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- PDB-6n01: Structure of apo AztD from Citrobacter koseri -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n01
タイトルStructure of apo AztD from Citrobacter koseri
要素AztD Protein
キーワードCHAPERONE / periplasm / beta propeller / zinc / metallochaperone
機能・相同性: / Nitrous oxide reductase, N-terminal / periplasmic space / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / metal ion binding / TRIETHYLENE GLYCOL / Zinc chaperone AztD
機能・相同性情報
生物種Citrobacter koseri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Yukl, E.T. / Neupane, D.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM122819 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of AztD provide mechanistic insights into direct zinc transfer between proteins.
著者: Neupane, D.P. / Fullam, S.H. / Chacon, K.N. / Yukl, E.T.
履歴
登録2018年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: AztD Protein
A: AztD Protein
C: AztD Protein
D: AztD Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,4899
ポリマ－181,8694
非ポリマー6205
水9,026501
1
B: AztD Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6182
ポリマ－45,4671
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: AztD Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6182
ポリマ－45,4671
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: AztD Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5292
ポリマ－45,4671
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: AztD Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7253
ポリマ－45,4671
非ポリマー2572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.866, 127.854, 113.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
AztD Protein


分子量: 45467.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter koseri (strain ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696) (バクテリア)
株: ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696 / 遺伝子: CKO_00948 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8AF35
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化温度: 292 K / 手法: batch mode / pH: 6
詳細: 10 mg/mL protein was combined in a 1:1 ratio with 24% PEG 4000, 0.1 M sodium nitrate, 0.1 M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月30日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→48.43 Å / Num. obs: 110365 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 16782 / CC1/2: 0.758 / Rpim(I) all: 0.326 / Rrim(I) all: 0.621 / Χ2: 0.69 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6cmk

6cmk


解像度: 1.98→48.431 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 2003 1.82 %
Rwork0.1945 --
obs0.1954 110300 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→48.431 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11040 0 40 501 11581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01311340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25915407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1496830
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721774
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.02950.33051420.27587590X-RAY DIFFRACTION96
2.0295-2.08440.35391330.26747522X-RAY DIFFRACTION96
2.0844-2.14570.26971340.24827536X-RAY DIFFRACTION97
2.1457-2.2150.29511490.22947697X-RAY DIFFRACTION98
2.215-2.29420.25641420.2227710X-RAY DIFFRACTION98
2.2942-2.3860.25351430.21537724X-RAY DIFFRACTION99
2.386-2.49460.26231510.21647794X-RAY DIFFRACTION99
2.4946-2.62610.25841410.21637779X-RAY DIFFRACTION99
2.6261-2.79060.27571440.22017823X-RAY DIFFRACTION100
2.7906-3.00610.26881450.21927843X-RAY DIFFRACTION100
3.0061-3.30850.26091410.20087792X-RAY DIFFRACTION100
3.3085-3.78710.2151410.17797833X-RAY DIFFRACTION99
3.7871-4.77070.18911470.14737780X-RAY DIFFRACTION99
4.7707-48.44580.1981500.17027874X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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