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- PDB-6ciq: Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase from Moorella thermoacetica wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ciq
タイトルPyruvate:ferredoxin oxidoreductase from Moorella thermoacetica with coenzyme A bound
要素PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / pyruvate:ferredoxin oxidoreductase / thiamine pyrophosphate / coenzyme A / gated electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate synthase / pyruvate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain superfamily / Domain of unknown function / 4Fe-4S double cluster binding domain / Domain of unknown function / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain / : ...Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain superfamily / Domain of unknown function / 4Fe-4S double cluster binding domain / Domain of unknown function / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain / : / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, thiamine diP-bdg / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, central domain / Pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase, catalytic domain / Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / IRON/SULFUR CLUSTER / THIAMINE DIPHOSPHATE / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.302 Å
データ登録者Chen, P.Y.-T. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069857 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM39451 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Binding site for coenzyme A revealed in the structure of pyruvate:ferredoxin oxidoreductase fromMoorella thermoacetica.
著者: Chen, P.Y. / Aman, H. / Can, M. / Ragsdale, S.W. / Drennan, C.L.
履歴
登録2018年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.42019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
B: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
C: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,08621
ポリマ－382,2693
非ポリマー6,81618
水52229
1
A: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子

A: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,39014
ポリマ－254,8462
非ポリマー4,54412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area22930 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area77580 Å2
手法PISA
2
B: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
C: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,39014
ポリマ－254,8462
非ポリマー4,54412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23380 Å2
ΔGint-258 kcal/mol
Surface area74770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)337.710, 106.993, 120.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE


分子量: 127423.125 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア)
株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_0064 / 発現宿主: Moorella thermoacetica (バクテリア)
参照: UniProt: Q2RMD6, Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With an iron-sulfur protein as acceptor

-
非ポリマー , 5種, 47分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 13% (w/v) PEG 6000, 0.06 M sodium cacodylate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→100 Å / Num. obs: 58817 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.159 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / Num. unique obs: 2499 / Rsym value: 0.454

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CIN

6cin


解像度: 3.302→80.252 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2227 2951 5.02 %
Rwork0.1838 --
obs0.1858 58800 96.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.302→80.252 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26589 0 297 29 26915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00327509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56637420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.00116415
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0434132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3024-3.35650.3279980.28511882X-RAY DIFFRACTION68
3.3565-3.41440.27281270.2662533X-RAY DIFFRACTION93
3.4144-3.47650.26911490.25232608X-RAY DIFFRACTION95
3.4765-3.54340.25451350.22942667X-RAY DIFFRACTION97
3.5434-3.61570.27721420.22852679X-RAY DIFFRACTION98
3.6157-3.69430.26351440.21772706X-RAY DIFFRACTION98
3.6943-3.78030.27031370.21732713X-RAY DIFFRACTION99
3.7803-3.87480.27551540.21692678X-RAY DIFFRACTION99
3.8748-3.97960.22491380.19642697X-RAY DIFFRACTION98
3.9796-4.09660.20721320.18892656X-RAY DIFFRACTION97
4.0966-4.22890.22311420.18332698X-RAY DIFFRACTION98
4.2289-4.380.22441480.17322713X-RAY DIFFRACTION99
4.38-4.55540.23011450.17122731X-RAY DIFFRACTION99
4.5554-4.76270.23481440.16862726X-RAY DIFFRACTION99
4.7627-5.01370.19921450.15922739X-RAY DIFFRACTION99
5.0137-5.32780.20451430.16442695X-RAY DIFFRACTION98
5.3278-5.7390.22371370.17062716X-RAY DIFFRACTION98
5.739-6.31640.21611490.18012742X-RAY DIFFRACTION99
6.3164-7.22990.20051480.17312734X-RAY DIFFRACTION99
7.2299-9.10680.17881430.14692721X-RAY DIFFRACTION97
9.1068-80.27530.18521510.15662815X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6501-0.03460.02880.6709-0.06420.45660.0209-0.23670.06940.0106-0.06660.0405-0.0489-0.20510.06250.29260.02670.02560.7541-0.00650.3706-35.3192-71.035660.8272
21.6434-0.2833-0.08781.54710.60051.82490.05440.13920.0201-0.12980.0589-0.1241-0.0076-0.0244-0.13140.26890.0140.03270.66460.04610.3549-80.6767-80.412870.2685
31.2189-0.3931-0.42790.96330.34811.2085-0.020.1744-0.2333-0.0860.04220.44210.286-0.8925-0.04060.3947-0.1286-0.07011.31790.08710.6359-110.7199-88.004771.1372
41.09810.27650.43882.2207-0.93893.15140.06120.61740.1848-0.1438-0.03570.1865-0.2559-0.3802-0.04050.37370.0796-0.04351.32830.09380.5081-61.396-63.015637.2553
52.64540.47410.41443.6471-1.36622.83880.52420.3205-0.9354-0.025-0.3704-0.96780.63290.4751-0.10870.58390.183-0.210.6422-0.06190.9989-55.0634-105.309471.3782
61.99260.88370.4521.5787-0.28181.40010.1132-0.79150.27540.5992-0.02431.0976-0.3783-1.0281-0.08010.77820.18880.22712.32180.09231.3882-133.3249-67.212988.5544
71.28470.33290.54061.10850.03211.5841-0.17690.49370.8981-0.0952-0.08180.1219-0.4823-0.15880.12680.51320.0391-0.05840.76390.31871.015-29.2155-38.47532.9337
81.412-0.3992-0.60251.74170.65791.5906-0.2968-0.4046-0.48660.64090.3904-0.00580.99050.2053-0.13531.0070.053-0.03090.73080.2850.624-85.2074-114.365296.6407
91.3927-0.7366-0.22211.4350.32061.6819-0.0649-0.65940.21420.17970.09550.0172-0.0159-0.5069-0.03820.37670.11840.00171.3374-0.04120.4666-100.848-67.5656107.8342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and resi 2:414
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and resi 2:414
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and resi 2:414
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and resi 415:631
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and resi 415:631
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and resi 415:631
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and resi 632:1170
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and resi 632:1170
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and resi 632:1170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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