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Yorodumi- PDB-6cuu: Thermus thermophiles RNA polymerase in complex with promoter DNA ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cuu | ||||||||||||
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Title | Thermus thermophiles RNA polymerase in complex with promoter DNA and antibiotic Kanglemycin A | ||||||||||||
Components |
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Keywords | transcription/dna/antibiotic / RNA polymerase / Kanglemycin A / transcription inhibitor / TRANSCRIPTION / transcription-dna-antibiotic complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.994 Å | ||||||||||||
Authors | Molodtsov, V. / Murakami, K.S. | ||||||||||||
Funding support | United Kingdom, United States, 3items
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Citation | Journal: Mol. Cell / Year: 2018 Title: Mode of Action of Kanglemycin A, an Ansamycin Natural Product that Is Active against Rifampicin-Resistant Mycobacterium tuberculosis. Authors: Mosaei, H. / Molodtsov, V. / Kepplinger, B. / Harbottle, J. / Moon, C.W. / Jeeves, R.E. / Ceccaroni, L. / Shin, Y. / Morton-Laing, S. / Marrs, E.C.L. / Wills, C. / Clegg, W. / Yuzenkova, Y. ...Authors: Mosaei, H. / Molodtsov, V. / Kepplinger, B. / Harbottle, J. / Moon, C.W. / Jeeves, R.E. / Ceccaroni, L. / Shin, Y. / Morton-Laing, S. / Marrs, E.C.L. / Wills, C. / Clegg, W. / Yuzenkova, Y. / Perry, J.D. / Bacon, J. / Errington, J. / Allenby, N.E.E. / Hall, M.J. / Murakami, K.S. / Zenkin, N. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6cuu.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6cuu.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6cuu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cuu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cuu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 5 molecules ABCDE
#1: Protein | Mass: 35056.164 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (bacteria) Strain: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / Gene: rpoA, TT_C1300 / Production host: Thermus thermophilus (bacteria) / References: UniProt: Q72I32, DNA-directed RNA polymerase #2: Protein | | Mass: 125436.539 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (bacteria) Strain: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / Gene: rpoB, TT_C1461 / Production host: Thermus thermophilus (bacteria) / References: UniProt: Q72HM5, DNA-directed RNA polymerase #3: Protein | | Mass: 170997.391 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (bacteria) Strain: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / Gene: rpoC, TT_C1460 / Production host: Thermus thermophilus (bacteria) / References: UniProt: Q72HM6, DNA-directed RNA polymerase #4: Protein | | Mass: 11533.316 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (bacteria) Strain: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / Gene: rpoZ, TT_C1196 / Production host: Thermus thermophilus (bacteria) / References: UniProt: Q72ID6, DNA-directed RNA polymerase |
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-Protein , 1 types, 1 molecules F
#5: Protein | Mass: 48568.008 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (bacteria) Strain: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / Gene: sigA, rpoD, TT_C0164 / Production host: Thermus thermophilus (bacteria) / References: UniProt: Q72L95 |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules GH
#6: DNA chain | Mass: 6674.347 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Production host: synthetic construct (others) |
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#7: DNA chain | Mass: 8412.417 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Production host: synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 3 types, 5 molecules
#8: Chemical | ChemComp-KNG / | ||
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#9: Chemical | #10: Chemical | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 0.2 M KCl, 50 mM MgCl2, 9.5% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F1 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.794→46.304 Å / Num. obs: 127584 / % possible obs: 95.45 % / Redundancy: 3.2 % / Net I/σ(I): 7.78 |
Reflection shell | Resolution: 2.794→2.864 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.994→46.305 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.994→46.305 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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