PDB-6ci8: Structure of the microcompartment-associated aminoacetone dehydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ci8

タイトル

Structure of the microcompartment-associated aminoacetone dehydrogenase

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / short-chain dehydrogenase/reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Mallette, E. / Kimber, M.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structure and Kinetics of the S-(+)-1-Amino-2-propanol Dehydrogenase from the RMM Microcompartment of Mycobacterium smegmatis.
著者: Mallette, E. / Kimber, M.S.

履歴

登録	2018年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ci8.cif.gz	216.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ci8.ent.gz	173.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ci8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ci8_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ci8_full_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示
XML形式データ	6ci8_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	6ci8_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6ci8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6ci8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ci9C 3rihS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3auu-1 3ay7-1 1ybv-1 2jah-d 5unl-d 4nbv-1 3itd-2 3sj7-1 6zzp-1 4urf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.240, 104.240, 80.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-674- HOH
2	1	B-635- HOH
3	1	B-638- HOH
4	1	B-652- HOH
5	1	B-697- HOH

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase 分子量: 27090.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0269 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0QP46, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: tri-sodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→45.137 Å / Num. obs: 56008 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.208 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 0.977 / Net I/σ(I): 19.86 / Num. measured all: 347712 / Scaling rejects: 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74	6.206	0.68	3.04	4071	0.865	0.741	100
1.74-1.79	6.207	0.513	3.89	4011	0.907	0.558	100
1.79-1.84	6.21	0.403	4.94	3896	0.946	0.439	100
1.84-1.9	6.216	0.29	6.66	3802	0.969	0.316	100
1.9-1.96	6.237	0.225	8.45	3670	0.981	0.246	100
1.96-2.03	6.251	0.169	10.77	3542	0.988	0.185	100
2.03-2.11	6.226	0.13	13.68	3410	0.992	0.142	100
2.11-2.19	6.253	0.105	16.41	3322	0.995	0.115	100
2.19-2.29	6.243	0.09	18.56	3153	0.996	0.099	99.9
2.29-2.4	6.238	0.075	21.59	3058	0.996	0.083	100
2.4-2.53	6.27	0.064	24.54	2904	0.997	0.07	100
2.53-2.69	6.253	0.055	28.03	2732	0.997	0.061	99.9
2.69-2.87	6.265	0.046	31.79	2577	0.998	0.051	100
2.87-3.1	6.231	0.043	35.58	2407	0.998	0.047	99.9
3.1-3.4	6.212	0.036	40.88	2213	0.998	0.039	99.9
3.4-3.8	6.152	0.032	44.7	2012	0.998	0.036	99.9
3.8-4.39	6.138	0.031	47.48	1801	0.998	0.034	99.9
4.39-5.38	6.097	0.031	48.07	1524	0.999	0.034	99.9
5.38-7.6	5.942	0.03	47.07	1202	0.998	0.034	99.9
7.6-45.137	5.538	0.031	48.21	701	0.999	0.035	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RIH

3rih

解像度: 1.7→45.137 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1698	2801	5 %
R_work	0.1442	-	-
obs	0.1454	56008	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.49 Å² / B_iso mean: 23.5985 Å² / B_iso min: 6.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→45.137 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3782	0	2	604	4388
B_iso mean	-	-	24.57	32.64	-
残基数	-	-	-	-	521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	3914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.333	5341
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	639
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	709
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.492	3121

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.7-1.7293	0.2554	137	0.2132	2604	2741
1.7293-1.7608	0.2471	140	0.1986	2649	2789
1.7608-1.7946	0.2047	139	0.1804	2646	2785
1.7946-1.8313	0.2059	139	0.1725	2649	2788
1.8313-1.8711	0.1765	137	0.157	2607	2744
1.8711-1.9146	0.1915	140	0.1508	2651	2791
1.9146-1.9625	0.1816	139	0.1507	2644	2783
1.9625-2.0156	0.177	139	0.1437	2639	2778
2.0156-2.0749	0.1852	138	0.1453	2622	2760
2.0749-2.1418	0.1683	139	0.138	2641	2780
2.1418-2.2184	0.1737	140	0.1325	2657	2797
2.2184-2.3072	0.1627	140	0.1358	2659	2799
2.3072-2.4122	0.1681	139	0.132	2638	2777
2.4122-2.5394	0.161	141	0.1407	2684	2825
2.5394-2.6984	0.1662	139	0.1417	2651	2790
2.6984-2.9068	0.1828	141	0.1437	2672	2813
2.9068-3.1992	0.1649	141	0.144	2679	2820
3.1992-3.662	0.1406	142	0.1358	2694	2836
3.662-4.613	0.1349	142	0.1236	2700	2842
4.613-45.1531	0.1779	149	0.1497	2823	2972

