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万見
- PDB-6cr0: 1.55 A resolution structure of (S)-6-hydroxynicotine oxidase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cr0
タイトル1.55 A resolution structure of (S)-6-hydroxynicotine oxidase from Shinella HZN7
要素(S)-6-hydroxynicotine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / amine oxidase / FAD binding
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-6-hydroxynicotine oxidase / (S)-6-hydroxynicotine oxidase activity / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin amine oxidase / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / (S)-6-hydroxynicotine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Shinella sp. HZN7 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.548 Å
データ登録者Deay III, D. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Petillo, P. / Richter, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM110761 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)2R44DA033701 米国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2022
タイトル: Improving the kinetic parameters of nicotine oxidizing enzymes by homologous structure comparison and rational design
著者: Deay, D.O. / Seibold, S. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Richter, M.L. / Petillo, P.A.
履歴
登録2018年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年1月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (S)-6-hydroxynicotine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3438
ポリマ－49,0641
非ポリマー1,2797
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The protein is a functional monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.282, 96.282, 78.628
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-858-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 (S)-6-hydroxynicotine oxidase


分子量: 49064.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shinella sp. HZN7 (バクテリア) / 遺伝子: nctB, shn_30305 / プラスミド: pTBSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A075BSX9, (S)-6-hydroxynicotine oxidase

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非ポリマー , 5種, 283分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 % / 解説: Prism
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.05 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, 25 % (v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.548→48.14 Å / Num. obs: 61448 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 22.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.55-1.5791.34929450.663197.2
8.48-48.148.80.0564310.995199.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3080精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: crank2 SAD solution

解像度: 1.548→31.516 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 17.84
詳細: The structure was solved by SAD phasing using Pt soaked crystals. The resulting initial model was used for molecular replacement against the native which produced the final structure.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1851 3082 5.02 %
Rwork0.1488 --
obs0.1505 61404 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.27 Å2 / Biso mean: 30.3184 Å2 / Biso min: 13.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.548→31.516 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3323 0 83 276 3682
Biso mean--30.24 35.8 -
残基数----430
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5483-1.57250.23461200.23972586270697
1.5725-1.59830.2731350.227825952730100
1.5983-1.62580.26041660.216525942760100
1.6258-1.65540.23421320.204226332765100
1.6554-1.68720.21061510.192426592810100
1.6872-1.72170.24591280.19226262754100
1.7217-1.75910.20171470.187525992746100
1.7591-1.80.20751040.180426772781100
1.8-1.8450.19981540.179525992753100
1.845-1.89490.19361410.165726682809100
1.8949-1.95070.23071600.168125922752100
1.9507-2.01360.17321470.154226292776100
2.0136-2.08560.18521500.155226352785100
2.0856-2.1690.18871430.146526792822100
2.169-2.26770.17321360.14126382774100
2.2677-2.38730.16341380.137726502788100
2.3873-2.53680.18511870.140826432830100
2.5368-2.73250.21631120.143426592771100
2.7325-3.00730.18971450.142226972842100
3.0073-3.4420.17081340.139527122846100
3.442-4.33480.13591380.123427012839100
4.3348-31.52220.20291140.148228512965100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17060.0842-0.07460.0357-0.01110.18970.0099-0.0251-0.06330.021-0.20920.21830.1135-0.2185-0.22020.16490.0305-0.0140.2894-0.13720.299976.875175.362393.6781
20.09110.1040.0980.11620.12750.1271-0.0071-0.0067-0.0091-0.1625-0.0155-0.1107-0.20840.0684-0.00930.23820.01090.03330.15640.02190.1865101.476183.778589.4066
30.06510.0217-0.05210.1593-0.14430.2101-0.04350.03340.0333-0.1096-0.23550.2687-0.0911-0.3442-0.77250.2690.1537-0.16260.4439-0.22170.415269.323183.566885.7362
40.338-0.0664-0.09660.228-0.07420.0701-0.0430.00730.0369-0.0731-0.07910.0366-0.1896-0.1993-0.1480.37170.1201-0.09440.202-0.02890.182385.15882.361778.5394
50.0136-0.0256-0.01270.05470.05660.05820.05020.0282-0.0131-0.0937-0.0704-0.04550.0015-0.0095-00.23890.0150.01220.15850.00390.17394.577764.113580.7362
60.00460.00080.00810.00820.01040.022-0.01720.0297-0.0115-0.0963-0.1149-0.0267-0.0607-0.0203-00.2310.0422-0.01560.2116-0.03990.193391.892562.30874.6667
70.0115-0.00430.00710.0079-0.00620.00470.0150.0763-0.0452-0.1062-0.07280.0713-0.1623-0.1345-00.37240.0899-0.06870.2256-0.03120.232684.584588.979481.8525
80.11090.0995-0.11640.1402-0.13970.1457-0.0371-0.05860.0587-0.1358-0.19060.2062-0.1653-0.2593-0.32360.24270.1281-0.09780.2937-0.14060.295475.773991.490192.9205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 88 )A5 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 200 )A89 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 201 through 275 )A201 - 275
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 276 through 297 )A276 - 297
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 298 through 344 )A298 - 344
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 345 through 371 )A345 - 371
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 372 through 394 )A372 - 394
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 395 through 434 )A395 - 434

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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