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万見
- PDB-6ck5: PRPP riboswitch from T. mathranii bound to PRPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ck5
タイトルPRPP riboswitch from T. mathranii bound to PRPP
要素PRPP riboswitch
キーワードRNA / Riboswitch / PRPP / ykkC
機能・相同性: / : / Chem-PRP / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter mathranii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Knappenberger, A.J. / Reiss, C.W. / Strobel, S.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM022778 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structures of two aptamers with differing ligand specificity reveal ruggedness in the functional landscape of RNA.
著者: Knappenberger, A.J. / Reiss, C.W. / Strobel, S.A.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRPP riboswitch
B: PRPP riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,22735
ポリマ－75,3892
非ポリマー3,83833
水93752
1
A: PRPP riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,84418
ポリマ－37,6941
非ポリマー2,15017
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PRPP riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,38317
ポリマ－37,6941
非ポリマー1,68816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.977, 89.575, 136.367
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: A / End label comp-ID: A / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 110 / Label seq-ID: 1 - 111

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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RNA鎖 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: RNA鎖 PRPP riboswitch


分子量: 37694.297 Da / 分子数: 2 / 断片: GB residues 657680-657796 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermoanaerobacter mathranii (バクテリア)
参照: GenBank: 296841273
#5: 糖 ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP


タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C5H13O14P3
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO35PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 83分子

#2: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 % / 解説: Crystal formed as a large, very thin plate.
結晶化温度: 303.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6
詳細: 150 uM RNA in 10 mM magnesium chloride, 10 mM potassium chloride, 10 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 10 mM PRPP, mixed 2:1 with 80 mM sodium chloride, 20 mM barium chloride dihydrate, 40 mM sodium ...詳細: 150 uM RNA in 10 mM magnesium chloride, 10 mM potassium chloride, 10 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 10 mM PRPP, mixed 2:1 with 80 mM sodium chloride, 20 mM barium chloride dihydrate, 40 mM sodium cacodylate trihydrate, pH 5.6, 45% v/v MPD, 12 mM spermine tetrahydrachloride. Crystals were flash-frozen without further preparation.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月13日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.798
11-H, -K, H+L20.202
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 27959 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 1.421 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 100854
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.543.91.06814050.1760.6331.2461.08198.9
2.54-2.593.80.95914340.2670.5751.1231.09999.3
2.59-2.643.60.93314090.1760.571.0981.04498.4
2.64-2.693.70.913490.270.5491.0591.15398.6
2.69-2.753.60.91213800.1440.5631.0780.9798.2
2.75-2.823.50.70914230.3760.4430.840.95298.3
2.82-2.893.30.59813850.6560.3870.7160.97297.7
2.89-2.963.10.38713440.8750.2570.4681.196.2
2.96-3.053.60.31314030.9670.1920.3691.12999.2
3.05-3.1540.20914240.9890.1220.2431.25699.2
3.15-3.2640.15513760.9930.090.181.35598.9
3.26-3.393.80.13714420.9940.0810.1591.47399
3.39-3.553.80.13313740.9920.080.1561.62699.3
3.55-3.733.70.11914200.9920.0720.141.78698.7
3.73-3.973.50.10113600.9930.0620.1191.74897.4
3.97-4.273.20.0814250.9950.0510.0961.80896.2
4.27-4.73.50.07213580.9940.0440.0851.98497.4
4.7-5.383.90.06314080.9930.0360.0731.85199
5.38-6.783.60.05614400.9940.0330.0652.02498.6
6.78-403.10.04814000.9980.0310.0572.10695.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5T83

5t83


解像度: 2.49→37.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.149 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 1361 4.9 %RANDOM
Rwork0.2145 ---
obs0.2164 26309 96.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 201.44 Å2 / Biso mean: 78.592 Å2 / Biso min: 23.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-51.63 Å20 Å2-31.18 Å2
2--8.9 Å2-0 Å2
3----60.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→37.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4418 75 52 4545
Biso mean--90.69 61.64 -
残基数----208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0114985
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8421.2957764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.76934945
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2837
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021089
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 20474 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.491→2.555 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 90 -
Rwork0.363 1656 -
all-1746 -
obs--82.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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