PDB-6cqh: Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cqh

タイトル

Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N-propynyl-N-ethyl-dihydropteridine inhibitor

要素

Serine/threonine-protein kinase VRK1

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / transferase / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AX kinase activity / Golgi disassembly / Cajal body organization / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of neuron migration / nucleosomal DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

dos Reis, C.V. / de Souza, G.P. / Counago, R.M. / Azevedo, A. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. ...

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N-propynyl-N-ethyl-dihydropteridine inhibitor
著者: dos Reis, C.V. / de Souza, G.P. / Counago, R.M. / Azevedo, H. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M. / ...

履歴

登録	2018年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cqh.cif.gz	516.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cqh.ent.gz	424.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cqh_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cqh_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6cqh_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	6cqh_validation.cif.gz	73 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/6cqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/6cqh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3op5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cnx-1 6csw-1 6cfm-1 6vxu-1 6cmm-1 5uvf-1 6cfm-3 2dep-1 6cn2-d 6dd4-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase VRK1

B: Serine/threonine-protein kinase VRK1

C: Serine/threonine-protein kinase VRK1

D: Serine/threonine-protein kinase VRK1

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein kinase VRK1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase VRK1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Serine/threonine-protein kinase VRK1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Serine/threonine-protein kinase VRK1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.492, 96.560, 193.395
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase VRK1 / Vaccinia-related kinase 1 分子量: 41138.125 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 3-364 変異: K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VRK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 参照: UniProt: Q99986, non-specific serine/threonine protein kinase

#1: タンパク質

Serine/threonine-protein kinase VRK1 / Vaccinia-related kinase 1

分子量: 41138.125 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 3-364
変異: K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VRK1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q99986, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 6種, 664分子

#2: 化合物	ChemComp-F8Y / (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-8-ethyl-7-methyl-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one 分子量: 373.357 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₇F₂N₅O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% PEG3350, 300 mM LiSO4, 0.1M SBG, pH 6.0, 30% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.96862 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→29.67 Å / Num. obs: 94709 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.181 / R_pim(I) all: 0.128 / R_rim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4626 / CC_1/2: 0.634 / R_pim(I) all: 0.732 / R_rim(I) all: 1.262 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OP5

