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- PDB-6cvl: Crystal structure of the Escherichia coli ATPgS-bound MetNI methi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cvl
タイトルCrystal structure of the Escherichia coli ATPgS-bound MetNI methionine ABC transporter in complex with its MetQ binding protein
要素
  • MetI transmembrane subunit
  • MetN nucleotide-binding subunit
  • MetQ periplasmic binding protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MetNIQ / Outward-facing conformation / Catalytic intermediate state
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine transmembrane transporter activity / ABC-type D-methionine transporter activity / methionine import across plasma membrane / methionine-importing ABC transporter complex / ABC-type methionine transporter / D-methionine transmembrane transport / Gram-negative-bacterium-type cell wall / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / metabolic process / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing ...L-methionine transmembrane transporter activity / ABC-type D-methionine transporter activity / methionine import across plasma membrane / methionine-importing ABC transporter complex / ABC-type methionine transporter / D-methionine transmembrane transport / Gram-negative-bacterium-type cell wall / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / metabolic process / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, methionine import, ATP-binding protein MetN, proteobacteria / NIL domain / NIL domain / Methionine import ATP-binding protein metN family profile. / NIL / Methionine import ATP-binding protein MetN, ATP-binding domain / Lipoprotein NlpA family / NlpA lipoprotein / MetI-like fold / MetI-like ...ABC transporter, methionine import, ATP-binding protein MetN, proteobacteria / NIL domain / NIL domain / Methionine import ATP-binding protein metN family profile. / NIL / Methionine import ATP-binding protein MetN, ATP-binding domain / Lipoprotein NlpA family / NlpA lipoprotein / MetI-like fold / MetI-like / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / Periplasmic binding protein-like II / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / IODIDE ION / D-methionine-binding lipoprotein MetQ / Methionine import ATP-binding protein MetN / D-methionine transport system permease protein MetI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.953 Å
データ登録者Nguyen, P.T. / Kaiser, J.T. / Rees, D.C.
資金援助 米国, Viet Nam, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Vietnam International Education DevelopmentViet Nam
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Noncanonical role for the binding protein in substrate uptake by the MetNI methionine ATP Binding Cassette (ABC) transporter.
著者: Nguyen, P.T. / Lai, J.Y. / Lee, A.T. / Kaiser, J.T. / Rees, D.C.
履歴
登録2018年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年4月27日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: MetN nucleotide-binding subunit
A: MetI transmembrane subunit
B: MetI transmembrane subunit
D: MetN nucleotide-binding subunit
E: MetQ periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,44412
ポリマ－146,5425
非ポリマー1,9027
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18130 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area52270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.960, 107.960, 354.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12(chain C and (resid 0 through 167 or (resid 168...
22(chain D and (resid 0 through 164 or (resid 165...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETTHRTHRchain AAB1 - 2151 - 215
211METMETTHRTHRchain BBC1 - 2151 - 215
112HISHISALAALA(chain C and (resid 0 through 167 or (resid 168...CA0 - 1671 - 168
122THRTHRTHRTHR(chain C and (resid 0 through 167 or (resid 168...CA168169
132HISHISVALVAL(chain C and (resid 0 through 167 or (resid 168...CA0 - 3431 - 344
142HISHISVALVAL(chain C and (resid 0 through 167 or (resid 168...CA0 - 3431 - 344
152HISHISVALVAL(chain C and (resid 0 through 167 or (resid 168...CA0 - 3431 - 344
162HISHISVALVAL(chain C and (resid 0 through 167 or (resid 168...CA0 - 3431 - 344
172HISHISVALVAL(chain C and (resid 0 through 167 or (resid 168...CA0 - 3431 - 344
212HISHISCYSCYS(chain D and (resid 0 through 164 or (resid 165...DD0 - 1641 - 165
222ASPASPASPASP(chain D and (resid 0 through 164 or (resid 165...DD165166
232HISHISVALVAL(chain D and (resid 0 through 164 or (resid 165...DD0 - 3431 - 344
242HISHISVALVAL(chain D and (resid 0 through 164 or (resid 165...DD0 - 3431 - 344
252HISHISVALVAL(chain D and (resid 0 through 164 or (resid 165...DD0 - 3431 - 344
262HISHISVALVAL(chain D and (resid 0 through 164 or (resid 165...DD0 - 3431 - 344
272HISHISVALVAL(chain D and (resid 0 through 164 or (resid 165...DD0 - 3431 - 344
282HISHISVALVAL(chain D and (resid 0 through 164 or (resid 165...DD0 - 3431 - 344

