PDB-6cob: AtHNL enantioselectivity mutant At-A9-H7 Apo, Y13C,Y121L,P126F,L1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cob

タイトル

AtHNL enantioselectivity mutant At-A9-H7 Apo, Y13C,Y121L,P126F,L128W,C131T,F179L,A209I

要素

Alpha-hydroxynitrile lyase

キーワード

LYASE / alpha beta hydrolase globular hydroxynitrile lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

mandelonitrile lyase activity / (R)-mandelonitrile lyase / glycoside catabolic process / response to wounding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Jones, B.J. / Kazlauskas, R.J. / Desrouleaux, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: AtHNL enantioselectivity mutants
著者: Jones, B.J. / Desrouleaux, R. / Kazlauskas, R.J.

履歴

登録	2018年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cob.cif.gz	225.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cob.ent.gz	179.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cob.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/6cob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/6cob	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cocC 6codC 6coeC 6cofC 6cogC 6cohC 6coiC 3dqzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6coe-d 6cog-d 6cod-d 1y7h-3 3wwp-2 6coc-d 1e8d-d 3dqz-1 6coh-d 3x3h-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Alpha-hydroxynitrile lyase

B: Alpha-hydroxynitrile lyase

ヘテロ分子

59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.982, 87.110, 123.356
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alpha-hydroxynitrile lyase / AtHNL / (R)-hydroxynitrile lyase / (R)-oxynitrilase / Methylesterase 5 / AtMES5 分子量: 29442.980 Da / 分子数: 2 / 断片: AtHNL / 変異: Y13C,Y121L,P126F,L128W,C131T,F179L,A209I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HNL, MES5, At5g10300, F18D22_70 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LFT6, (R)-mandelonitrile lyase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.37 % / Mosaicity: 0.378 ° / Mosaicity esd: 0.006 °
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1 M bis-tris, 17% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97741 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月27日

放射

モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97741 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 48970 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 0.974 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 387194

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
1.82-1.85	7.7	0.985	2425	0.734	0.374	0.844	99.8
1.85-1.89	7.9	0.861	2395	0.757	0.323	0.853	99.9	0.921
1.89-1.92	7.9	0.767	2418	0.817	0.287	0.881	99.9	0.82
1.92-1.96	7.9	0.658	2396	0.862	0.246	0.88	100	0.704
1.96-2	7.7	0.562	2433	0.881	0.213	0.931	100	0.602
2-2.05	7.2	0.454	2399	0.906	0.18	0.951	100	0.49
2.05-2.1	8	0.399	2421	0.934	0.148	0.971	99.9	0.427
2.1-2.16	8.2	0.329	2407	0.96	0.12	0.995	99.9	0.351
2.16-2.22	8.2	0.276	2433	0.969	0.101	1.026	100	0.294
2.22-2.29	8.1	0.237	2447	0.978	0.088	1.005	99.9	0.253
2.29-2.37	8	0.201	2436	0.979	0.075	0.969	100	0.214
2.37-2.47	7.5	0.173	2425	0.983	0.067	1.035	99.8	0.186
2.47-2.58	8	0.147	2424	0.987	0.055	1.009	99.9	0.157
2.58-2.72	8.3	0.134	2443	0.991	0.049	1.009	100	0.143
2.72-2.89	8.2	0.114	2458	0.993	0.042	1.025	99.9	0.122
2.89-3.11	8	0.095	2469	0.995	0.035	1.005	99.8	0.102
3.11-3.43	7.7	0.079	2461	0.995	0.03	1.022	100	0.085
3.43-3.92	8.3	0.066	2490	0.997	0.024	1.034	100	0.071
3.92-4.94	7.6	0.053	2525	0.998	0.02	1.013	99.6	0.057
4.94-50	7.7	0.048	2665	0.998	0.018	1.009	99.7	0.052

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.29 Å	43.35 Å
Translation	7.29 Å	43.35 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.6.1	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 3DQZ

3dqz

解像度: 1.82→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 5.129 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.108
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1867	2375	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1516	-	-	-
obs	0.1533	46522	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.64 Å² / B_iso mean: 27.272 Å² / B_iso min: 11.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.82→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4108	0	20	245	4373
B_iso mean	-	-	44.78	32.28	-
残基数	-	-	-	-	516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.019	4366
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.443	1.963	5914
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.226	3	9627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.411	5	544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.515	24.167	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.831	15	785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.198	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.164	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	4910
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	982

LS精密化シェル

解像度: 1.821→1.869 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	173	-
R_work	0.231	3342	-
all	-	3515	-
obs	-	-	97.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2344	-0.0359	-0.0313	0.7313	0.3012	0.9833	-0.0656	-0.2365	-0.0871	0.1294	0.0016	0.0352	0.0869	-0.0697	0.064	0.0273	0.0094	0.0128	0.0548	0.0129	0.0116	-33.0105	2.6807	-3.0914
2	1.2544	-0.162	-0.1453	0.6533	-0.034	0.5187	0.0081	0.1537	0.0269	-0.0814	0.004	-0.0653	-0.004	0.0239	-0.0121	0.0191	-0.0013	0.0172	0.0347	-0.0138	0.0374	-15.6278	7.0764	-33.1264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 258
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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