[日本語] English
万見
- PDB-6cn1: 2.75 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosa... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cn1
タイトル2.75 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Pseudomonas putida in Complex with Uridine-diphosphate-2(n-acetylglucosaminyl) butyric acid, (2R)-2-(phosphonooxy)propanoic acid and Magnesium
要素UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2-(phosphonooxy)propanoic acid / Chem-EPU / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Cardona-Correa, A. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.75 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Pseudomonas putida in Complex with Uridine-diphosphate-2(n-acetylglucosaminyl) ...タイトル: 2.75 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Pseudomonas putida in Complex with Uridine-diphosphate-2(n-acetylglucosaminyl) butyric acid, (2R)-2-(phosphonooxy)propanoic acid and Magnesium.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Cardona-Correa, A. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2018年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
E: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
F: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
G: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
H: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,52137
ポリマ－362,3708
非ポリマー7,15129
水5,296294
1
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,74318
ポリマ－181,1854
非ポリマー3,55814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15660 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area53590 Å2
手法PISA
2
E: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
F: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
G: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
H: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,77819
ポリマ－181,1854
非ポリマー3,59315
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15660 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area53570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.615, 148.119, 164.627
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enoylpyruvate transferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase / EPT


分子量: 45296.191 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440) (バクテリア)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: murA, PP_0964 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic
参照: UniProt: Q88P88, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 323分子

#2: 化合物
ChemComp-EPU / URIDINE-DIPHOSPHATE-2(N-ACETYLGLUCOSAMINYL) BUTYRIC ACID / ENOLPYRUVYL-URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / N-アセチル-1-O-[(5′-ウリジリルオキシ)ヒドロキシホスフィニル]-3-O-(1-カルボキシエテニル)-α-D(以下略)


分子量: 677.400 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N3O19P2
#3: 化合物
ChemComp-0V5 / (2R)-2-(phosphonooxy)propanoic acid / (+)-2-O-ホスホノ-D-乳酸


分子量: 170.058 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.2 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein: 1.4 mg/ml, 0.5 Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, Screen: PACT (B10), 0.2M Magnesium chloride, 0.1M MES buffer pH 6.0, 20% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月22日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 82344 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 51.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.148 / Rsym value: 0.136 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3999 / CC1/2: 0.714 / Rpim(I) all: 0.342 / Rrim(I) all: 0.863 / Rsym value: 0.791 / Χ2: 1.002 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BQ2

