PDB-6cv7: Mouse Protocadherin-15 Extracellular Cadherin Domains 1 through 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cv7

タイトル

Mouse Protocadherin-15 Extracellular Cadherin Domains 1 through 3

要素

Protocadherin-15

キーワード

CELL ADHESION / SIGNALING PROTEIN / Cadherin / Hair Cells / Hearing / Dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / inner ear receptor cell stereocilium organization / righting reflex / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium bundle / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / stereocilium / non-motile cilium assembly / auditory receptor cell stereocilium organization / adult walking behavior ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.692 Å

データ登録者

Dionne, G. / Shapiro, L.

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2018
タイトル: Mechanotransduction by PCDH15 Relies on a Novel cis-Dimeric Architecture.
著者: Dionne, G. / Qiu, X. / Rapp, M. / Liang, X. / Zhao, B. / Peng, G. / Katsamba, P.S. / Ahlsen, G. / Rubinstein, R. / Potter, C.S. / Carragher, B. / Honig, B. / Muller, U. / Shapiro, L.

履歴

登録	2018年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2021年6月23日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cv7.cif.gz	178.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cv7.ent.gz	140.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cv7_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cv7_full_validation.pdf.gz	466.7 KB	表示
XML形式データ	6cv7_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	6cv7_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/6cv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/6cv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4apxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6v6b-d 4aei-d 11053 7727 5zo2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (8) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protocadherin-15

ヘテロ分子

44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protocadherin-15

ヘテロ分子

A: Protocadherin-15

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
89.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.444, 114.444, 172.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-613- HOH
2	1	A-974- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Protocadherin-15 分子量: 42812.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pcdh15 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99PJ1

-
糖 , 2種, 8分子

#4: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 498分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 35% Ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.692→99.111 Å / Num. obs: 73884 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 18.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.23 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.1154 / R_rim(I) all: 0.1186 / Net I/σ(I): 20.19
反射シェル	解像度: 1.692→1.753 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.97 / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 6959 / CC_1/2: 0.362 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
Aimless	データスケーリング
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4APX

4apx

解像度: 1.692→99.111 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1876	3694	5 %
R_work	0.1689	-	-
obs	0.1699	73872	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.692→99.111 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2900	0	122	488	3510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.062	3187
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.645	4293
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.062	1155
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	558

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6924-1.7146	0.3825	113	0.4068	2141	X-RAY DIFFRACTION	81
1.7146-1.7381	0.3798	141	0.3623	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7381-1.763	0.3362	140	0.3149	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.763-1.7893	0.3083	141	0.2688	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7893-1.8172	0.2626	140	0.2479	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8172-1.847	0.2455	143	0.2357	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.8789	0.2021	140	0.2142	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8789-1.9131	0.2233	141	0.2016	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9131-1.9499	0.1978	141	0.1918	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9499-1.9897	0.1868	141	0.1834	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9897-2.0329	0.2533	141	0.1751	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0329-2.0802	0.1897	141	0.1726	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0802-2.1322	0.2094	143	0.1703	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1322-2.1899	0.2348	141	0.1672	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1899-2.2543	0.1976	142	0.1591	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2543-2.3271	0.1738	143	0.1609	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3271-2.4103	0.171	142	0.1579	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4103-2.5068	0.2028	144	0.1625	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5068-2.6209	0.1864	142	0.1632	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6209-2.7591	0.1957	144	0.1697	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7591-2.932	0.1977	145	0.1694	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.932-3.1584	0.166	144	0.1688	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1584-3.4762	0.1871	145	0.1643	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4762-3.9792	0.1852	147	0.1626	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9792-5.0134	0.1498	149	0.1345	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0134-99.2818	0.1616	160	0.1604	3017	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4132	-2.2988	-1.5655	2.9143	1.0655	1.724	-0.1129	-0.1024	0.0147	0.1678	0.1167	-0.1192	-0.0609	0.2293	-0.0016	0.2405	0.0277	0.0011	0.2496	0.0011	0.1593	103.3567	-28.4187	178.6365
2	1.461	-2.1783	-0.7843	5.3975	1.3381	0.9855	-0.1471	-0.0493	-0.0635	0.2688	0.0836	0.165	0.1008	-0.0493	0.0616	0.2281	0.0147	0.0084	0.1926	-0.0041	0.1945	69.9286	6.8701	185.171
3	1.9497	-2.3103	-0.5777	4.2849	0.8596	1.2932	-0.2105	-0.1407	0.0658	0.3908	0.1448	0.2271	-0.1038	-0.1769	0.0681	0.2855	0.0647	0.0352	0.2618	-0.0018	0.2535	43.9334	46.0669	197.9977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 121 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 122 through 239 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 240 through 366 )

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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