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 5分子 CDABE

#1: タンパク質 MetN nucleotide-binding subunit


分子量: 37925.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: metN, abc, b0199, JW0195
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
参照: UniProt: P30750, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: タンパク質 MetI transmembrane subunit


分子量: 22983.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: metI, yaeE, b0198, JW0194 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31547
#3: タンパク質 MetQ periplasmic binding protein


分子量: 24724.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: metQ, yaeC, b0197, JW0193
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P28635

-
非ポリマー , 3種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#5: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 400, 0.1M MES pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.00582 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00582 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.33
反射解像度: 2.95→39.853 Å / Num. obs: 43138 / % possible obs: 83.7 % / 冗長度: 19.038 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.03058 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 0.953 / Net I/σ(I): 14.64 / Num. measured all: 821267
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.95-3.0316.5491.8741.45488237482950.4721.9337.9
3.03-3.1117.1891.7761.581502336648740.6461.8323.9
3.11-3.216.4981.7241.5128014354016980.6531.77848
3.2-3.315.5451.8511.3449169344831630.7021.91191.7
3.3-3.4118.6991.5292.0162662335733510.8621.57299.8
3.41-3.5320.0550.9953.1565581327132700.9641.021100
3.53-3.6620.8530.714.5665083312231210.9660.728100
3.66-3.8120.6930.4597.0663009304530450.980.47100
3.81-3.9820.2380.3259.459156292329230.9910.333100
3.98-4.1819.3490.23613.1853790278127800.9940.242100
4.18-4.419.3270.15518.350715262626240.9970.1699.9
4.4-4.6720.3690.13322.1752043255625550.9970.137100
4.67-4.9920.060.11724.7647462236623660.9980.121100
4.99-5.3919.4080.12124.5343570224522450.9980.124100
5.39-5.9118.5730.1225.3137889204220400.9960.12399.9
5.91-6.619.8350.10529.2637032186718670.9980.108100
6.6-7.6218.5370.08534.2131180168216820.9970.087100
7.62-9.3417.0610.06937.4324448143614330.9980.07199.8
9.34-13.2117.9330.06640.1120444114011400.9970.068100
13.21-39.85315.1880.06436.69101157076660.9980.06694.2

