 0.1401 | 63.3103 | 7.2249 | 8.304 | 2 | 3.5488 | -0.7685 | 0.3821 | 5.0264 | -1.2707 | 3.889 | -0.0329 | 0.2874 | -0.1054 | -0.255 | -0.0395 | -0.6242 | -0.0078 | 0.2769 | 0.0797 | 0.1422 | -0.0002 | 0.058 | 0.232 | -0.0452 | 0.2181 | 75.0258 | 18.4031 | 9.6525 | 3 | 1.5716 | -0.1498 | 0.3225 | 1.3068 | -0.113 | 0.9414 | -0.0024 | 0.1072 | 0.0114 | -0.032 | 0.012 | -0.059 | -0.0626 | 0.0836 | -0.0054 | 0.1487 | -0.0005 | -0.0029 | 0.1269 | -0.0046 | 0.1207 | 60.6257 | 23.126 | 16.6324 | 4 | 4.5826 | -0.8858 | 0.0808 | 2.5085 | -0.7587 | 7.3798 | 0.0578 | 0.2396 | -0.1151 | -0.1353 | 0.0702 | 0.3081 | 0.3645 | -0.4484 | -0.0622 | 0.2008 | 0.0076 | -0.0384 | 0.1554 | 0.0444 | 0.1927 | 43.2029 | 27.3376 | 11.1518 | 5 | 3.9318 | -0.2418 | -0.8647 | 0.3646 | -0.5545 | 2.8291 | 0.1297 | 0.3218 | -0.3333 | -0.2346 | -0.1086 | 0.0156 | 0.4033 | 0.2761 | -0.0205 | 0.3525 | 0.056 | -0.0558 | 0.3063 | -0.0138 | 0.2223 | 54.8653 | 26.0086 | -0.5342 | 6 | 5.7517 | -2.9195 | 1.067 | 4.3219 | -1.1113 | 3.1423 | 0.2827 | 0.6057 | -0.8061 | -0.1209 | -0.2514 | -0.2152 | 0.6715 | 0.1074 | -0.0115 | 0.6378 | 0.072 | -0.0494 | 0.5674 | -0.0837 | 0.5657 | 61.6225 | 21.8259 | -4.894 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 4 through 42 )A4 - 42 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 43 through 93 )A43 - 93 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 94 through 197 )A94 - 197 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 198 through 238 )A198 - 238 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 5 | chain 'A' and (resid 239 through 288 )A239 - 288 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | 6 | chain 'A' and (resid 289 through 317 )A289 - 317 | | | | | | | | | | | | |
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