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- PDB-6coh: AtHNL enantioselectivity mutant At-A9-H7 Apo, Y13C,Y121L,P126F,L1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6coh
タイトルAtHNL enantioselectivity mutant At-A9-H7 Apo, Y13C,Y121L,P126F,L128W,C131T,A209I with benzaldehyde, MANDELIC ACID NITRILE
要素Alpha-hydroxynitrile lyase
キーワードLYASE / alpha beta hydrolase globular hydroxynitrile lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


mandelonitrile lyase activity / (R)-mandelonitrile lyase / glycoside catabolic process / response to wounding
類似検索 - 分子機能
Methylesterase/Alpha-hydroxynitrile lyase / Alpha/beta hydrolase family / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
benzaldehyde / (2R)-hydroxy(phenyl)ethanenitrile / Alpha-hydroxynitrile lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.367 Å
データ登録者Jones, B.J. / Kazlauskas, R.J. / Desrouleaux, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM102205 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: AtHNL enantioselectivity mutants
著者: Jones, B.J. / Desrouleaux, R. / Kazlauskas, R.J.
履歴
登録2018年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-hydroxynitrile lyase
B: Alpha-hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4196
ポリマ－58,9542
非ポリマー4654
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.277, 87.463, 123.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-hydroxynitrile lyase / AtHNL / (R)-hydroxynitrile lyase / (R)-oxynitrilase / Methylesterase 5 / AtMES5


分子量: 29476.996 Da / 分子数: 2 / 断片: AtHNL / 変異: Y13C,Y121L,P126F,L128W,C131T,A209I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HNL, MES5, At5g10300, F18D22_70 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LFT6, (R)-mandelonitrile lyase
#2: 化合物 ChemComp-MXN / (2R)-hydroxy(phenyl)ethanenitrile / (R)-mandelonitrile / (R)-マンデロニトリル


分子量: 133.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-HBX / benzaldehyde / ベンズアルデヒド


分子量: 106.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 % / Mosaicity: 0.499 ° / Mosaicity esd: 0.011 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 0.1 M bis-tris, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月26日
放射モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.367→50 Å / Num. obs: 22909 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 0.612 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.367-2.46.30.67911290.7850.2880.7390.44100
2.4-2.446.40.62511120.8150.2660.680.436100
2.44-2.496.30.55711200.8730.2370.6070.448100
2.49-2.546.20.49811140.8730.2130.5430.445100
2.54-2.66.10.45611370.8810.1980.4980.481100
2.6-2.666.10.40511450.9060.1770.4430.50699.6
2.66-2.7260.42411030.8930.1870.4640.65399.8
2.72-2.85.40.30611450.9260.1420.3390.53499.8
2.8-2.886.10.29711310.9430.1290.3240.551100
2.88-2.976.30.27911160.9320.120.3040.585100
2.97-3.086.30.2311320.9650.0990.2510.65499.9
3.08-3.26.30.19311280.9770.0830.2110.697100
3.2-3.356.20.16911730.9820.0730.1850.7499.9
3.35-3.5360.16411150.9790.0730.180.82299.6
3.53-3.755.50.13811540.9810.0630.1520.85699.9
3.75-4.036.40.1311530.9820.0560.1420.71100
4.03-4.446.20.10311700.9880.0450.1130.783100
4.44-5.0860.0911660.9930.040.0990.81699.9
5.08-6.45.70.08511900.9870.0390.0940.65799.8
6.4-505.50.07812760.990.0360.0870.45499.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 3DQZ

3dqz


解像度: 2.367→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 15.771 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.228
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2107 1178 5.2 %RANDOM
Rwork0.1516 ---
obs0.1547 21683 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.82 Å2 / Biso mean: 40.145 Å2 / Biso min: 19.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.367→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4122 0 34 159 4315
Biso mean--49.75 39.13 -
残基数----518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0194289
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0121.9655792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08339433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9825524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6224.316190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.14515761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5261517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02975
LS精密化 シェル解像度: 2.367→2.429 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 73 -
Rwork0.213 1486 -
all-1559 -
obs--92.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63170.040.01660.7664-0.13561.0665-0.03080.2224-0.1214-0.1164-0.023-0.03190.09580.05620.05380.06360.00310.00750.0402-0.01610.01418.048990.0349127.46
21.90280.0124-0.19820.71340.05380.65620.0081-0.2474-0.00780.0924-0.01570.03330.0026-0.00520.00760.0522-0.00070.01220.04790.00940.0088-9.610495.2603157.5678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 259
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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