3op5

解像度: 2.15→29.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 12.168 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.181 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23885	4834	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20065	-	-	-
obs	0.2026	89796	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.416 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→29.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9842	0	149	644	10635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	10327
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9373
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.307	1.972	14029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.948	2.993	21665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.087	5	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.746	23.561	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.188	15	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.866	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	11567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.457	0.949	5065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.455	0.947	5062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.858	1.419	6329
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.858	1.419	6330
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.272	0.999	5262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.272	0.999	5262
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.452	1.498	7697
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.148	11.463	11685
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.148	11.466	11686
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	371	-
R_work	0.274	6547	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3812	1.1188	0.5803	6.3201	1.3347	5.0543	0.0633	-0.0124	0.3517	0.1096	0.0096	-0.4712	-0.2771	0.0438	-0.0728	0.1181	0.023	0.0434	0.3124	0.004	0.1076	34.7958	-1.5416	3.9883
2	0.9843	-0.7765	-0.7849	3.0048	1.1268	1.9103	0.1161	0.1594	0.0391	-0.2122	-0.1102	-0.0806	-0.1621	-0.1487	-0.0059	0.1647	0.0342	0.0092	0.323	0.0038	0.0038	19.1624	0.5223	15.5574
3	0.3103	0.0242	0.6386	4.5751	-2.4424	2.6826	0.3314	0.0744	-0.3494	0.2456	-0.1102	-1.0115	0.5052	0.2346	-0.2211	0.6767	-0.0325	-0.2054	0.381	-0.0559	0.7881	14.4257	-14.1448	32.2921
4	0.5479	-0.0533	-0.1146	2.3122	-0.015	3.236	0.0221	-0.0301	0.1227	0.2772	-0.0224	-0.0812	-0.1174	0.047	0.0003	0.2191	0.0196	0.0111	0.2672	-0.0339	0.0346	16.0227	4.9078	37.2118
5	0.668	-0.5242	-0.5306	5.53	-1.1323	3.1904	0.0362	-0.0161	0.1938	-0.0949	-0.0928	0.3912	-0.3058	-0.3991	0.0565	0.1931	0.0967	-0.0144	0.3996	-0.0846	0.1812	5.2336	10.6192	27.0507
6	2.1259	1.9993	-1.764	8.2547	-1.1557	3.3189	0.2194	0.0612	0.2958	0.3393	-0.1685	0.7839	-0.463	-0.3946	-0.0509	0.3353	0.024	-0.1258	0.5341	0.0853	0.5764	-35.4525	16.7334	43.3929
7	4.3129	-0.7442	0.1084	4.0824	-0.1768	1.4327	-0.0583	0.0874	0.3928	-0.1024	0.2057	0.4813	-0.2598	-0.1965	-0.1474	0.2359	-0.0164	-0.0513	0.3774	0.0229	0.1827	-23.8639	11.7438	44.0331
8	1.3069	-0.0504	0.148	1.9671	-0.2558	2.4794	0.0049	-0.0314	-0.0344	0.0795	-0.0001	0.2121	0.0224	-0.2165	-0.0048	0.116	-0.002	0.0084	0.2878	-0.0226	0.0366	-13.3222	1.3924	57.9815
9	9.5578	5.6019	-0.2454	7.9508	0.3519	4.0887	0.0014	-0.3097	-0.1736	0.2781	0.0095	0.0941	0.2713	0.0324	-0.0109	0.2512	0.0318	0.0081	0.2756	0.0536	0.2134	-5.2182	-11.0045	68.7263
10	1.0051	1.1249	0.5175	4.6224	0.5798	2.1157	-0.078	0.0411	-0.2132	-0.4063	-0.0016	0.0187	0.3591	-0.0054	0.0797	0.2577	0.0325	0.0321	0.2954	-0.0148	0.0906	-4.5662	-8.1197	51.7261
11	4.883	1.9747	1.6174	6.5463	2.2207	5.409	0.0339	0.1664	-0.7095	0.0716	-0.0061	-0.1404	0.7152	-0.038	-0.0278	0.42	-0.0376	-0.0286	0.2785	0.0511	0.1427	-18.5906	-62.5234	46.0252
12	2.9607	-0.4196	1.2216	1.214	-0.6577	2.6127	-0.0054	-0.1465	-0.1427	0.1918	0.0181	0.0277	0.1573	-0.1877	-0.0126	0.1387	-0.0367	0.0031	0.2828	0.0085	0.0085	-23.4342	-47.3177	33.5457
13	41.7199	-33.1283	68.017	71.6781	-6.7078	160.5758	0.573	0.4451	-0.3189	-0.1946	0.6391	-0.4858	1.2432	1.735	-1.212	0.3518	0.1257	0.015	0.5006	0.0559	0.3565	-18.3495	-49.5485	15.823
14	2.6535	0.6249	-0.0934	1.125	-0.4294	3.0556	-0.0553	0.1788	-0.3177	-0.0873	-0.0289	-0.0094	0.2458	-0.1921	0.0842	0.083	-0.0136	-0.0045	0.3116	-0.0029	0.0524	-27.6799	-45.023	13.0919
15	3.3686	0.1364	0.7272	0.923	-0.0864	1.895	-0.1768	-0.0473	0.2267	0.0252	0.0668	0.2289	-0.187	-0.2728	0.11	0.1428	0.045	-0.0492	0.3433	0.0182	0.0983	-35.3665	-34.5054	19.1181
16	4.1865	2.3842	-4.8928	5.9175	-5.7995	7.7191	0.2195	0.6694	0.0853	0.0327	-0.0162	0.1705	-0.244	-0.5576	-0.2033	0.4794	0.0381	0.0231	0.5156	-0.0239	0.6151	-40.3252	15.1724	3.7924
17	3.7152	-0.6308	-0.0776	3.8497	0.6157	1.9632	0.049	-0.1252	0.597	-0.0416	0.0765	0.189	-0.4394	-0.173	-0.1256	0.1557	0.0138	0.0478	0.3452	-0.0534	0.1949	-36.7493	-0.5176	6.5171
18	2.2071	0.1995	-0.5276	1.4634	0.2649	2.0332	0.0029	-0.0058	0.2249	-0.0483	0.0705	-0.0301	-0.1198	0.0747	-0.0734	0.0268	0.0058	0.0022	0.2609	0.0043	0.025	-24.9865	-12.3686	-7.1177
19	7.8881	2.2329	1.0635	3.3233	0.0408	1.5867	0.0026	0.0828	-0.2119	-0.0566	-0.01	-0.1008	0.0558	0.0799	0.0074	0.212	0.0145	0.0382	0.2682	-0.0141	0.2316	-11.8708	-20.7102	-17.1732
20	4.9701	0.4683	0.9417	0.6956	0.3681	2.1502	-0.052	-0.427	-0.0963	0.0897	0.0595	-0.2608	0.1825	0.2556	-0.0075	0.1058	0.0885	-0.0069	0.3505	0.0158	0.1125	-17.318	-22.5994	-1.795

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 210
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	211 - 222
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	223 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	291 - 341
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	23 - 43
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	50 - 137
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	138 - 276
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	277 - 294
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	295 - 341
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	21 - 59
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	60 - 214
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	215 - 222
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	223 - 276
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	277 - 341
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	22 - 28
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	29 - 134
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	135 - 276
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	277 - 294
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	295 - 341

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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