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- PDB-6cjo: Crystal Structure of Chalcone Isomerase from Medicago Sativa with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cjo
タイトルCrystal Structure of Chalcone Isomerase from Medicago Sativa with the G95S mutation.
要素Chalcone--flavonone isomerase 1
キーワードplant protein / isomerase / chalcone isomerase / naringenin / flavanone
機能・相同性
機能・相同性情報


chalcone isomerase / chalcone isomerase activity / flavonoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase - #10 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A ...Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase - #10 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / 3-Layer(bba) Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chalcone--flavanone isomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Burke, J.R. / La Clair, J.J. / Philippe, R.N. / Pabis, A. / Jez, J.M. / Cortina, G. / Kaltenbach, M. / Bowman, M.E. / Woods, K.B. / Nelson, A.T. ...Burke, J.R. / La Clair, J.J. / Philippe, R.N. / Pabis, A. / Jez, J.M. / Cortina, G. / Kaltenbach, M. / Bowman, M.E. / Woods, K.B. / Nelson, A.T. / Tawfik, D.S. / Kamerlin, S.C.L. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Bifunctional Substrate Activation via an Arginine Residue Drives Catalysis in Chalcone Isomerases
著者: Burke, J.R. / La Clair, J.J. / Philippe, R.N. / Pabis, A. / Jez, J.M. / Cortina, G. / Kaltenbach, M. / Bowman, M.E. / Woods, K.B. / Nelson, A.T. / Tawfik, D.S. / Kamerlin, S.C.L. / Noel, J.P.
履歴
登録2018年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chalcone--flavonone isomerase 1
B: Chalcone--flavonone isomerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8077
ポリマ－48,3272
非ポリマー4805
水2,072115
1
A: Chalcone--flavonone isomerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3563
ポリマ－24,1641
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chalcone--flavonone isomerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4524
ポリマ－24,1641
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.395, 90.395, 351.775
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-449-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chalcone--flavonone isomerase 1 / Chalcone isomerase 1


分子量: 24163.539 Da / 分子数: 2 / 変異: G95T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
遺伝子: CHI1, CHI-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28012, chalcone isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.35 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20mgs/ml in 2.2M AmSO4, 50mM hepes pH 7.5 and 25% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.94 Å / Num. obs: 34433 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→46.928 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 1999 5.81 %
Rwork0.2312 --
obs0.2325 34433 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3329 0 25 115 3469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033415
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7494624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2121250
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029522
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.34831390.31022247X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.52650.34261390.29792274X-RAY DIFFRACTION100
2.5265-2.60090.34751390.30332244X-RAY DIFFRACTION100
2.6009-2.68480.38681380.29542248X-RAY DIFFRACTION100
2.6848-2.78080.30461410.28122270X-RAY DIFFRACTION100
2.7808-2.89210.33461410.27732286X-RAY DIFFRACTION100
2.8921-3.02370.30151410.2622296X-RAY DIFFRACTION100
3.0237-3.18310.27981400.25492271X-RAY DIFFRACTION100
3.1831-3.38240.27281420.25412309X-RAY DIFFRACTION100
3.3824-3.64350.26561430.22932320X-RAY DIFFRACTION100
3.6435-4.010.21191420.21542312X-RAY DIFFRACTION99
4.01-4.58980.19391470.18712369X-RAY DIFFRACTION100
4.5898-5.7810.19951480.19932394X-RAY DIFFRACTION100
5.781-46.93650.24951590.21582594X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24660.0120.24220.4954-0.2040.32690.20350.0321-0.1145-0.0924-0.15650.1665-0.06290.20720.00390.5660.02030.01060.3625-0.00720.342425.98712.2579-5.0864
20.57850.2520.38460.4704-0.37681.09040.04260.09050.05460.0778-0.1427-0.0425-0.13060.214700.56270.0022-0.04660.30690.00330.42119.418118.9637-3.0993
30.43430.01480.19040.4216-0.10080.1744-0.0968-0.1687-0.06050.14150.21780.0748-0.1542-0.344200.57320.1232-0.00440.4358-0.01020.4814-8.624323.7961-14.7547
41.0369-0.38560.47860.5559-0.29030.72020.09850.10510.00080.0445-0.12580.0516-0.09750.008200.49790.0936-0.03270.3139-0.02920.4229-0.763525.9509-23.1677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 222 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 86 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 87 through 221 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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