5bq2


解像度: 2.75→29.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 38.7 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.409 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25179 4127 5.1 %RANDOM
Rwork0.20951 ---
obs0.21167 77560 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.033 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.78 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---2.94 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25218 0 437 294 25949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01926094
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0225327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2022.00235367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.869358499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.65753364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.15223.9861001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.993154467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.20915193
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.24179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.02128793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.024872
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6143.21213477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6143.21213476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1014.81616834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1014.81616835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6153.36212617
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6153.36212614
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.0375.00818531
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.57139.20428193
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.55739.19628184
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 274 -
Rwork0.312 5587 -
obs--98.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4043-2.3342-2.7091.77351.33815.32510.1065-0.0181-0.1044-0.1861-0.06930.1608-0.73010.0413-0.03720.58560.0687-0.07210.22540.01420.438833.986858.04114.2903
28.216-0.6197-0.25942.9808-0.84743.16060.06560.82410.3319-0.2747-0.0528-0.1408-0.2952-0.2845-0.01280.26660.07940.10820.12030.08210.172443.805863.5328-6.943
31.97160.4841-0.16722.25070.34082.55010.01730.20910.0578-0.3941-0.0318-0.5149-0.34480.10950.01450.1322-0.00770.12890.08890.05430.229658.094352.8494-2.2013
41.53380.0943-0.42482.07820.70632.2304-0.04680.13450.0216-0.2043-0.04260.0453-0.0678-0.05930.08940.06630.0382-0.0240.04970.0090.10934.155648.66599.0712
52.18610.0966-1.72251.39460.11682.64260.0158-0.12850.25890.0769-0.028-0.1341-0.35450.08540.01220.1062-0.0008-0.04720.03850.00650.322355.787469.313138.9843
61.8106-0.16840.13442.5735-0.46212.00450.044-0.13760.07270.22580.0480.1562-0.0641-0.0671-0.09190.02590.00540.00050.02-0.03230.146341.691958.786345.4991
71.42990.4611-1.21131.8652-0.26832.63690.0847-0.035-0.0017-0.0379-0.0333-0.31580.00470.2609-0.05140.06620.0418-0.03310.0843-0.00910.322766.160953.419437.9863
81.45491.7518-0.07353.9586-2.30592.9436-0.18530.2845-0.0576-0.52560.14360.06030.16880.09770.04160.31770.06150.00350.2558-0.02670.463463.582554.203319.2125
98.04970.32560.95165.1271-0.93863.6008-0.1120.23770.6342-0.09610.0853-0.17-0.59120.01860.02670.1127-0.00810.02310.01410.01830.252264.864868.993224.6587
102.6456-0.03321.56751.05540.28811.1706-0.1197-0.02540.13340.26160.08190.15040.27710.04920.03780.51130.016-0.00830.29340.07930.332447.678216.546249.2756
115.6275-1.8906-1.73281.11271.03442.9768-0.2991-0.467-0.38790.2528-0.037-0.05770.20710.16090.33610.2418-0.0033-0.1060.15430.10230.293965.484312.196352.0315
122.96930.0446-0.48051.14830.12181.03730.1329-0.27650.23460.1153-0.0462-0.2738-0.02210.1081-0.08670.08070.0025-0.05180.0387-0.02660.133158.739728.685748.0187
131.8940.75740.29963.69590.33331.6706-0.04380.0743-0.0566-0.118-0.0189-0.1190.1737-0.00150.06270.0302-0.0029-0.00080.0349-0.00270.052539.807620.879937.4254
146.2961-0.28033.41971.87280.02052.06270.047-0.01930.1615-0.0344-0.0275-0.26230.24890.0559-0.01950.31260.0721-0.00190.0622-0.05170.217457.45049.71998.1637
154.21391.0524-1.6745.7355-1.83352.8162-0.1281-0.0188-0.35720.1215-0.0413-0.25670.0443-0.11890.16950.09150.0294-0.04880.0375-0.05160.153542.97212.75447.7236
161.52430.17461.76142.05440.98232.34630.21190.0225-0.0937-0.002-0.06380.01940.22840.0113-0.14810.0544-0.03220.01860.10080.0340.238335.461310.530812.7724