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.953→39.853 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 32.39 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2262 2174 5.07 %
Rwork0.2082 40764 -
obs0.2111 42969 83.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 273.43 Å2 / Biso mean: 113.9151 Å2 / Biso min: 53.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.953→39.853 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10291 0 94 0 10385
Biso mean--74.71 --
残基数----1344
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1988X-RAY DIFFRACTION5.273TORSIONAL
12B1988X-RAY DIFFRACTION5.273TORSIONAL
21C3343X-RAY DIFFRACTION5.273TORSIONAL
22D3343X-RAY DIFFRACTION5.273TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9754-3.040.431190.385331833710
3.04-3.11070.3438400.311771275223
3.1107-3.18850.3338690.28281303137242
3.1885-3.27470.31391250.29422458258379
3.2747-3.3710.28341540.2692934308895
3.371-3.47970.26381560.2532950310695
3.4797-3.6040.27121500.24872958310895
3.604-3.74820.24511380.24262959309796
3.7482-3.91860.23251660.22632928309495
3.9186-4.1250.21431580.21412985314395
4.125-4.38310.20461620.19292935309795
4.3831-4.72110.20331490.18693022317195
4.7211-5.19520.19821840.19392998318294
5.1952-5.94470.23471680.23073012318095
5.9447-7.48140.23831840.22563042322694
7.4814-39.39450.20251520.17023250340296
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2121-0.2405-0.46750.3880.70251.08240.5656-0.10660.43990.23120.2554-0.29630.11670.59620.10231.2546-0.1141-0.03311.57960.07541.261115.1999-37.585273.9205
20.981.2551-0.01871.5948-0.25431.03010.5785-2.02540.64981.1642-0.5854-0.166-0.67550.0818-0.04011.1405-0.4611-0.04762.1898-0.21341.002415.4082-40.912983.5264
30.25050.0003-0.09090.09780.09170.11620.63061.40050.1444-0.21540.18920.48680.59041.4620.13062.3722-0.70020.16372.1745-0.43861.441422.3306-72.6715-27.4522
40.81150.0551-0.36390.2625-0.08350.2131-0.1738-0.3029-0.3864-0.60071.2182-1.09240.23440.06880.2361.6706-0.41230.22252.2148-0.21571.097132.0124-69.525-21.8727
51.91010.70781.22684.020.981.116-1.0577-0.3018-0.16010.33910.48970.73430.0178-0.0423-0.22012.0718-0.84440.31032.8315-0.16761.063936.9026-61.6036-29.7267
63.74062.34092.00952.01983.14597.8729-0.19580.79811.5658-1.25110.52841.3082-1.6783-1.0116-1.91231.7918-0.84320.19431.77480.39231.217917.4293-40.7603-31.2743
71.2635-0.61540.64170.5323-0.39960.35370.35370.0786-0.3039-0.4558-0.8796-0.05730.2066-0.70780.053.93021.13110.81452.83930.56771.612728.8536-47.0653-32.102
81.01421.88070.14154.05821.25991.557-0.18740.33120.6861-1.1284-0.25070.6368-0.0056-0.3423-0.54632.0142-0.6435-0.0541.43910.09451.039525.9458-41.546-27.2556
95.2354-0.0960.59751.5915-0.26130.9507-1.27780.64051.09610.04211.2103-0.1271-0.388-0.2652-0.17821.4973-0.64630.42161.7283-0.22451.120124.2679-57.1669-33.6832
102.5263-0.96921.61111.9007-1.671.9549-0.25440.14450.3712-0.2265-0.53690.230.90151.3811-0.51322.6343-0.38190.72072.0611-0.62521.660725.8614-75.1568-35.7155
112.73370.0216-0.71281.593-1.85084.6135-0.1894-0.07820.2177-0.1980.29610.2104-0.256-1.1014-0.01390.51360.0094-0.0081.0494-0.03850.65173.3473-45.73944.1461
120.50640.951-0.50482.2204-1.24141.32070.2596-0.5713-0.61750.997-0.2310.27720.02-0.0781-0.01670.83510.07840.03721.54140.20030.761711.0278-58.824979.6989
130.5254-0.6720.64512.0940.4251.8648-0.04420.02080.18140.05830.0530.6377-0.0957-0.5046-2.41870.5996-0.1919-0.17770.56610.02580.421915.0477-46.97062.9926
142.1308-0.989-0.08110.84481.25192.907-0.0540.28080.1213-0.18320.176-0.0259-0.294-0.25350.00010.74-0.25290.02780.65420.04290.693320.2222-46.68083.7788
150.45310.593-0.50530.7785-0.6290.5127-0.11930.3884-0.1778-0.4896-0.1051-0.22341.05980.081-0.44371.0573-0.17880.15670.8709-0.17660.754122.0057-69.52010.2554
160.3085-0.4271-0.00050.66980.0850.08060.1127-0.65940.39091.0761-0.477-0.2256-0.40530.36390.0010.9203-0.3130.08231.1988-0.06410.96238.1515-52.498515.1464
171.3702-0.20390.321.3244-0.00790.803-0.18210.35070.0479-0.5050.5491-0.23460.27710.64220.00820.8837-0.23630.10820.923-0.06070.672931.5549-61.51696.778
180.73930.3930.24810.6624-0.19520.2638-0.33870.71430.0125-0.36470.16290.25520.62490.12880.02760.9534-0.22310.11860.7657-0.16170.748524.7923-63.667912.9544
191.2994-0.4298-0.05811.001-0.56760.47470.37320.3722-0.5725-0.61870.3733-0.0873-0.9797-0.29260.1470.9831-0.25310.06460.8972-0.11340.879610.2794-65.2199-2.8434
203.70391.30970.24052.33170.39813.45320.0454-0.0469-0.27810.0467-0.3374-0.37230.2810.3665-0.00070.5615-0.04870.02340.77660.09080.680929.7752-57.547248.2811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 230 through 282 )D230 - 282
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 283 through 343 )D283 - 343
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 34 through 56 )E34 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 57 through 88 )E57 - 88
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 89 through 113 )E89 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 114 through 138 )E114 - 138
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 139 through 151 )E139 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 152 through 195 )E152 - 195
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 196 through 240 )E196 - 240
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 241 through 259 )E241 - 259
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 0 through 229 )C0 - 229
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 230 through 343 )C230 - 343
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 1 through 65 )A1 - 65
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 66 through 215 )A66 - 215
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 1 through 40 )B1 - 40
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 41 through 65 )B41 - 65
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 66 through 126 )B66 - 126
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 127 through 170 )B127 - 170
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 171 through 215 )B171 - 215
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 0 through 229 )D0 - 229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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