PDB-6cw5: Crystal structure of Ribokinase from Cryptococcus neoformans var....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cw5

タイトル

Crystal structure of Ribokinase from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A

要素

Ribokinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Cryptococcus neoformans / Ribokinase / phosphorylation / ATP / ADP / D-ribose / D-ribose 5-phosphate / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

ribokinase / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Ribokinase from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cw5.cif.gz	137.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cw5.ent.gz	104.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/6cw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/6cw5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xdaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6zuj-1 5h6h-d 3b8v-1 7nbf-1 2ddu-2 4hds-d 7nbg-1 1n7n-d 5b7z-d 7nbd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribokinase

ヘテロ分子

35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribokinase

ヘテロ分子

A: Ribokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
70.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.010, 80.010, 81.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-569- HOH
2	1	A-585- HOH
3	1	A-601- HOH
4	1	A-615- HOH

#1: タンパク質	Ribokinase / RK 分子量: 35086.723 Da / 分子数: 1 / 断片: CrneC.01141.a.B12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_02296 / プラスミド: CrneC.01141.a.B12 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9VQ51, ribokinase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, E9: 10% PEG 20.000, 20% PEG MME 550: 30mM of each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol: 100mM Bicine/Trizma base ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, E9: 10% PEG 20.000, 20% PEG MME 550: 30mM of each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol: 100mM Bicine/Trizma base pH 8.5: CrneC.01141.a.B12.PW38396 at 19.46mg/ml: cryo: direct: tray 297317e9: puck rdz7-2:

結晶

マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 %

結晶化

温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, E9: 10% PEG 20.000, 20% PEG MME 550: 30mM of each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol: 100mM Bicine/Trizma base ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月22日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→35.88 Å / Num. obs: 28288 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.857 % / B_iso Wilson estimate: 24.29 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 0.998 / Net I/σ(I): 15.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	4.083	0.424	2.9	2076	0.863	0.485	99.8
1.85-1.9	5.197	0.337	4.15	2016	0.935	0.374	99.9
1.9-1.95	6.052	0.246	6.1	1948	0.971	0.269	100
1.95-2.01	6.189	0.194	7.74	1892	0.984	0.212	100
2.01-2.08	6.214	0.156	9.85	1835	0.988	0.17	100
2.08-2.15	6.204	0.13	11.23	1802	0.992	0.142	100
2.15-2.23	6.204	0.109	13.27	1742	0.993	0.119	100
2.23-2.32	6.19	0.094	15.18	1661	0.995	0.103	100
2.32-2.43	6.223	0.084	17.17	1598	0.995	0.092	99.9
2.43-2.55	6.168	0.078	18.22	1521	0.996	0.085	99.9
2.55-2.68	6.163	0.069	20.55	1451	0.996	0.075	100
2.68-2.85	6.159	0.061	22.72	1396	0.997	0.066	99.9
2.85-3.04	6.046	0.057	24.17	1301	0.997	0.062	100
3.04-3.29	5.973	0.056	26.15	1225	0.997	0.062	100
3.29-3.6	5.918	0.052	27.41	1125	0.997	0.057	100
3.6-4.02	5.832	0.051	28.69	1021	0.998	0.056	99.7
4.02-4.65	5.727	0.052	28.94	911	0.997	0.057	100
4.65-5.69	5.721	0.051	28.83	788	0.998	0.056	100
5.69-8.05	5.524	0.048	28.3	622	0.998	0.053	99.7
8.05-35.88	4.852	0.047	27.07	357	0.999	0.052	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MoRDa		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
PARROT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4xda, per Morda

4xda

解像度: 1.8→35.88 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.38

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	1965	6.95 %
R_work	0.153	-	-
obs	0.156	28260	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.63 Å² / B_iso mean: 34.2815 Å² / B_iso min: 12.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→35.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2247	0	11	278	2536
B_iso mean	-	-	37.4	39.7	-
残基数	-	-	-	-	314

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8001-1.8451	0.2684	154	0.191	1845	1999
1.8451-1.895	0.243	127	0.1885	1849	1976
1.895-1.9507	0.2434	156	0.1848	1849	2005
1.9507-2.0137	0.2358	151	0.1677	1828	1979
2.0137-2.0857	0.2022	145	0.1578	1855	2000
2.0857-2.1692	0.2314	126	0.167	1875	2001
2.1692-2.2679	0.214	148	0.1581	1861	2009
2.2679-2.3874	0.1918	108	0.1525	1902	2010
2.3874-2.5369	0.2075	130	0.1553	1875	2005
2.5369-2.7328	0.2028	140	0.1635	1872	2012
2.7328-3.0076	0.2044	143	0.1564	1884	2027
3.0076-3.4426	0.2138	146	0.1467	1894	2040
3.4426-4.3361	0.1431	144	0.1294	1898	2042
4.3361-35.8872	0.1844	147	0.1513	2008	2155

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4611	1.764	0.3695	8.5205	1.831	0.8008	-0.1298	0.2303	-0.1466	-0.6206	0.1129	-0.0226	-0.06	0.0082	0.0055	0.1708	0.0045	-0.0192	0.2016	-0.0412	0.1401	63.3103	7.2249	8.304
2	3.5488	-0.7685	0.3821	5.0264	-1.2707	3.889	-0.0329	0.2874	-0.1054	-0.255	-0.0395	-0.6242	-0.0078	0.2769	0.0797	0.1422	-0.0002	0.058	0.232	-0.0452	0.2181	75.0258	18.4031	9.6525
3	1.5716	-0.1498	0.3225	1.3068	-0.113	0.9414	-0.0024	0.1072	0.0114	-0.032	0.012	-0.059	-0.0626	0.0836	-0.0054	0.1487	-0.0005	-0.0029	0.1269	-0.0046	0.1207	60.6257	23.126	16.6324
4	4.5826	-0.8858	0.0808	2.5085	-0.7587	7.3798	0.0578	0.2396	-0.1151	-0.1353	0.0702	0.3081	0.3645	-0.4484	-0.0622	0.2008	0.0076	-0.0384	0.1554	0.0444	0.1927	43.2029	27.3376	11.1518
5	3.9318	-0.2418	-0.8647	0.3646	-0.5545	2.8291	0.1297	0.3218	-0.3333	-0.2346	-0.1086	0.0156	0.4033	0.2761	-0.0205	0.3525	0.056	-0.0558	0.3063	-0.0138	0.2223	54.8653	26.0086	-0.5342
6	5.7517	-2.9195	1.067	4.3219	-1.1113	3.1423	0.2827	0.6057	-0.8061	-0.1209	-0.2514	-0.2152	0.6715	0.1074	-0.0115	0.6378	0.072	-0.0494	0.5674	-0.0837	0.5657	61.6225	21.8259	-4.894

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 42 )	A	4 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 93 )	A	43 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 94 through 197 )	A	94 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 198 through 238 )	A	198 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 239 through 288 )	A	239 - 288
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 289 through 317 )	A	289 - 317

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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