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万見
- PDB-6cta: Structure of the human cGAS-DNA complex with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cta
タイトルStructure of the human cGAS-DNA complex with ATP
要素
  • Cyclic GMP-AMP synthase
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
キーワードTRANSFERASE/DNA / cGAS / STING / Innate Immunity / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling ...2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cAMP-mediated signaling / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / determination of adult lifespan / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / innate immune response / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 ...Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.779 Å
データ登録者Zhou, W. / Whiteley, A.T. / de Oliveira Mann, C.C. / Morehouse, B.R. / Mekalanos, J.J. / Kranzusch, P.J.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structure of the Human cGAS-DNA Complex Reveals Enhanced Control of Immune Surveillance.
著者: Zhou, W. / Whiteley, A.T. / de Oliveira Mann, C.C. / Morehouse, B.R. / Nowak, R.P. / Fischer, E.S. / Gray, N.S. / Mekalanos, J.J. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9097
ポリマ－53,2883
非ポリマー6214
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.782, 99.782, 236.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-721-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / h-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42875.305 Da / 分子数: 1 / 変異: K187N, L195R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGAS, C6orf150, MB21D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 5159.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*A)-3')


分子量: 5253.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 25分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.0, 1.4 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.779→49.15 Å / Num. obs: 18321 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.5 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.79→2.95 Å / 冗長度: 18.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.319 / Rpim(I) all: 1.18 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KM5

4km5


解像度: 2.779→48.834 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 1817 10 %
Rwork0.2108 --
obs0.2142 18163 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.779→48.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2826 592 34 21 3473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5434932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2522063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004517
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7789-2.8540.41361170.3251056X-RAY DIFFRACTION86
2.854-2.9380.29891380.29141241X-RAY DIFFRACTION100
2.938-3.03280.29091390.25961239X-RAY DIFFRACTION100
3.0328-3.14120.32931360.26351232X-RAY DIFFRACTION100
3.1412-3.26690.28091380.24991237X-RAY DIFFRACTION100
3.2669-3.41560.31571390.24881254X-RAY DIFFRACTION100
3.4156-3.59560.24781390.20711247X-RAY DIFFRACTION100
3.5956-3.82080.23351400.19721266X-RAY DIFFRACTION100
3.8208-4.11560.23991410.18151263X-RAY DIFFRACTION100
4.1156-4.52950.22371430.17491281X-RAY DIFFRACTION100
4.5295-5.18430.20081410.16751282X-RAY DIFFRACTION100
5.1843-6.52930.22081470.2051319X-RAY DIFFRACTION100
6.5293-48.84160.23741590.2241429X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.79910.35080.47350.44440.29360.19730.33010.28960.24040.3434-0.24720.2323-0.1883-0.27160.00040.52710.0063-0.02020.66120.07970.536316.4124-33.18310.2004
20.1062-0.03130.18750.7861-0.01330.42450.48760.1114-1.13630.1161-0.2101-0.05130.1846-0.00430.00210.6052-0.1055-0.04710.6568-0.19390.786117.3587-61.4657-2.9521
30.85760.0636-0.25360.59880.09050.41530.06170.219-0.2277-0.0714-0.03430.00460.2464-0.17250.00010.39110.0172-0.01140.5786-0.01330.405919.3014-46.0992-0.9915
40.29470.3085-0.34561.295-0.0320.47950.0510.16980.27340.001-0.05820.1521-0.17810.1183-0.00010.38540.045-0.01660.55420.06880.448733.516-30.828-2.4296
50.85040.20310.16350.8773-0.17051.46420.10540.14890.0646-0.0592-0.0486-0.3336-0.02030.051200.41250.00090.07070.58410.02520.450740.1336-36.8655-5.7978
60.1327-0.16540.23820.1783-0.28830.40030.1479-1.39420.894-0.4854-0.4020.77670.1226-0.5097-0.00170.9803-0.09950.00771.3171-0.09391.078414.4619-29.052416.3111
71.511-0.69650.13260.48340.4431.13760.4406-0.99790.5007-0.6058-0.76670.843-0.1658-0.1251-0.0011.1947-0.059-0.10620.9719-0.03631.214213.6419-29.99814.2089
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 161 through 233 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 234 through 272 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 273 through 388 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 389 through 434 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 435 through 521 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 4 through 16 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 16 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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