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- PDB-6cp0: SdcA in complex with the E2, UbcH5C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cp0
タイトルSdcA in complex with the E2, UbcH5C
要素
  • SdcA
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
キーワードLIGASE / Complex / Bacterial E3 Ligase / E2
機能・相同性
機能・相同性情報


protein K6-linked ubiquitination / Signaling by BMP / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / protein K11-linked ubiquitination / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / negative regulation of BMP signaling pathway / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination ...protein K6-linked ubiquitination / Signaling by BMP / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / protein K11-linked ubiquitination / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / negative regulation of BMP signaling pathway / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Peroxisomal protein import / Regulation of TNFR1 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / protein modification process / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endosome membrane / protein ubiquitination / DNA repair / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SidC, N-terminal / : / : / SidC N-terminal domain / SidC, C-terminal domain / SidC, lipid-binding domain / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. ...SidC, N-terminal / : / : / SidC N-terminal domain / SidC, C-terminal domain / SidC, lipid-binding domain / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / SdcA
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Wasilko, D.J. / Huang, Q. / Mao, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM116964 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Insights into the ubiquitin transfer cascade catalyzed by theLegionellaeffector SidC.
著者: Wasilko, D.J. / Huang, Q. / Mao, Y.
履歴
登録2018年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SdcA
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8812
ポリマ－78,8812
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area33830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.550, 142.203, 118.338
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 SdcA


分子量: 62006.695 Da / 分子数: 1 / 変異: C45A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6RCR3
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / Ubiquitin carrier protein D3 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 3 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 3 / Ubiquitin-protein ligase D3


分子量: 16874.305 Da / 分子数: 1 / 変異: C85S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D3, UBC5C, UBCH5C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P61077, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.94 % / 解説: Small, plate-like crystals
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 3% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.6309 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6309 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 25193 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TRG

4trg


解像度: 3.01→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 42.876 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26053 1140 5.1 %RANDOM
Rwork0.19406 ---
obs0.19746 21100 96.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.161 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.45 Å20 Å20 Å2
2---1.75 Å20 Å2
3----2.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.01→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5350 0 0 28 5378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.9677381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.804312053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6525657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09624.945273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.428151005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7861527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7786.3972636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7776.3962635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1259.5853290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1259.5853291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8016.7812832
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.86.7812832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.28410.0314089
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.22550.5426354
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.22550.5466355
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.007→3.085 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 67 -
Rwork0.295 1420 -
obs--87.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3736-0.1595-0.12480.44170.26380.16910.03570.0855-0.04730.1699-0.0255-0.01230.0586-0.0155-0.01020.27470.0362-0.00570.0653-0.02330.01427.048733.894949.6464
20.08880.48430.12133.58531.58761.3654-0.01460.06040.03430.26040.3422-0.21970.1387-0.0416-0.32760.2130.0613-0.14340.1245-0.01410.209521.3036-28.765629.8976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 523
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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