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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6chj | ||||||
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タイトル | Wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase from Marinobacter aquaeolei VT8 | ||||||
要素 | Diacylglycerol O-acyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / WS/DGAT / wax ester synthase / diacylglycerol acyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 triglyceride biosynthetic process / diacylglycerol O-acyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase activity / glycerol metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Marinobacter hydrocarbonoclasticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.428 Å | ||||||
データ登録者 | Petronikolou, N. / Satish, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018 タイトル: Structural and Biochemical Studies of a Biocatalyst for the Enzymatic Production of Wax Esters. 著者: Petronikolou, N. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6chj.cif.gz | 170.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6chj.ent.gz | 133.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6chj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6chj_validation.pdf.gz | 441.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6chj_full_validation.pdf.gz | 448.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6chj_validation.xml.gz | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6chj_validation.cif.gz | 39.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6chj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6chj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51538.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Marinobacter hydrocarbonoclasticus (strain ATCC 700491 / DSM 11845 / VT8) (バクテリア) 株: ATCC 700491 / DSM 11845 / VT8 / 遺伝子: Maqu_0168 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1TX06, diacylglycerol O-acyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.89 % |
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結晶化 | 温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M L-Pro, 0.1 M MES, pH 7.0, 8% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.428→103.9 Å / Num. obs: 36232 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.428→2.437 Å / 冗長度: 10.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 366 / CC1/2: 0.71 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: In-house Se-Met model 解像度: 2.428→51.952 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.66
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.428→51.952 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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