PDB-6ck1: Crystal structure of Paracoccus denitrificans AztD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ck1

タイトル

Crystal structure of Paracoccus denitrificans AztD

要素

A1B2F4 protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / zinc / beta propeller / periplasm

機能・相同性

Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Paracoccus denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Yukl, E.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of AztD provide mechanistic insights into direct zinc transfer between proteins.
著者: Neupane, D.P. / Fullam, S.H. / Chacon, K.N. / Yukl, E.T.

履歴

登録	2018年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ck1.cif.gz	588.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ck1.ent.gz	499.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ck1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ck1_validation.pdf.gz	470.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ck1_full_validation.pdf.gz	492.5 KB	表示
XML形式データ	6ck1_validation.xml.gz	61.6 KB	表示
CIF形式データ	6ck1_validation.cif.gz	89.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ck1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ck1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cmkC 6n01C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wbt-d 5oie-1 5wby-2 3wce-d 5ojv-1 5oi1-1 20215 5ont-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: A1B2F4 protein

A: A1B2F4 protein

C: A1B2F4 protein

D: A1B2F4 protein

ヘテロ分子

174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.510, 96.380, 175.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	A1B2F4 protein 分子量: 43222.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222) (バクテリア) 株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_1598 / プラスミド: pCDF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A1B2F4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 10 mg/mL protein was combined in a 1:1 ratio with reservoir solution containing 24% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 5.4, 0.1 M magnesium nitrate, 2.5% w/v 1-ethyl-3-methylimidazolium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月26日
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→79.74 Å / Num. obs: 80583 / % possible obs: 96.82 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.89 % / R_merge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 6497 / CC_1/2: 0.803 / R_pim(I) all: 0.293 / R_rim(I) all: 0.678 / % possible all: 79.02

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→79.74 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2371	4048	5.02 %
R_work	0.1786	-	-
obs	0.1815	80579	96.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→79.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11166	0	15	844	12025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	15700
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.317	6727
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1728
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2100

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.1753	0.324	109	0.2358	2017	X-RAY DIFFRACTION	75
2.1753-2.2018	0.2964	110	0.2286	2134	X-RAY DIFFRACTION	79
2.2018-2.2297	0.2946	118	0.2339	2254	X-RAY DIFFRACTION	83
2.2297-2.2591	0.3056	134	0.2443	2293	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2591-2.29	0.3092	126	0.2269	2475	X-RAY DIFFRACTION	91
2.29-2.3227	0.3001	131	0.2238	2511	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3227-2.3574	0.309	154	0.2179	2693	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3574-2.3942	0.292	123	0.2095	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3942-2.4335	0.2855	138	0.2057	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4335-2.4755	0.2592	132	0.2034	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4755-2.5205	0.2737	147	0.2109	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5205-2.569	0.3268	141	0.2051	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.569-2.6214	0.2743	133	0.2056	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6214-2.6784	0.2742	125	0.2114	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6784-2.7407	0.3015	157	0.2171	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7407-2.8092	0.2685	143	0.2047	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8092-2.8852	0.2792	146	0.198	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8852-2.9701	0.2476	140	0.206	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9701-3.066	0.2709	132	0.1986	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.066-3.1756	0.2436	139	0.2022	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1756-3.3027	0.2564	153	0.1972	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3027-3.453	0.2048	159	0.18	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.453-3.6351	0.2504	151	0.1659	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6351-3.8628	0.2309	155	0.1605	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8628-4.1611	0.1853	148	0.1447	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1611-4.5798	0.1706	152	0.1195	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5798-5.2423	0.1528	137	0.1157	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2423-6.6043	0.1997	164	0.1524	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6043-79.7945	0.183	151	0.1504	2951	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -8.4147 Å / Origin y: 2.6221 Å / Origin z: -21.6183 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1787 Å²	-0.0279 Å²	-0.0175 Å²	-	0.147 Å²	-0.0253 Å²	-	-	0.1723 Å²
L	0.3844 °²	-0.1522 °²	-0.1886 °²	-	0.1535 °²	-0.0391 °²	-	-	0.191 °²
S	-0.027 Å °	0.1024 Å °	-0.0379 Å °	0.0258 Å °	-0.0018 Å °	0.0035 Å °	-0.0241 Å °	-0.0524 Å °	0.0223 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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