171.65460.5317-1.22453.1051-0.35094.66890.04160.21760.0769-0.3637-0.03370.3213-0.0534-0.5059-0.00790.05020.018-0.03920.0774-0.01590.162733.11619.96362.2672
181.98550.19421.02672.1840.15392.54630.00490.24190.02050.00350.0037-0.3480.02240.3293-0.00860.03240.01340.04680.0672-0.00490.175963.60620.086411.3295
191.61630.69880.57321.14990.04731.79650.0539-0.1957-0.20240.2708-0.0361-0.02280.2506-0.1598-0.01780.1982-0.08910.05210.13220.01550.136946.872814.3523129.8597
2022.585514.132610.628215.660417.132821.1221-0.1055-0.2491-0.3962-0.4752-0.0431-0.0241-0.67350.01310.14860.2989-0.10460.08050.67790.09160.323842.25910.0483141.9992
212.4272-0.4239-0.1562.31580.25431.44060.0848-0.36020.12860.23650.0502-0.10370.20760.0346-0.1350.0846-0.03550.00130.14750.01290.069863.143725.7352131.8381
221.37070.36010.51591.74250.73912.56480.0428-0.15590.1683-0.0539-0.08370.1696-0.1082-0.07070.04090.0396-0.03890.02590.0746-0.00010.203137.714527.3031117.1787
238.1168-1.47011.36383.3997-0.08391.6759-0.0977-0.2726-0.56660.16260.10520.35910.2770.1054-0.00740.1508-0.02990.0350.07480.02930.116936.625310.9081116.8938
242.5350.17753.42121.30770.47765.022-0.08380.1145-0.0525-0.08110.0562-0.22920.18890.14420.02750.2785-0.00180.10250.23030.04040.249167.2749.342292.5038
256.84091.4842-0.46122.7799-0.32850.92080.11540.026-0.5751-0.17590.0999-0.25620.28370.078-0.21530.15960.0253-0.04410.0368-0.02250.166755.83551.46184.5282
262.60890.31750.83490.96410.25732.116-0.06330.34250.0538-0.22480.16060.0932-0.06660.182-0.09730.1119-0.051-0.00230.0660.00330.078855.160617.59384.3158
271.2426-0.30720.76044.324-0.63722.8433-0.1399-0.0172-0.06230.06410.1649-0.0891-0.14170.1601-0.0250.0179-0.0056-0.00010.0985-0.01760.098969.629619.5343103.4287
284.7375-1.1143-1.59171.50011.10743.0695-0.70240.11440.1594-0.68970.5520.5032-0.49590.23510.15050.766-0.386-0.33770.27040.26430.366751.560858.027877.0709
293.10820.5502-0.20993.1635-0.46192.76-0.60970.4378-0.0548-0.71560.4834-0.1767-0.07430.13120.12640.3865-0.26230.03070.1813-0.01860.089570.159551.430378.9881
307.21481.0304-1.91054.41031.51074.4816-0.57480.80260.2236-0.72660.35980.5357-0.0974-0.15380.2150.4044-0.2012-0.28120.16130.14650.227339.561145.916277.128
312.14730.1763-0.56214.22830.68261.4542-0.4013-0.04910.2991-0.3170.11080.6584-0.1712-0.07270.29050.228-0.0584-0.22940.08460.05850.294642.120452.551391.9676
326.05490.7304-0.71261.3801-0.29440.1690.0492-0.04470.1544-0.0098-0.03140.2167-0.104-0.0221-0.01780.20960.0302-0.02070.1468-0.06960.313555.921668.5781119.8586
330.9765-0.19180.05481.66090.14742.3223-0.0426-0.12950.14360.0042-0.09680.4488-0.1489-0.15160.13940.01550.0278-0.0380.095-0.07640.48939.577659.9824120.4488
345.34670.3506-1.44880.98980.80011.57150.2554-0.18950.53210.1402-0.15890.1701-0.0630.0226-0.09650.1488-0.00630.01470.1546-0.01150.222254.306858.3513128.9525
351.82560.3287-0.13952.308-0.13352.0152-0.0494-0.10280.0965-0.05230.01440.11120.0130.07290.03510.00360.00320.00910.0616-0.01620.14869.229151.1877115.2129
366.181.8506-1.42724.43530.5532.9984-0.06890.0010.7086-0.3268-0.02840.2158-0.18080.09330.09730.035-0.0076-0.01610.0268-0.00180.117969.465467.9088110.9213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2A36 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3A71 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4A180 - 421
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 66
6X-RAY DIFFRACTION6B67 - 208
7X-RAY DIFFRACTION7B209 - 333
8X-RAY DIFFRACTION8B334 - 386
9X-RAY DIFFRACTION9B387 - 421
10X-RAY DIFFRACTION10C1 - 35
11X-RAY DIFFRACTION11C36 - 88
12X-RAY DIFFRACTION12C89 - 298
13X-RAY DIFFRACTION13C299 - 421
14X-RAY DIFFRACTION14D1 - 35
15X-RAY DIFFRACTION15D36 - 63
16X-RAY DIFFRACTION16D64 - 142
17X-RAY DIFFRACTION17D143 - 224
18X-RAY DIFFRACTION18D225 - 421
19X-RAY DIFFRACTION19E1 - 66
20X-RAY DIFFRACTION20E67 - 71
21X-RAY DIFFRACTION21E72 - 221
22X-RAY DIFFRACTION22E222 - 386
23X-RAY DIFFRACTION23E387 - 421
24X-RAY DIFFRACTION24F1 - 35
25X-RAY DIFFRACTION25F36 - 73
26X-RAY DIFFRACTION26F74 - 292
27X-RAY DIFFRACTION27F293 - 421
28X-RAY DIFFRACTION28G1 - 45
29X-RAY DIFFRACTION29G46 - 230
30X-RAY DIFFRACTION30G231 - 290
31X-RAY DIFFRACTION31G291 - 421
32X-RAY DIFFRACTION32H0 - 63
33X-RAY DIFFRACTION33H64 - 206
34X-RAY DIFFRACTION34H207 - 251
35X-RAY DIFFRACTION35H252 - 386
36X-RAY DIFFRACTION36H387 - 421

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る