PDB-6cvk: Hepatitis B e-antigen in complex with scFv e13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cvk

タイトル

Hepatitis B e-antigen in complex with scFv e13

要素

Capsid protein
Single chain variable fragment (scFv) e13

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HEPATITIS B / SINGLE CHAIN VARIABLE FRAGMENT / E-ANTIGEN / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Eren, E. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structures of Hepatitis B Virus Core- and e-Antigen Immune Complexes Suggest Multi-point Inhibition.
著者: Eren, E. / Watts, N.R. / Dearborn, A.D. / Palmer, I.W. / Kaufman, J.D. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T.

履歴

登録	2018年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cvk.cif.gz	310.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cvk.ent.gz	254.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cvk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cvk_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cvk_full_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示
XML形式データ	6cvk_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	6cvk_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/6cvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/6cvk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cwdC 6cwtC 2kh2S 3v6zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vxp-d 6vaq-1 3e4e-d 5q1h-d 6md9-d 3jbi-d 1t11-d 5cw4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (3)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Single chain variable fragment (scFv) e13

A: Single chain variable fragment (scFv) e13

C: Capsid protein

D: Capsid protein

89.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.490, 192.140, 64.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Single chain variable fragment (scFv) e13 分子量: 26810.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5 分子量: 17865.424 Da / 分子数: 2 / Mutation: C58A, C117A, E74D, M103V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) 遺伝子: C, preC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QMH8, UniProt: L7R8Z1*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.97 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 15% (w/v) PEG 550 MME, 0.1 M MES, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→20 Å / Num. obs: 44849 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.38→2.48 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4459 / CC_1/2: 0.59 / R_pim(I) all: 0.58 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V6Z, 2KH2

3v6z

2kh2

解像度: 2.38→19.785 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2209	3956	4.45 %
R_work	0.1748	-	-
obs	0.1768	88848	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→19.785 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5884	0	0	266	6150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6052
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.312	8275
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.486	3529
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	952
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.38-2.409	0.2852	140	0.2902	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.409-2.4394	0.3437	139	0.289	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4394-2.4715	0.331	140	0.2836	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4715-2.5053	0.3725	143	0.2848	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5053-2.541	0.2644	142	0.2756	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.541-2.5788	0.2794	143	0.2645	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5788-2.619	0.3374	137	0.2584	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.619-2.6619	0.2573	138	0.2494	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6619-2.7077	0.2823	146	0.2293	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7077-2.7568	0.2705	143	0.2199	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7568-2.8097	0.2384	138	0.2123	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8097-2.8668	0.2517	143	0.2005	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8668-2.929	0.2408	145	0.1934	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.929-2.9969	0.2413	137	0.1847	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9969-3.0716	0.2524	146	0.1753	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0716-3.1543	0.2103	136	0.1689	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1543-3.2467	0.2194	142	0.1626	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2467-3.351	0.2099	142	0.1561	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
3.351-3.4702	0.2094	141	0.1539	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4702-3.6083	0.1923	146	0.146	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6083-3.7715	0.2205	140	0.1531	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7715-3.9688	0.218	140	0.1549	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9688-4.2152	0.1982	142	0.1455	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2152-4.5371	0.158	139	0.1352	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5371-4.987	0.1897	142	0.1396	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
4.987-5.6935	0.1988	143	0.1594	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6935-7.1173	0.2525	140	0.1799	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1173-19.7857	0.1596	143	0.1399	3033	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0373	0.0018	0.2647	1.1201	0.2868	3.6808	-0.0007	-0.0843	0.1003	0.1221	0.0042	0.0252	-0.4004	0.0275	-0.0041	0.3381	-0.0166	0.0206	0.2373	-0.0288	0.2455	33.254	-4.5378	101.3441
2	0.9406	0.0942	-0.7544	1.3279	-0.3561	3.4555	-0.0376	0.0719	-0.0918	-0.0335	-0.0322	-0.0156	0.2264	-0.0118	0.0554	0.148	0.0011	-0.0177	0.2304	-0.0316	0.2353	42.9295	-65.4045	60.6932
3	2.8138	-0.7618	0.8707	2.7339	-0.3131	3.8516	0.0087	-0.0819	0.0951	0.0526	0.0355	0.3476	-0.1327	-0.2154	-0.0523	0.1673	-0.0321	0.0344	0.2124	-0.0198	0.2499	32.8928	-52.6954	83.9103
4	4.0618	0.7382	-1.2913	2.8618	-0.3316	3.3699	0.041	0.1556	-0.1018	-0.1244	-0.0701	0.2731	-0.0007	-0.1257	0.0527	0.3505	0.0016	-0.0277	0.2611	-0.0245	0.2321	32.158	-16.6773	76.2439

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'B' and resid 3 through 251)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'A' and resid 2 through 259)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 1 through 154)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 1 through 155)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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