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- PDB-6cmk: Crystal structure of Citrobacter koseri AztD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cmk
タイトルCrystal structure of Citrobacter koseri AztD
要素AztD protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / zinc / beta propeller / periplasm
機能・相同性Nitrous oxide reductase, N-terminal / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / YncE family protein
機能・相同性情報
生物種Citrobacter koseri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.732 Å
データ登録者Yukl, E.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)SC2GM111170 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of AztD provide mechanistic insights into direct zinc transfer between proteins.
著者: Neupane, D.P. / Fullam, S.H. / Chacon, K.N. / Yukl, E.T.
履歴
登録2018年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: AztD protein
A: AztD protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,09114
ポリマ－90,9352
非ポリマー1,15712
水12,070670
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area29150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.230, 128.790, 56.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 AztD protein


分子量: 45467.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter koseri (strain ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696) (バクテリア)
株: ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696 / 遺伝子: CKO_00948 / プラスミド: pCDF Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8AF35

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非ポリマー , 6種, 682分子

#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 292 K / 手法: batch mode / pH: 6
詳細: 10 mg/mL protein was combined in a 1:1 ratio with 24% PEG 4000, 0.1 M sodium nitrate, 0.1 M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月19日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→64.4 Å / Num. obs: 77405 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 4202 / CC1/2: 0.868 / Rpim(I) all: 0.237 / Rrim(I) all: 0.438 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.732→64.395 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1884 1997 2.58 %
Rwork0.153 --
obs0.154 77292 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.732→64.395 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5658 0 61 670 6389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9478073
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2643561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061914
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061056
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.732-1.77530.2581570.20325324X-RAY DIFFRACTION99
1.7753-1.82330.26391330.19045323X-RAY DIFFRACTION99
1.8233-1.8770.21941400.17765387X-RAY DIFFRACTION99
1.877-1.93760.27281450.175356X-RAY DIFFRACTION99
1.9376-2.00680.18851450.15945287X-RAY DIFFRACTION98
2.0068-2.08720.18791360.15715386X-RAY DIFFRACTION100
2.0872-2.18220.1951430.15245408X-RAY DIFFRACTION100
2.1822-2.29720.17491370.14815344X-RAY DIFFRACTION99
2.2972-2.44120.18991450.1525331X-RAY DIFFRACTION98
2.4412-2.62960.21721480.15665425X-RAY DIFFRACTION100
2.6296-2.89430.19211390.15645401X-RAY DIFFRACTION100
2.8943-3.31310.19951460.15545404X-RAY DIFFRACTION99
3.3131-4.1740.16151480.13855443X-RAY DIFFRACTION100
4.174-64.43950.15611350.14215476X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.8527 Å / Origin y: -1.5174 Å / Origin z: -2.614 Å
111213212223313233
T0.092 Å2-0.0056 Å20.0092 Å2-0.1251 Å2-0.0104 Å2--0.1085 Å2
L0.5136 °2-0.0457 °20.0332 °2-0.783 °2-0.0021 °2--0.6056 °2
S0.0045 Å °0.0178 Å °-0.0107 Å °-0.0253 Å °0.0018 Å °0.0035 Å °-0.0106 Å °0.0453 Å °-0.0088 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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