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- PDB-6cmn: Co-Crystal Structure of HIV-1 TAR Bound to Lab-Evolved RRM TBP6.7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cmn
タイトルCo-Crystal Structure of HIV-1 TAR Bound to Lab-Evolved RRM TBP6.7
要素
  • TAR-Binding Protein 6.7
  • Trans-Activation Response RNA Element
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / protein-RNA complex / TAR RNA / lab-evolved protein / arginine fork / beta hairpin / major-groove readout / base triple / U1A / HIV-1 / trans-activation / RNA Recognition Motif / RRM / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Small nuclear ribonucleoprotein polypeptide A
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.796 Å
データ登録者Belashov, I.A. / Wedekind, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM123864 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structure of HIV TAR in complex with a Lab-Evolved RRM provides insight into duplex RNA recognition and synthesis of a constrained peptide that impairs transcription.
著者: Belashov, I.A. / Crawford, D.W. / Cavender, C.E. / Dai, P. / Beardslee, P.C. / Mathews, D.H. / Pentelute, B.L. / McNaughton, B.R. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2018年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAR-Binding Protein 6.7
D: Trans-Activation Response RNA Element


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3832
ポリマ－22,3832
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, N-value = 0.99 +/- 0.02 (number of sites)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.422, 40.422, 284.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 TAR-Binding Protein 6.7


分子量: 13725.837 Da / 分子数: 1
変異: E19S, Y31H, Q36R, S46P, S48Q, L49R, K50T, M51P, R83A, S91K, D92R, I94P
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G1TM83
#2: RNA鎖 Trans-Activation Response RNA Element


分子量: 8657.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 % / 解説: Half-octagon plate habit
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: NaCl, ammonium sulfate, PEG-mme 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月21日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.796→38.9 Å / Num. obs: 23297 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 31.74 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2140 / CC1/2: 0.692 / % possible all: 91.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1URN

1urn


解像度: 1.796→37.187 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 1164 5 %
Rwork0.1891 --
obs0.1907 23278 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.45 Å2 / Biso mean: 46.1147 Å2 / Biso min: 19.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.796→37.187 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数741 572 0 153 1466
Biso mean---46.69 -
残基数----118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7592021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.806798
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.796-1.87780.28241360.26962577271396
1.8778-1.97680.31511420.257427022844100
1.9768-2.10060.25581430.225727202863100
2.1006-2.26280.2791440.21227232867100
2.2628-2.49050.24551450.2127342879100
2.4905-2.85070.25671440.215727832927100
2.8507-3.59110.21211480.171128262974100
3.5911-37.19450.18241620.165830493211100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68920.33260.31243.41590.3242.9265-0.28860.09380.3036-0.05630.06840.0807-0.12570.0172-0.00130.2161-0.03180.01170.24650.04050.279856.611321.4279314.2891
21.5061-0.46020.33381.52070.56591.4141-0.26460.1771-0.55-0.0224-0.0106-0.04750.21690.13950.00020.2414-0.00430.06770.25920.05890.308159.621610.8385312.395
30.4621-0.1215-0.78650.65211.19352.8115-0.27210.1616-0.1473-0.03230.0513-0.05780.305-0.0538-0.01440.1884-0.00940.03360.22820.05650.29256.016418.7367313.0744
43.1760.0682-2.23883.8358-0.41251.6104-0.04070.5427-0.0829-0.1163-0.02310.07120.24370.08920.00080.25010.00050.0110.29860.04540.300255.54619.2016315.565
51.7154-0.39260.05592.6293-0.0823.2543-0.00860.2080.2876-0.41330.0577-0.4560.0047-0.03370.02230.3155-0.07690.01870.39710.0640.262368.55529.5203301.1427
60.0715-0.1776-0.02160.4310.05670.0049-0.2231-0.1126-0.1651-0.26860.40820.26710.0839-0.2126-0.0030.3438-0.0651-0.04040.40980.04140.4460.01834.3691310.4973
70.5148-0.03070.56040.3113-0.06630.84270.39050.5297-0.0782-0.9489-0.1818-0.27810.13730.11090.00030.6356-0.03720.01320.51890.01680.286469.036525.069290.7905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 22 )A5 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 44 )A23 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 72 )A45 - 72
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 73 through 95 )A73 - 95
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 18 through 32 )D18 - 32
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 33 through 37 )D33 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 38 through 44 )D38 - 44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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