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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cnv | |||||||||
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タイトル | INFLUENZA B/BRISBANE HEMAGGLUTININ FAB CR9115 SD84H COMPLEX | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / influenza / Single domain antibody / hemagglutinin / humanization | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...viral budding from plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) synthetic construct (人工物) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Luo, J. / Obmolova, G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Universal protection against influenza infection by a multidomain antibody to influenza hemagglutinin. 著者: Nick S Laursen / Robert H E Friesen / Xueyong Zhu / Mandy Jongeneelen / Sven Blokland / Jan Vermond / Alida van Eijgen / Chan Tang / Harry van Diepen / Galina Obmolova / Marijn van der Neut ...著者: Nick S Laursen / Robert H E Friesen / Xueyong Zhu / Mandy Jongeneelen / Sven Blokland / Jan Vermond / Alida van Eijgen / Chan Tang / Harry van Diepen / Galina Obmolova / Marijn van der Neut Kolfschoten / David Zuijdgeest / Roel Straetemans / Ryan M B Hoffman / Travis Nieusma / Jesper Pallesen / Hannah L Turner / Steffen M Bernard / Andrew B Ward / Jinquan Luo / Leo L M Poon / Anna P Tretiakova / James M Wilson / Maria P Limberis / Ronald Vogels / Boerries Brandenburg / Joost A Kolkman / Ian A Wilson / 要旨: Broadly neutralizing antibodies against highly variable pathogens have stimulated the design of vaccines and therapeutics. We report the use of diverse camelid single-domain antibodies to influenza ...Broadly neutralizing antibodies against highly variable pathogens have stimulated the design of vaccines and therapeutics. We report the use of diverse camelid single-domain antibodies to influenza virus hemagglutinin to generate multidomain antibodies with impressive breadth and potency. Multidomain antibody MD3606 protects mice against influenza A and B infection when administered intravenously or expressed locally from a recombinant adeno-associated virus vector. Crystal and single-particle electron microscopy structures of these antibodies with hemagglutinins from influenza A and B viruses reveal binding to highly conserved epitopes. Collectively, our findings demonstrate that multidomain antibodies targeting multiple epitopes exhibit enhanced virus cross-reactivity and potency. In combination with adeno-associated virus-mediated gene delivery, they may provide an effective strategy to prevent infection with influenza virus and other highly variable pathogens. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cnv.cif.gz | 213.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cnv.ent.gz | 169.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cnv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6cnv_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6cnv_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6cnv_validation.xml.gz | 38 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6cnv_validation.cif.gz | 51.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/6cnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/6cnv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37699.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: U3RVK6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23910.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: G4WYG8, UniProt: M1E1E4, UniProt: C0LT38*PLUS |
-抗体 , 3種, 3分子 CLH
#3: 抗体 | 分子量: 12564.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#4: 抗体 | 分子量: 22840.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#5: 抗体 | 分子量: 24423.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-糖 , 2種, 5分子
#6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.19 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.5, 5.5 M sodium formate, and 5% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.1→47.7 Å / Num. obs: 18421 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 4.1→4.21 Å / 冗長度: 10.6 % / Num. unique obs: 1349 / CC1/2: 0.547 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.1→47.695 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.72
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.1→47.695 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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