PDB-6cqs: Sediminispirochaeta smaragdinae SPS-1 metallo-beta-lactamase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cqs

タイトル

Sediminispirochaeta smaragdinae SPS-1 metallo-beta-lactamase

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / zinc binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sediminispirochaeta smaragdinae

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Page, R.C. / VanPelt, J. / Cheng, Z. / Crowder, M.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: A Noncanonical Metal Center Drives the Activity of the Sediminispirochaeta smaragdinae Metallo-beta-lactamase SPS-1.
著者: Cheng, Z. / VanPelt, J. / Bergstrom, A. / Bethel, C. / Katko, A. / Miller, C. / Mason, K. / Cumming, E. / Zhang, H. / Kimble, R.L. / Fullington, S. / Bretz, S.L. / Nix, J.C. / Bonomo, R.A. / ...

履歴

登録	2018年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cqs.cif.gz	116.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cqs.ent.gz	86.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/6cqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/6cqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bp0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lbf-d 6k2r-d 2i62-2 6pq4-d 3dvr-d 2hl6-2 5an7-d 1b7x-d 3de7-d 3q40-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel filtration purification suggests monomeric assembly

2

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
55.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.601, 73.601, 108.784
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-721- HOH
2	1	A-731- HOH
3	1	A-747- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27680.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sediminispirochaeta smaragdinae (strain DSM 11293 / JCM 15392 / SEBR 4228) (バクテリア) 株: DSM 11293 / JCM 15392 / SEBR 4228 / 遺伝子: Spirs_2827 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1R245, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride 0.1 M sodium cacodylate:HCl 50% (v/v) PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.000032 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.000032 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→34.86 Å / Num. obs: 33588 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 4.68 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.76
反射シェル	解像度: 1.7→1.72 Å / CC_1/2: 0.705

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BP0

4bp0

解像度: 1.7→34.86 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1936	1997	5.96 %
R_work	0.1761	-	-
obs	0.1771	33588	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1929	0	1	151	2081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1992
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.073	2716
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.599	730
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	294
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	361

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7215	0.296	137	0.2799	2178	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7215-1.7442	0.3207	137	0.2774	2197	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7442-1.7681	0.263	137	0.2618	2183	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7681-1.7933	0.2657	142	0.2475	2232	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7933-1.8201	0.2511	138	0.2404	2126	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8201-1.8485	0.2532	143	0.2276	2225	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8485-1.8788	0.2104	133	0.2227	2189	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8788-1.9112	0.2477	137	0.2177	2148	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9112-1.946	0.247	141	0.2097	2218	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9834	0.2079	138	0.2033	2171	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9834-2.0239	0.2006	143	0.1886	2168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0239-2.0679	0.2026	136	0.1774	2188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0679-2.116	0.2192	139	0.1682	2206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.116-2.1689	0.1892	142	0.174	2194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1689-2.2275	0.2058	137	0.1726	2191	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2275-2.2931	0.2065	141	0.1656	2193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2931-2.3671	0.2128	136	0.1655	2171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3671-2.4517	0.1942	142	0.1647	2187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.5498	0.141	141	0.1672	2182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5498-2.6658	0.177	139	0.1647	2177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6658-2.8063	0.2123	132	0.1713	2195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8063-2.982	0.1746	143	0.1802	2204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.982-3.2121	0.2225	136	0.1865	2188	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2121-3.5351	0.1973	139	0.1674	2177	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5351-4.046	0.1515	143	0.1505	2180	X-RAY DIFFRACTION	100
4.046-5.0949	0.1394	137	0.1397	2186	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0949-34.8672	0.1829	135	0.1664	2194	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6659	-0.171	-0.3021	0.9455	0.6701	1.1769	0.0253	0.0107	0.05	-0.0004	0.0422	-0.0869	-0.0859	0.027	0.0152	0.1491	0.006	0.0034	0.099	-0.0129	0.1468	17.6614	-1.0248	-15.4189
2	0.2233	-0.0334	-0.3905	0.7204	0.4953	1.221	0.0027	0.1442	-0.2004	0.5191	-0.2707	0.0193	0.7451	-0.7089	-0.3375	0.137	-0.0755	0.1215	0.0332	-0.0424	0.1634	4.474	-15.3577	-12.9842
3	0.2019	0.067	-0.0846	0.2217	-0.1073	0.0552	0.0763	0.28	-0.2033	-0.0906	-0.3911	0.1936	-0.0783	-0.4852	-0.0626	0.1615	0.0745	-0.0349	0.3142	-0.1089	0.1992	-3.1675	-1.8513	-21.146
4	0.9481	-0.2775	-0.6543	1.5466	0.1559	1.0696	-0.0989	-0.2351	-0.0328	0.4633	0.0773	0.0252	0.1903	0.1536	-0.0868	0.2413	0.0388	-0.0056	0.1267	0.0003	0.1092	14.4533	-8.6003	-0.042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 113 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 140 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 141 through 154 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 155 through 262 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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