PDB-6cj7: Crystal structure of Manduca sexta Serine protease inhibitor (Ser...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cj7

タイトル

Crystal structure of Manduca sexta Serine protease inhibitor (Serpin)-12

要素

Serpin-12

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / Serine protease inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Manduca sexta (蝶・蛾)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Gulati, M. / Hu, Y. / Peng, S. / Pathak, P.K. / Wang, Y. / Deng, J. / Jiang, H.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM58634	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI112662	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI133589	米国

引用

ジャーナル: Insect Biochem. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Manduca sexta serpin-12 controls the prophenoloxidase activation system in larval hemolymph.
著者: Yang, F. / Wang, Y. / Sumathipala, N. / Cao, X. / Kanost, M.R. / Jiang, H.

履歴

登録	2018年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cj7.cif.gz	159 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cj7.ent.gz	123.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cj7_validation.pdf.gz	419.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cj7_full_validation.pdf.gz	423.3 KB	表示
XML形式データ	6cj7_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	6cj7_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/6cj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/6cj7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dy0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2arr-d 6ymz-2 3h95-1 6zot-d 5ez7-d 5io1-1 3dlw-d 1ifv-d 2dut-1 4dy0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Serpin-12

43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.997, 80.555, 55.125
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Serpin-12 分子量: 43025.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Manduca sexta (蝶・蛾) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A3B6UET4*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20%PEG 8k 100mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97914 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 45917 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 29.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 4435 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DY0

4dy0

解像度: 1.6→35.819 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1863	1934	4.35 %
R_work	0.1628	-	-
obs	0.1638	44443	96.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.819 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2781	0	0	252	3033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2843
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.897	3851
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.896	1742
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	439
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	500

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2437	123	0.2143	2744	X-RAY DIFFRACTION	87
1.64-1.6844	0.263	128	0.2079	2833	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6844-1.7339	0.2403	135	0.1997	2933	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7339-1.7899	0.2758	136	0.1852	2935	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7899-1.8539	0.1959	139	0.1805	3005	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8539-1.9281	0.1903	136	0.1747	3051	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9281-2.0158	0.2104	140	0.1666	3083	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0158-2.1221	0.1921	143	0.1669	3114	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1221-2.255	0.1955	139	0.1643	3093	X-RAY DIFFRACTION	98
2.255-2.4291	0.2013	142	0.1758	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4291-2.6735	0.2041	142	0.178	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6735-3.0602	0.2094	143	0.1669	3129	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0602-3.8548	0.162	144	0.1498	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8548-35.8276	0.1543	144	0.1443	3183	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0275	-1.3293	0.1729	4.5927	-2.0918	2.7197	0.022	-0.0081	-0.0339	-0.2348	0.05	-0.0725	0.0913	-0.0711	-0.0584	0.1859	-0.0129	-0.0155	0.1762	-0.0126	0.1912	11.1746	43.9004	11.6585
2	1.4338	-1.7908	-0.3533	5.651	0.1591	0.7011	-0.0763	-0.0093	0.1458	0.2352	0.0403	-0.5125	-0.0843	0.1614	-0.0117	0.2185	0.0186	-0.0554	0.2407	-0.007	0.237	17.1133	41.1914	22.9216
3	0.8722	0.7316	0.3234	7.1893	-1.0216	1.3284	-0.0814	-0.2278	-0.0444	0.6413	0.2418	0.1563	-0.1042	-0.0363	-0.1404	0.2135	0.0563	0.0376	0.2502	0.0133	0.1431	3.8943	42.3864	28.077
4	2.498	0.7811	-0.0995	4.0693	0.2475	1.4488	-0.0069	0.21	0.153	0.0472	0.1584	0.4988	0.0481	-0.2472	-0.14	0.1512	0.0192	0.0214	0.2381	0.073	0.2422	-6.5429	37.7843	20.9341
5	0.6668	-0.1486	0.3651	2.5835	-0.8089	1.8309	-0.0508	0.0949	0.0934	-0.3109	-0.022	0.1966	-0.3652	0.0246	0.0591	0.2658	0.0149	-0.0702	0.1824	0.0041	0.2413	-0.1601	61.1952	7.1142
6	2.3278	0.2214	1.108	2.7388	-0.324	2.0633	-0.0419	0.1901	0.0196	-0.5494	0.0186	-0.2401	-0.3601	0.2049	0.0591	0.4047	-0.0364	0.0017	0.1913	-0.0209	0.2496	8.6913	68.2054	1.6677
7	0.7056	-0.1095	0.0952	3.0776	-0.4357	0.8758	-0.0152	0.0135	0.0217	-0.3781	0.0338	-0.1921	-0.0423	0.1278	-0.0109	0.211	-0.0137	-0.0155	0.2076	-0.0159	0.1643	10.5534	49.4177	9.8879
8	1.4578	-0.8452	0.1267	2.9145	-0.6064	1.8072	0.0142	0.1042	0.2957	-0.3117	0.061	0.0598	-0.3936	0.0931	-0.0442	0.296	-0.041	-0.0314	0.1748	-0.0039	0.16	4.4965	63.1393	5.2303
9	2.6349	-0.2708	2.5353	2.3606	-0.267	4.1114	0.0689	-0.0302	-0.048	-0.2226	0.055	0.0659	-0.0334	-0.0803	-0.1015	0.2354	-0.0082	-0.0185	0.1712	-0.0027	0.1875	6.7438	55.341	8.3409

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 73 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 152 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 153 through 185 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 186 through 206 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 207 through 304 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 305 through 346 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 347 through 373 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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