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- PDB-6cnl: Crystal Structure of H105A PGAM5 Dodecamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cnl
タイトルCrystal Structure of H105A PGAM5 Dodecamer
要素
  • PGAM5 Multimerization Motif Peptide
  • Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
キーワードSIGNALING PROTEIN / Phosphatase / Mitophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cold-induced thermogenesis / myosin phosphatase activity / positive regulation of mitochondrial fission / Receptor Mediated Mitophagy / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / necroptotic process / GTPase activator activity / macroautophagy ...negative regulation of cold-induced thermogenesis / myosin phosphatase activity / positive regulation of mitochondrial fission / Receptor Mediated Mitophagy / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / necroptotic process / GTPase activator activity / macroautophagy / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ruiz, K. / Agnew, C. / Jura, N.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Functional role of PGAM5 multimeric assemblies and their polymerization into filaments.
著者: Ruiz, K. / Thaker, T.M. / Agnew, C. / Miller-Vedam, L. / Trenker, R. / Herrera, C. / Ingaramo, M. / Toso, D. / Frost, A. / Jura, N.
履歴
登録2018年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
C: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
L: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
J: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
F: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
H: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
K: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
D: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
B: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
I: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
G: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
E: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
M: PGAM5 Multimerization Motif Peptide
O: PGAM5 Multimerization Motif Peptide
X: PGAM5 Multimerization Motif Peptide
V: PGAM5 Multimerization Motif Peptide
R: PGAM5 Multimerization Motif Peptide
T: PGAM5 Multimerization Motif Peptide
W: PGAM5 Multimerization Motif Peptide
P: PGAM5 Multimerization Motif Peptide
N: PGAM5 Multimerization Motif Peptide
U: PGAM5 Multimerization Motif Peptide
S: PGAM5 Multimerization Motif Peptide
Q: PGAM5 Multimerization Motif Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,84255
ポリマ－325,08824
非ポリマー75331
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43350 Å2
ΔGint-354 kcal/mol
Surface area85450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.372, 242.538, 272.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial / Bcl-XL-binding protein v68 / Phosphoglycerate mutase family member 5


分子量: 25407.885 Da / 分子数: 12 / 変異: H105A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGAM5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96HS1, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド
PGAM5 Multimerization Motif Peptide


分子量: 1682.793 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Tris 7 pH, 0.2 M MgCl2 10% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.6 Å / Num. obs: 102228 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 34.72 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.1983 / Rpim(I) all: 0.09759 / Rrim(I) all: 0.2219 / Net I/σ(I): 7.17
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.058 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 10012 / CC1/2: 0.565 / Rpim(I) all: 0.5104 / Rrim(I) all: 1.178 / % possible all: 99.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MUF

5muf


解像度: 2.6→48.6 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 27.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 5091 4.96 %
Rwork0.2232 --
obs0.2253 -98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18635 0 31 199 18865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00419076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76925966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.38811424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522905
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.62960.34453230.31656016X-RAY DIFFRACTION99
2.6296-2.66050.33152910.30896075X-RAY DIFFRACTION99
2.6605-2.69290.33293160.30166101X-RAY DIFFRACTION99
2.6929-2.7270.3272930.29826210X-RAY DIFFRACTION99
2.727-2.76290.33373230.29186028X-RAY DIFFRACTION99
2.7629-2.80070.34493350.29925931X-RAY DIFFRACTION98
2.8007-2.84070.36753190.28576090X-RAY DIFFRACTION98
2.8407-2.88310.29373410.27196126X-RAY DIFFRACTION98
2.8831-2.92820.33723100.2776053X-RAY DIFFRACTION98
2.9282-2.97620.35192870.28295997X-RAY DIFFRACTION98
2.9762-3.02750.32883230.27776039X-RAY DIFFRACTION98
3.0275-3.08260.33983710.27446148X-RAY DIFFRACTION99
3.0826-3.14180.26953260.25185971X-RAY DIFFRACTION99
3.1418-3.2060.29843170.2416008X-RAY DIFFRACTION98
3.206-3.27560.28653220.24166167X-RAY DIFFRACTION99
3.2756-3.35180.30282820.23216039X-RAY DIFFRACTION99
3.3518-3.43560.24842930.22286081X-RAY DIFFRACTION98
3.4356-3.52850.24133090.20546170X-RAY DIFFRACTION98
3.5285-3.63230.24073020.19825968X-RAY DIFFRACTION99
3.6323-3.74950.23513040.20016103X-RAY DIFFRACTION98
3.7495-3.88350.25263080.19956025X-RAY DIFFRACTION99
3.8835-4.03890.22333420.18436041X-RAY DIFFRACTION98
4.0389-4.22260.21592760.16766122X-RAY DIFFRACTION99
4.2226-4.44510.18753540.15556122X-RAY DIFFRACTION99
4.4451-4.72340.19533360.1645911X-RAY DIFFRACTION98
4.7234-5.08780.20033370.17276085X-RAY DIFFRACTION99
5.0878-5.59910.23813110.20626106X-RAY DIFFRACTION99
5.5991-6.40790.30833380.23736066X-RAY DIFFRACTION99
6.4079-8.06770.27123280.24296081X-RAY DIFFRACTION98
8.0677-49.71330.27062760.23226017X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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