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- PDB-6ct5: PptT PAP(CoA) 8918 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ct5
タイトルPptT PAP(CoA) 8918 complex
要素4'-phosphopantetheinyl transferase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Inhibitor / complex / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Enterobactin synthetase-like, component D / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Chem-FD7 / Phosphopantetheinyl transferase PptT (CoA:apo-[ACP]pantetheinephosphotransferase) (CoA:apo-[acyl-carrier protein]pantetheinephosphotransferase)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75934602056 Å
データ登録者Mosior, J. / Sacchettini, J. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Opposing reactions in coenzyme A metabolism sensitizeMycobacterium tuberculosisto enzyme inhibition.
著者: Ballinger, E. / Mosior, J. / Hartman, T. / Burns-Huang, K. / Gold, B. / Morris, R. / Goullieux, L. / Blanc, I. / Vaubourgeix, J. / Lagrange, S. / Fraisse, L. / Sans, S. / Couturier, C. / ...著者: Ballinger, E. / Mosior, J. / Hartman, T. / Burns-Huang, K. / Gold, B. / Morris, R. / Goullieux, L. / Blanc, I. / Vaubourgeix, J. / Lagrange, S. / Fraisse, L. / Sans, S. / Couturier, C. / Bacque, E. / Rhee, K. / Scarry, S.M. / Aube, J. / Yang, G. / Ouerfelli, O. / Schnappinger, D. / Ioerger, T.R. / Engelhart, C.A. / McConnell, J.A. / McAulay, K. / Fay, A. / Roubert, C. / Sacchettini, J. / Nathan, C.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4'-phosphopantetheinyl transferase
B: 4'-phosphopantetheinyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,97726
ポリマ－53,4092
非ポリマー3,56724
水7,764431
1
A: 4'-phosphopantetheinyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,58013
ポリマ－26,7051
非ポリマー1,87612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 4'-phosphopantetheinyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,39613
ポリマ－26,7051
非ポリマー1,69212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.863, 63.408, 79.267
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.149, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-616-

HOH

21A-617-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN 'A' AND (RESID 5 THROUGH 48 OR RESID 50...
211(CHAIN 'B' AND (RESID 5 THROUGH 12 OR (RESID 17...

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4'-phosphopantetheinyl transferase / Phosphopantetheinyl transferase PptT (CoA:apo-[ACP]pantetheinephosphotransferase) (CoA:apo-[acyl- ...Phosphopantetheinyl transferase PptT (CoA:apo-[ACP]pantetheinephosphotransferase) (CoA:apo-[acyl-carrier protein]pantetheinephosphotransferase)


分子量: 26704.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: CRX58_05810, ERS124361_01504 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0T9N0I0

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非ポリマー , 6種, 455分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-FD7 / N-(2,6-diethylphenyl)-N'-(N-ethylcarbamimidoyl)urea


分子量: 262.351 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: Bis-Tris Propane pH 6.7, Magnesium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.759→39.6 Å / Num. obs: 55209 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 24.009804707 Å2 / CC1/2: 0.912 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.759→1.822 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 5471 / CC1/2: 0.737 / Rpim(I) all: 0.309 / Rrim(I) all: 0.655 / % possible all: 98.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QJK, 4QVH

4qjk

4qvh


解像度: 1.75934602056→39.5861996104 Å / SU ML: 0.171855888582 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34489013578 / 位相誤差: 19.5464406261
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19806084936 2006 3.63346555815 %
Rwork0.160322487377 --
obs0.161648321635 55209 99.1362901778 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.3268235505 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75934602056→39.5861996104 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3328 0 181 431 3940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01230938166483714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.311319706335084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079094324088563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00756890714516640
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.55471320442138
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.80330.2782957782321433725X-RAY DIFFRACTION98.0978950038
1.8033-1.85210.2683879686931343808X-RAY DIFFRACTION99.6209249431
1.8521-1.90660.225467826851483781X-RAY DIFFRACTION99.3426042984
1.9066-1.96810.2110027520281550.1671788363663775X-RAY DIFFRACTION99.4684889901
1.9681-2.03850.2172147629661380.1595638277033774X-RAY DIFFRACTION98.7380111055
2.0385-2.12010.1959999351451410.1541879663273789X-RAY DIFFRACTION99.569293134
2.1201-2.21660.205121949041480.1537023817953790X-RAY DIFFRACTION99.3440968718
2.2166-2.33340.1883854984311380.1580484481633832X-RAY DIFFRACTION99.5236901479
2.3334-2.47960.2152916064981490.1622128265553768X-RAY DIFFRACTION98.864209995
2.4796-2.6710.1991169808371430.1633734422163829X-RAY DIFFRACTION99.6737766625
2.671-2.93970.1859533532091390.1691650167943806X-RAY DIFFRACTION99.4454247542
2.9397-3.36490.1999237557131420.1629479943253810X-RAY DIFFRACTION98.6274020464
3.3649-4.23870.1964484435671410.1452656183343821X-RAY DIFFRACTION99.0747686922
4.2387-39.5860.1740469611661470.1564133883423895X-RAY DIFFRACTION98.681640625

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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