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4225	-0.0345	-0.6537	1.5683	-0.5762	1.6086	-0.0515	-0.2924	-0.1468	0.0573	0.1012	0.291	0.0194	-0.3599	-0.001	0.0558	-0.0146	0.0186	0.2484	0.0233	0.1922	10.7798	76.0077	43.4233
2	2.8459	1.2026	0.4981	2.7238	1.3257	4.2692	-0.0965	0.1186	-0.3731	-0.0629	0.1	0.381	0.2691	-0.4543	0.0036	0.0882	-0.0492	-0.0078	0.2963	-0.0057	0.3126	3.2504	73.8093	33.4246
3	3.2814	0.0983	-2.5668	1.4087	-0.2843	3.2809	0.0783	-0.0395	-0.0565	-0.0464	0.0468	0.3904	0.0183	-0.3978	-0.0515	0.0482	-0.0396	-0.0097	0.283	0.0159	0.2646	5.6774	77.3479	33.7491
4	0.9081	-0.377	0.2116	0.9958	-0.1883	0.5241	0.0301	0.1014	-0.0696	-0.0959	-0.0158	0.1609	0.1001	-0.1204	0.002	0.0785	-0.0318	-0.0098	0.1453	-0.0145	0.1124	21.1937	73.2113	29.7877
5	2.3639	0.4682	-0.6771	2.9647	-0.6672	1.9337	-0.0996	0.1314	-0.3989	-0.3894	0.1086	0.4728	0.3735	-0.4128	0.1322	0.1251	-0.0814	-0.0544	0.1977	-0.0054	0.2408	16.3848	64.2944	38.4106
6	1.9542	0.7197	0.2417	3.5846	0.0712	2.3778	0.0323	0.1442	-0.8779	-0.3566	-0.044	0.3987	0.7169	-0.5258	0.0071	0.308	-0.1782	0.0031	0.2672	-0.0023	0.4773	15.4249	50.3806	43.3957
7	2.4654	0.9737	0.2992	1.6647	-0.0643	0.8475	-0.0184	-0.2252	0.0379	0.0828	-0.0069	0.1197	0.0425	-0.2374	0.0084	0.084	-0.0049	0.0146	0.163	-0.0101	0.104	21.1386	75.1914	46.9303
8	2.3418	-0.3476	0.3106	8.455	0.0429	1.9183	-0.0701	-0.0937	-0.5823	0.0044	0.1161	0.0863	0.4591	-0.2066	-0.0618	0.1915	-0.0767	0.0311	0.142	0.0099	0.1923	27.8105	53.682	44.9468
9	2.324	-1.0264	0.5123	1.516	0.4756	2.0273	0.2148	0.6631	0.1692	-0.4013	-0.2651	-0.2242	0.1153	0.352	0.0261	0.3064	0.102	0.064	0.3401	-0.005	0.1235	51.1337	61.4881	12.5117
10	4.9511	-1.1372	-1.4991	0.8866	0.9132	1.4841	0.0911	0.3723	0.089	-0.4009	-0.1556	-0.179	0.1156	0.2059	-0.0181	0.3714	0.1382	0.081	0.5003	0.0079	0.1168	47.3504	62.4901	7.1577
11	1.1526	-0.6281	-0.0186	1.4074	-0.0928	0.4329	0.1602	0.4895	-0.0105	-0.3396	-0.1748	0.0422	0.1815	0.0433	0.0478	0.2632	0.0431	-0.0212	0.2582	-0.0583	0.0753	35.7334	63.7047	14.5832
12	1.2835	-0.4011	0.3388	1.5284	0.6549	1.4174	0.0853	0.2416	-0.0233	-0.1388	-0.0715	-0.0731	0.1509	0.0363	0.0212	0.1181	0.0085	0.0079	0.1083	-0.0102	0.0637	40.2854	65.2008	25.591
13	1.7806	0.5	0.0366	2.3571	-0.0614	1.5626	0.0303	0.1092	0.2421	-0.1181	-0.084	-0.0898	-0.0777	0.095	0.0297	0.0855	0.0274	0.0028	0.0849	0.0295	0.1194	50.6711	68.672	32.5336

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 29 )	A	1 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 50 )	A	30 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 67 )	A	51 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 68 through 178 )	A	68 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 179 through 199 )	A	179 - 199
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 200 through 217 )	A	200 - 217
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 218 through 238 )	A	218 - 238
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 239 through 258 )	A	239 - 258
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 50 )	B	1 - 50
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 51 through 67 )	B	51 - 67
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 68 through 133 )	B	68 - 133
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 134 through 199 )	B	134 - 199
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 200 through 258 )	B	200 - 258

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)