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- PDB-6cix: Lactam cyclised mimetic of a fragment of p21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cix
タイトルLactam cyclised mimetic of a fragment of p21
要素p21
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / PIP-box motif / p21 / constrained / peptidomimetic
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin-dependent protein kinase activating kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / PCNA-p21 complex / intestinal epithelial cell maturation / : / regulation of cell cycle G1/S phase transition / tissue regeneration ...cyclin-dependent protein kinase activating kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / PCNA-p21 complex / intestinal epithelial cell maturation / : / regulation of cell cycle G1/S phase transition / tissue regeneration / Transcriptional regulation by RUNX2 / negative regulation of phosphorylation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / response to arsenic-containing substance / positive regulation of programmed cell death / oncogene-induced cell senescence / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / AKT phosphorylates targets in the cytosol / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / stress-induced premature senescence / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / response to aldosterone / response to corticosterone / cellular response to UV-B / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / molecular function inhibitor activity / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / protein kinase inhibitor activity / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / keratinocyte proliferation / response to X-ray / replicative senescence / positive regulation of protein kinase activity / response to hyperoxia / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / animal organ regeneration / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / positive regulation of B cell proliferation / keratinocyte differentiation / : / protein sequestering activity / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / Signaling by FLT3 fusion proteins / cellular response to amino acid starvation / cyclin binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of DNA replication / negative regulation of protein binding / molecular function activator activity / cellular response to ionizing radiation / wound healing / negative regulation of cell growth / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / response to toxic substance / cellular response to gamma radiation / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein import into nucleus / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Cyclin D associated events in G1 / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Neddylation / heart development / cellular response to heat / fibroblast proliferation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / in utero embryonic development / Ras protein signal transduction / nuclear body / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / protein-containing complex binding / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wegener, K.L.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: Rational Design of a 310-Helical PIP-Box Mimetic Targeting PCNA, the Human Sliding Clamp.
著者: Wegener, K.L. / McGrath, A.E. / Dixon, N.E. / Oakley, A.J. / Scanlon, D.B. / Abell, A.D. / Bruning, J.B.
履歴
登録2018年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: p21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8301
ポリマ－1,8301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2180 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド p21


分子量: 1830.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Residues K7 and E11 have been covalently joined as a lactam
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38936*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic12D TOCSY
131isotropic12D COSY
141isotropic11D 1H

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 1.4 mM ACR1, 0.1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O / Label: ACR1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.4 mMACR1natural abundance1
0.1 mMDSSnatural abundance1
試料状態イオン強度: 0 M / Label: ACR1 / pH: 5.90 / PH err: 0.01 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: Cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
AnalysisCCPNchemical shift assignment
AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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